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在生物信息分析中，通常要借助于大型服务器来处理各种数据，而Linux系统是比较通用的服务器操作系统，因此Linux系统的学习十分重要，熟识Linux命令与Shell脚本能帮助我们高效的完成生信分析任务。
在Linux系统中，我们一般通过命令行指令来执行各种任务。无论是个人PC版Linux系统，还是远程服务器，我们一般通过图形界面X Window软件与计算机进行交互。个人PC版Linux系统自带图形界面，可以打开终端（terminal）输入指令；对于远程服务器，我们则需要模拟终端软件的帮助，最常用的为Xshell，其界面如下所示：
执行“文件”→“新建”，在“主机”一栏输入服务器IP，选择相应端口，就可以建立一个自己电脑与远程服务器的连接，如下所示：
点击“确定”之后就会出现登录界面，输入管理员分配的账号密码即可。除了Xshell之外，Xftp是一个很好的服务器与电脑文件传输管理工具，如下所示：
点击“新建”就可以创建一个与服务器的连接，在Xshell中有开启Xftp的快捷方式Ctrl+Alt+F，如下所示：
在Xshell的命令行输入相应的命令（多个命令以分号“;”隔开）以及参数并按回车键Enter执行，就可以使用服务器完成各种任务。
1
基础操作
命令：date
显示日期，示例如下：
显示年月日：
显示时分：
显示时分秒：
命令：cal
列出当前月份的日历，示例如下：
列出指定年月的日历：
通过两个基础命令的练习，希望学习者可以初步感受什么是指令操作。
命令：bc
基础运算工具，示例如下：
其中%为求余数，quit为退出。bc默认输出整数，要输出小数，可以使用scale参数，示例如下：
命令：nano
简单好用的书写记录软件，示例如下：
通过“Ctrl+□”快捷键来控制保存（Ctrl+O）、退出（Ctrl+X）等：
命令：echo
echo会将输入的字符串送往标准输出。输出的字符串间以空白字符隔开，并在最后加上换行号。在屏幕显示字符串，示例如下：
在文件中写入字符串(>为覆盖原来的内容，>>为追加到文件后面)：
显示目前所支持的语言：
修改语言为中文并输出中文字符：
如果想要在双引号内使用反斜杠转义字符，需添加-e参数。
命令：man
查询Linux内置的帮助文件，了解命令的使用方法，例如输入“man date”回车，就可显示命令date的帮助文档，如下所示：
通过以上练习，希望学习者可以初步感受Linux中软件的调用方式。
热键：Tab
命令补全，若没有记全一个命令，可以只输入已知部分，紧接着按两次Tab，系统便会显示所有相关的命令，示例如下：
文件补全：
对于非隐藏文件，输入部分文件名紧接着按一次tab，就会自动输入后续部分，如ls-al ~/prac[Tab]tice.[Tab]txt：
热键：Ctrl+C
停止一个错误的命令或者退出一个输错的命令，示例如下：
热键：+Enter
一般情况下Enter表示的是命令执行，反斜杠转义为换行，示例如下：
2
文件管理
命令：ls
添加参数-al列出当前路径下所有文件，示例如下：
添加参数-l列出非隐藏文件：
或者简写为ll：
其中“-”后面为参数选项[Option]，对ls（或ll）命令常用选项如下：
-a：全部的文件，连同隐藏文件(开头为“.”的文件)一起列出来；
-d：仅列出目录本身，而不是列出目录内的文件数据；
-l：长数据串列出，包含文件的属性与权限等等数据；
-R：若列出对象为路径且目录下有文件，则将所有文件依序列出；
-t：按照最后修改时间顺序列出文件，由旧到新；
-h：文件大小显示单位（K、M、G等）。
命令：tree
将某路径下文件夹及文件以树状图展示，当前路径下使用示例如下：
命令tree的参数选项如下：
-d：只显示目录；
-D：列出文件或目录的更改时间；
-f：在每个文件或目录之前，显示完整的相对路径名称；
-L：后接数字，显示到第几级子目录；
-s：列出文件或目录大小；
-t：用文件和目录的更改时间排序。
命令：find
查找只知道部分名字的某文件及其路径，全盘搜索示例如下：
只在当前目录下搜索：
此命令常用到通配符来进行模糊查找，常用通配符如下：
| 符号 | 意义 |
|---|---|
| * | 表示0个到无穷多个任意字符。例如a*可以表示a，ab，abc，... |
| ？ | 表示1个任意字符。例如a？可以表示ab，ac，但是不能表示a或者abc |
| [] | 表示一个在中括号中的字符。例如[abc]表示a，b，c中的一个 |
| [-] | 表示在编码顺序内的所有字符。例如[a-z]表示字母a到z；[0-9]表示数字0到9 |
| [^] | 反向选择，表示在中括号中以外的一个字符。例如[^abc]表示字母a，b，c以外的其他字符 |
命令：locate
使用locate搜索linux系统中的文件，它比find命令速度快很多，因为它查询的是数据库(/var/lib/locatedb)，数据库包含本地所有的文件信息。使用locate加文件名便可在根目录下搜索相应文件，如下所示：
命令：cat
在屏幕上显示文件内容，示例如下：
将两个文本文件整合为一个文本文件（行累加），示例如下：
添加参数-A查看文本文档的格式（显示tab空格等所有特殊键）：
其中^I即为tab键。具体参数选项如下：
-A：相当于-vET的整合选项，可列出一些特殊字符而不是空格显示；
-b：列出行号，仅针对非空白行做行号显示，空白行不标行号；
-n：列印出行号，连同空白行也会有行号，与-b的选项不同；
-E：将结尾的断行字节$显示出来；
-T：将[tab]按键以^I显示出来；
-v：列出一些看不出来的特殊字符。
命令：nl
列出文本内容并打印行号，示例如下：
命令：head
显示文件前面部分，例如显示前三行：
此外还有命令tail，从尾行提取特定行数，这两个命令搭配管道命令可选取文件特定的行数范围进行显示。
命令：less
对于大的文本文档cat查看比较困难，而less可以进行分页查看，示例如下：
按键F向下翻页，B向上翻页，空格向下翻页，Enter滚动一行，Q退出less命令：
若要横向超出屏幕部分不强制换行展示，可添加-S参数：
若要查找内容使用/+内容（或?+内容向上搜索）然后回车即可，如下所示：
此查找支持正则表达式。
2.2文件路径
命令：ln
在当前路径下创建某文件的超链接，示例如下：
命令：cd
去往一个路径（路径切换），其中cd空格或者cd~表示返回用户主目录，cd ..表示返回上一级目录（返回上两级则是cd ../..表示返回上两级）示例如下：
命令：mkdir
在当前路径下新建路径（文件夹），示例如下：
此命令具有以下选项：
-m：配置文件的权限；
-p：创建递归目录。
命令：rmdir
删除当前路径下的路径（文件夹），示例如下：
命令：rm
删除当前路径下文件或路径（多个文件空格隔开），示例如下：
添加参数-r可删除路径以及所含有的文件：
命令：cp
复制文件或目录到一个新的目录，示例如下
复制多个文件，空格隔开，只要最后一个是目的路径即可：
若是复制到当前文件夹，目的路径为“.”：
将某路径下所有文件复制到一个新的文件夹：
此命令具有以下常用选项：
-a：相当于-pdr；
-d：若source为链接文件(linkfile)，则复制链接属性而非文件本身；
-f：为强制(force)的意思，若目标文件已经存在且无法开启，则移除后再尝试一次；
-i：若目标文件(destination)已经存在时，在覆盖时会先进行询问(常用)；
-p：连同文件的属性一起复制过去，而非使用默认属性；
-r：递归持续复制，用于目录的复制行为。
命令：mv
移动当前路径下文件或目录到另一个文件夹，示例如下：
对文件重命名：
此命令具有以下常用选项：
-f：force强制的意思，如果目标文件已经存在，不会询问而直接覆盖；
i：若目标文件(destination) 已经存在时，询问是否覆盖；
-u：若目标文件已经存在，且source比较新（即最后修改时间比较晚），才会覆盖（修改时间比较早的旧文件）。
命令：touch
创建新的文件（不是文件夹），示例如下：
命令：du
查看文件或文件夹磁盘占用空间大小，如下所示：
其参数选项如下所示：
-a：列出所有的文件与目录大小，因为默认仅列出路径
-h：以人们较易读的容量格式(G/M)显示；
-s：列出总量，而不列出每个各别的目录占用空间；
-S：不包括子目录下的总计，与-s有点差别。
-k：以KBytes列出容量显示；
-m：以MBytes列出容量显示。
命令：rz
从电脑传输文件到服务器，示例如下：
命令：sz
从服务器传输文件到电脑，示例如下：
以上两个命令需要电脑预先安装Xftp。
命令：gzip, zcat
使用gzip压缩、读取、解压文件，示例如下：
命令：bzip2, bzcat, zip, unzip
使用bzip2压缩，用法与gzip类似。
命令：tar
打包并压缩文件或目录，示例如下：
解压打包文件：
命令：file
在Linux系统中有时候文件名后缀不能完全显示文件格式，使用file命令可查看文件格式，是否被压缩以及使用什么软件压缩，示例如下：
可以看出这时候文件虽然没有“.gz”的后缀，但是是gzip压缩文件，这时候不能直接解压，需要添加后缀并解压：
命令：wget
wget是linux最常用的下载命令，可以从网络上自动下载文件，它支持HTTP，HTTPS和FTP协议，可以使用HTTP代理。所谓的自动下载是指，wget可以在用户退出系统的之后在后台执行。其使用方法如下：
wget[Options] 要下载文件的网址（包含文件名）
其中Options：
-A：指定要下载文件的后缀名，多个后缀名之间使用逗号进行分隔
-c：断点续传，继续执行上次的下载命令
-b：启动后转入后台执行
-i：从指定文件获取要下载的URL地址，文件中每行指定一个网址
-O：指定下载后的文件路径及保存为的文件名
具体下载方法如下所示：
其中文件名支持使用通配符而进行批量下载。
在查看文件的时候，最前面的信息即为文件权限，示例如下：
一共有10位，第一位d代表路径（文件夹），-代表文件，之后每三位一组分别为文件所有者、用户组、其他人的权限，r为可读，w为可写，x为可执行，-为无权限。
命令：chmod
更改文件或路径的权限，示例如下：
其中r:4,w2,x1。更改目录及其下属文件的权限：
