From 61af156d16782d6af7e5e9d0e4434f2974a5c9de Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: benjijamorris <54606172+benjijamorris@users.noreply.github.com> Date: Wed, 7 Aug 2024 22:42:01 +0000 Subject: [PATCH] =?UTF-8?q?Deploying=20to=20gh-pages=20from=20main=20@=207?= =?UTF-8?q?668cac78169feab95c8091bb011dcf81740d2e3=20=F0=9F=9A=80?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit --- .../api/cyto_dl_model/cyto_dl_base_model.html | 2 + .../segmentation_plugin_model.html | 2 + _modules/cyto_dl/api/data.html | 5 +- _modules/cyto_dl/api/model.html | 10 +- _modules/cyto_dl/callbacks/csv_saver.html | 2 + _modules/cyto_dl/callbacks/image_saver.html | 2 + _modules/cyto_dl/callbacks/layer_freeze.html | 2 + _modules/cyto_dl/callbacks/model_utils.html | 2 + .../cyto_dl/callbacks/outlier_detection.html | 2 + _modules/cyto_dl/dataframe/readers.html | 2 + .../cyto_dl/dataframe/transforms/filter.html | 2 + .../dataframe/transforms/group_cols.html | 2 + 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cyto_dl.image.io.numpy_reader.html | 2 + cyto_dl.image.io.ome_zarr_reader.html | 2 + cyto_dl.image.io.polygon_loader.html | 2 + cyto_dl.image.io.skimage_reader.html | 2 + cyto_dl.image.transforms.add_meta.html | 2 + cyto_dl.image.transforms.bright_sampler.html | 2 + cyto_dl.image.transforms.clip.html | 2 + cyto_dl.image.transforms.contrastadjust.html | 2 + cyto_dl.image.transforms.html | 2 + cyto_dl.image.transforms.merge.html | 2 + ...l.image.transforms.multiscale_cropper.html | 2 + cyto_dl.image.transforms.pad.html | 2 + cyto_dl.image.transforms.project.html | 2 + ...ge.transforms.rotation_mask_transform.html | 2 + cyto_dl.image.transforms.save.html | 2 + ....image.transforms.so2_random_rotation.html | 2 + ..._dl.image.transforms.track_transforms.html | 2 + cyto_dl.loggers.html | 2 + cyto_dl.loggers.mlflow.html | 2 + cyto_dl.models.base_model.html | 2 + cyto_dl.models.basic_model.html | 2 + ....models.classification.classification.html | 2 + cyto_dl.models.classification.html | 2 + ...assification.timepoint_classification.html | 2 + cyto_dl.models.contrastive.contrastive.html | 2 + cyto_dl.models.contrastive.html | 2 + cyto_dl.models.handlers.base_handler.html | 2 + cyto_dl.models.handlers.html | 2 + cyto_dl.models.handlers.image_handler.html | 2 + cyto_dl.models.handlers.load_image_patch.html | 2 + cyto_dl.models.html | 2 + cyto_dl.models.im2im.gan.html | 2 + cyto_dl.models.im2im.html | 2 + cyto_dl.models.im2im.multi_task.html | 2 + cyto_dl.models.im2im.utils.html | 2 + cyto_dl.models.im2im.utils.instance_seg.html | 2 + ..._dl.models.im2im.utils.noise_annealer.html | 2 + ...utils.postprocessing.act_thresh_label.html | 2 + ...m2im.utils.postprocessing.auto_thresh.html | 2 + ...im2im.utils.postprocessing.dict_to_im.html | 2 + ..._dl.models.im2im.utils.postprocessing.html | 2 + cyto_dl.models.utils.html | 2 + cyto_dl.models.utils.mlflow.html | 2 + cyto_dl.models.utils.utils.html | 2 + cyto_dl.models.vae.base_vae.html | 2 + cyto_dl.models.vae.html | 2 + cyto_dl.models.vae.image_canon_vae.html | 2 + cyto_dl.models.vae.image_encoder.html | 2 + cyto_dl.models.vae.image_vae.html | 2 + cyto_dl.models.vae.latent_loss_vae.html | 2 + cyto_dl.models.vae.o2_spharm_vae.html | 2 + ...s.vae.o2_spharm_vae.o2_spharm_encoder.html | 2 + ...odels.vae.o2_spharm_vae.o2_spharm_vae.html | 2 + cyto_dl.models.vae.point_cloud_vae.html | 2 + cyto_dl.models.vae.priors.abstract_prior.html | 2 + cyto_dl.models.vae.priors.gaussian.html | 2 + cyto_dl.models.vae.priors.html | 2 + cyto_dl.models.vae.priors.identity_prior.html | 2 + cyto_dl.models.vae.priors.joint_prior.html | 2 + cyto_dl.models.vae.tabular_vae.html | 2 + cyto_dl.nn.discriminators.html | 2 + ...criminators.multi_scale_discriminator.html | 2 + ....discriminators.n_layer_discriminator.html | 2 + cyto_dl.nn.head.base_head.html | 2 + cyto_dl.nn.head.gan_head.html | 2 + cyto_dl.nn.head.gan_head_superres.html | 2 + cyto_dl.nn.head.html | 2 + cyto_dl.nn.head.mae_head.html | 2 + cyto_dl.nn.head.mask_head.html | 2 + cyto_dl.nn.head.res_blocks_head.html | 2 + cyto_dl.nn.head.vic_reg.html | 2 + cyto_dl.nn.hr_skip.html | 2 + cyto_dl.nn.html | 2 + cyto_dl.nn.losses.adversarial_loss.html | 2 + cyto_dl.nn.losses.chamfer_loss.html | 2 + cyto_dl.nn.losses.continuous_bernoulli.html | 2 + cyto_dl.nn.losses.cosine_loss.html | 2 + cyto_dl.nn.losses.gan_loss.html | 2 + cyto_dl.nn.losses.gaussian_nll_loss.html | 2 + cyto_dl.nn.losses.geomloss.html | 2 + cyto_dl.nn.losses.html | 2 + cyto_dl.nn.losses.loss_wrapper.html | 2 + cyto_dl.nn.losses.spharm_loss.html | 2 + cyto_dl.nn.losses.threshold_loss.html | 2 + cyto_dl.nn.losses.vic_reg.html | 2 + cyto_dl.nn.losses.weibull.html | 2 + cyto_dl.nn.losses.weighted_mse_loss.html | 2 + cyto_dl.nn.mlp.html | 2 + cyto_dl.nn.point_cloud.dgcnn.html | 2 + cyto_dl.nn.point_cloud.folding_net.html | 2 + cyto_dl.nn.point_cloud.graph_functions.html | 2 + cyto_dl.nn.point_cloud.html | 2 + cyto_dl.nn.point_cloud.vnn.html | 2 + cyto_dl.nn.res_unit.html | 2 + cyto_dl.nn.spatial_transformer.html | 2 + cyto_dl.nn.track_sequence_predictor.html | 2 + cyto_dl.nn.vits.blocks.cross_attention.html | 2 + cyto_dl.nn.vits.blocks.html | 2 + ...l.nn.vits.blocks.intermediate_weigher.html | 2 + cyto_dl.nn.vits.blocks.patchify.html | 2 + cyto_dl.nn.vits.cross_mae.html | 2 + cyto_dl.nn.vits.html | 2 + cyto_dl.nn.vits.mae.html | 2 + cyto_dl.nn.vits.seg.html | 2 + cyto_dl.nn.vits.utils.html | 2 + cyto_dl.point_cloud.html | 2 + cyto_dl.point_cloud.io.html | 2 + cyto_dl.point_cloud.io.read_pcloud.html | 2 + cyto_dl.train.html | 2 + cyto_dl.utils.array.html | 518 +++++++++++++++++ cyto_dl.utils.config.html | 8 +- cyto_dl.utils.download_test_data.html | 2 + cyto_dl.utils.dummy_dataset.html | 2 + cyto_dl.utils.html | 7 + cyto_dl.utils.pylogger.html | 2 + cyto_dl.utils.rich_utils.html | 2 + cyto_dl.utils.rotation.html | 2 + cyto_dl.utils.spharm.html | 2 + cyto_dl.utils.spharm.reconstruction.html | 2 + cyto_dl.utils.spharm.rotation.html | 8 +- cyto_dl.utils.template_utils.html | 2 + genindex.html | 28 + index.html | 2 + installation.html | 2 + modules.html | 2 + objects.inv | Bin 7914 -> 8010 bytes overview.html | 2 + py-modindex.html | 14 + search.html | 2 + searchindex.js | 2 +- using_examples.html | 2 + 276 files changed, 2708 insertions(+), 32 deletions(-) create mode 100644 _modules/cyto_dl/datamodules/array.html create mode 100644 _modules/cyto_dl/utils/array.html create mode 100644 _sources/cyto_dl.datamodules.array.rst.txt create mode 100644 _sources/cyto_dl.utils.array.rst.txt create mode 100644 cyto_dl.datamodules.array.html create mode 100644 cyto_dl.utils.array.html diff --git a/_modules/cyto_dl/api/cyto_dl_model/cyto_dl_base_model.html b/_modules/cyto_dl/api/cyto_dl_model/cyto_dl_base_model.html index c7572b07b..1e6b67f71 100644 --- a/_modules/cyto_dl/api/cyto_dl_model/cyto_dl_base_model.html +++ b/_modules/cyto_dl/api/cyto_dl_model/cyto_dl_base_model.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/api/cyto_dl_model/segmentation_plugin_model.html b/_modules/cyto_dl/api/cyto_dl_model/segmentation_plugin_model.html index 4ff345212..e954bb7d4 100644 --- a/_modules/cyto_dl/api/cyto_dl_model/segmentation_plugin_model.html +++ b/_modules/cyto_dl/api/cyto_dl_model/segmentation_plugin_model.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/api/data.html b/_modules/cyto_dl/api/data.html index 6b1dd8565..ba21e6f6d 100644 --- a/_modules/cyto_dl/api/data.html +++ b/_modules/cyto_dl/api/data.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • @@ -434,7 +436,8 @@

    Source code for cyto_dl.api.data

         INSTANCE_SEG = "instance_seg"
         LABEL_FREE = "labelfree"
         SEGMENTATION_PLUGIN = "segmentation_plugin"
    -    SEGMENTATION = "segmentation"
    + SEGMENTATION = "segmentation" + SEGMENTATION_ARRAY = "segmentation_array"
    [docs]class HardwareType(Enum): diff --git a/_modules/cyto_dl/api/model.html b/_modules/cyto_dl/api/model.html index 9bb96fe95..7977d5535 100644 --- a/_modules/cyto_dl/api/model.html +++ b/_modules/cyto_dl/api/model.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • @@ -524,19 +526,19 @@

    Source code for cyto_dl.api.model

         async def _predict_async(self):
             return evaluate(self.cfg)
     
    -
    [docs] def train(self, run_async=False): +
    [docs] def train(self, run_async=False, data=None): if self.cfg is None: raise ValueError("Configuration must be loaded before training!") if run_async: return self._train_async() - return train_model(self.cfg)
    + return train_model(self.cfg, data)
    -
    [docs] def predict(self, run_async=False): +
    [docs] def predict(self, run_async=False, data=None): if self.cfg is None: raise ValueError("Configuration must be loaded before predicting!") if run_async: return self._predict_async() - return evaluate(self.cfg)
    + return evaluate(self.cfg, data)
    diff --git a/_modules/cyto_dl/callbacks/csv_saver.html b/_modules/cyto_dl/callbacks/csv_saver.html index 64c77a457..b30166134 100644 --- a/_modules/cyto_dl/callbacks/csv_saver.html +++ b/_modules/cyto_dl/callbacks/csv_saver.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/callbacks/image_saver.html b/_modules/cyto_dl/callbacks/image_saver.html index 532a69f1e..bb2dcbb0a 100644 --- a/_modules/cyto_dl/callbacks/image_saver.html +++ b/_modules/cyto_dl/callbacks/image_saver.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/callbacks/layer_freeze.html b/_modules/cyto_dl/callbacks/layer_freeze.html index 8786cf70c..6fd626f71 100644 --- a/_modules/cyto_dl/callbacks/layer_freeze.html +++ b/_modules/cyto_dl/callbacks/layer_freeze.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/callbacks/model_utils.html b/_modules/cyto_dl/callbacks/model_utils.html index 094368eca..3253c3b26 100644 --- a/_modules/cyto_dl/callbacks/model_utils.html +++ b/_modules/cyto_dl/callbacks/model_utils.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/callbacks/outlier_detection.html b/_modules/cyto_dl/callbacks/outlier_detection.html index 10050f864..7158693cb 100644 --- a/_modules/cyto_dl/callbacks/outlier_detection.html +++ b/_modules/cyto_dl/callbacks/outlier_detection.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/dataframe/readers.html b/_modules/cyto_dl/dataframe/readers.html index de42124c0..a16db171a 100644 --- a/_modules/cyto_dl/dataframe/readers.html +++ b/_modules/cyto_dl/dataframe/readers.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/filter.html b/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/filter.html index 7f5bd0703..4e6d39654 100644 --- a/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/filter.html +++ b/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/filter.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/group_cols.html b/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/group_cols.html index 304a32847..82c660775 100644 --- a/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/group_cols.html +++ b/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/group_cols.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/misc.html b/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/misc.html index 8cf49839e..f50aeaf25 100644 --- a/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/misc.html +++ b/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/misc.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/split.html b/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/split.html index d8bc96981..d478016e4 100644 --- a/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/split.html +++ b/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/split.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/datamodules/array.html b/_modules/cyto_dl/datamodules/array.html new file mode 100644 index 000000000..6b3dea9a5 --- /dev/null +++ b/_modules/cyto_dl/datamodules/array.html @@ -0,0 +1,512 @@ + + + + + + + + cyto_dl.datamodules.array - cyto-dl 0.1.8 documentation + + + + + + + + + + + + + + + + Contents + + + + + + Menu + + + + + + + + Expand + + + + + + Light mode + + + + + + + + + + + + + + Dark mode + + + + + + + Auto light/dark mode + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
    +
    +
    + +
    + +
    +
    + +
    + +
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    + +
    +
    +
    + + + + + Back to top + +
    +
    + +
    + +
    +
    +

    Source code for cyto_dl.datamodules.array

    +from typing import Callable, Dict, List, Sequence, Union
    +
    +import numpy as np
    +from monai.data import DataLoader, Dataset
    +from monai.transforms import Compose
    +from omegaconf import ListConfig, OmegaConf
    +
    +
    +
    [docs]def make_array_dataloader( + data: Union[np.ndarray, List[np.ndarray], List[Dict[str, np.ndarray]]], + transforms: Union[Sequence[Callable], Callable], + source_key: str = "input", + **dataloader_kwargs, +): + """Create a dataloader from a an array dataset. + + Parameters + ---------- + data: Union[np.ndarray, List[np.ndarray], List[Dict[str, np.ndarray]], + If a numpy array (prediction only), the dataloader will be created with a single source_key. + If a list each element must be a numpy array (for prediction) or a dictionary containing numpy array values (for training). + + transforms: Union[Sequence[Callable], Callable], + Transforms to apply to each sample + + dataloader_kwargs: + Additional keyword arguments are passed to the + torch.utils.data.DataLoader class when instantiating it (aside from + `shuffle` which is only used for the train dataloader). + Among these args are `num_workers`, `batch_size`, `shuffle`, etc. + See the PyTorch docs for more info on these args: + https://pytorch.org/docs/stable/data.html#torch.utils.data.DataLoader + """ + if isinstance(transforms, (list, tuple, ListConfig)): + transforms = Compose(transforms) + data = OmegaConf.to_object(data) + if isinstance(data, (list, tuple, ListConfig)): + data = [{source_key: d} if isinstance(d, np.ndarray) else d for d in data] + elif isinstance(data, np.ndarray): + data = [{source_key: data}] + else: + raise ValueError( + f"Invalid data type: {type(data)}. Data must be a numpy array or list of numpy arrays." + ) + + dataset = Dataset(data, transform=transforms) + + return DataLoader(dataset, **dataloader_kwargs)
    +
    +
    +
    +
    + + +
    +
    + + Made with Sphinx and @pradyunsg's + + Furo + +
    +
    + +
    +
    + +
    +
    + +
    +
    + + + + + \ No newline at end of file diff --git a/_modules/cyto_dl/datamodules/data_dict.html b/_modules/cyto_dl/datamodules/data_dict.html index 09afa9488..4fd8cb654 100644 --- a/_modules/cyto_dl/datamodules/data_dict.html +++ b/_modules/cyto_dl/datamodules/data_dict.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/datamodules/dataframe/dataframe_datamodule.html b/_modules/cyto_dl/datamodules/dataframe/dataframe_datamodule.html index 5da1ddc98..9608d39b6 100644 --- a/_modules/cyto_dl/datamodules/dataframe/dataframe_datamodule.html +++ b/_modules/cyto_dl/datamodules/dataframe/dataframe_datamodule.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/datamodules/dataframe/grouped_dataframe_datamodule.html b/_modules/cyto_dl/datamodules/dataframe/grouped_dataframe_datamodule.html index 58abe4d78..b91425200 100644 --- a/_modules/cyto_dl/datamodules/dataframe/grouped_dataframe_datamodule.html +++ b/_modules/cyto_dl/datamodules/dataframe/grouped_dataframe_datamodule.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/datamodules/dataframe/utils.html b/_modules/cyto_dl/datamodules/dataframe/utils.html index 45373e0b7..1340e5575 100644 --- a/_modules/cyto_dl/datamodules/dataframe/utils.html +++ b/_modules/cyto_dl/datamodules/dataframe/utils.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/datamodules/folder.html b/_modules/cyto_dl/datamodules/folder.html index 55de574a2..520f328e5 100644 --- a/_modules/cyto_dl/datamodules/folder.html +++ b/_modules/cyto_dl/datamodules/folder.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/datamodules/multidim_image.html b/_modules/cyto_dl/datamodules/multidim_image.html index 84b072390..f758fc163 100644 --- a/_modules/cyto_dl/datamodules/multidim_image.html +++ b/_modules/cyto_dl/datamodules/multidim_image.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/datamodules/smartcache.html b/_modules/cyto_dl/datamodules/smartcache.html index db777fd8d..f96a146f5 100644 --- a/_modules/cyto_dl/datamodules/smartcache.html +++ b/_modules/cyto_dl/datamodules/smartcache.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/eval.html b/_modules/cyto_dl/eval.html index eae3d946f..37672bcce 100644 --- a/_modules/cyto_dl/eval.html +++ b/_modules/cyto_dl/eval.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • @@ -430,8 +432,9 @@

    Source code for cyto_dl.eval

     import hydra
     from lightning import Callback, LightningDataModule, LightningModule, Trainer
     from lightning.pytorch.loggers import Logger
    +from monai.data import DataLoader as MonaiDataLoader
     from omegaconf import DictConfig, ListConfig, OmegaConf
    -from torch.utils.data import DataLoader
    +from torch.utils.data import DataLoader as TorchDataLoader
     
     from cyto_dl import utils
     
    @@ -443,7 +446,7 @@ 

    Source code for cyto_dl.eval

     
     
     @utils.task_wrapper
    -def evaluate(cfg: DictConfig) -> Tuple[dict, dict, dict]:
    +def evaluate(cfg: DictConfig, data=None) -> Tuple[dict, dict, dict]:
         """Evaluates given checkpoint on a datamodule testset.
     
         This method is wrapped in optional @task_wrapper decorator which applies extra utilities
    @@ -464,9 +467,8 @@ 

    Source code for cyto_dl.eval

     
         # remove aux section after resolving and before instantiating
         utils.remove_aux_key(cfg)
    -
    -    data = hydra.utils.instantiate(cfg.data)
    -    if not isinstance(data, (LightningDataModule, DataLoader)):
    +    data = utils.create_dataloader(cfg.data, data)
    +    if not isinstance(data, (LightningDataModule, TorchDataLoader, MonaiDataLoader)):
             if isinstance(data, MutableMapping) and not data.dataloaders:
                 raise ValueError(
                     "If the `data` config for eval/prediction is a dict it must have a "
    diff --git a/_modules/cyto_dl/image/io/aicsimage_loader.html b/_modules/cyto_dl/image/io/aicsimage_loader.html
    index aef983e80..35937bdce 100644
    --- a/_modules/cyto_dl/image/io/aicsimage_loader.html
    +++ b/_modules/cyto_dl/image/io/aicsimage_loader.html
    @@ -199,6 +199,7 @@
     
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/image/io/monai_bio_reader.html b/_modules/cyto_dl/image/io/monai_bio_reader.html index 64e451b4d..902b0fb03 100644 --- a/_modules/cyto_dl/image/io/monai_bio_reader.html +++ b/_modules/cyto_dl/image/io/monai_bio_reader.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/image/io/numpy_reader.html b/_modules/cyto_dl/image/io/numpy_reader.html index d82630d38..2e512cc2b 100644 --- a/_modules/cyto_dl/image/io/numpy_reader.html +++ b/_modules/cyto_dl/image/io/numpy_reader.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/image/io/ome_zarr_reader.html b/_modules/cyto_dl/image/io/ome_zarr_reader.html index 6656eae9f..42d6cd516 100644 --- a/_modules/cyto_dl/image/io/ome_zarr_reader.html +++ b/_modules/cyto_dl/image/io/ome_zarr_reader.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/image/io/polygon_loader.html b/_modules/cyto_dl/image/io/polygon_loader.html index 0ae92def1..1e2c86026 100644 --- a/_modules/cyto_dl/image/io/polygon_loader.html +++ b/_modules/cyto_dl/image/io/polygon_loader.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/image/io/skimage_reader.html b/_modules/cyto_dl/image/io/skimage_reader.html index f335237db..84950c19b 100644 --- a/_modules/cyto_dl/image/io/skimage_reader.html +++ b/_modules/cyto_dl/image/io/skimage_reader.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/image/transforms/add_meta.html b/_modules/cyto_dl/image/transforms/add_meta.html index c4568f94a..de17ebfbd 100644 --- a/_modules/cyto_dl/image/transforms/add_meta.html +++ b/_modules/cyto_dl/image/transforms/add_meta.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/image/transforms/bright_sampler.html b/_modules/cyto_dl/image/transforms/bright_sampler.html index b815ead23..76572545a 100644 --- a/_modules/cyto_dl/image/transforms/bright_sampler.html +++ b/_modules/cyto_dl/image/transforms/bright_sampler.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/image/transforms/clip.html b/_modules/cyto_dl/image/transforms/clip.html index 7b3cfba92..05792df27 100644 --- a/_modules/cyto_dl/image/transforms/clip.html +++ b/_modules/cyto_dl/image/transforms/clip.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/image/transforms/contrastadjust.html b/_modules/cyto_dl/image/transforms/contrastadjust.html index ab3f61ec3..280e75fd1 100644 --- a/_modules/cyto_dl/image/transforms/contrastadjust.html +++ b/_modules/cyto_dl/image/transforms/contrastadjust.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/image/transforms/merge.html b/_modules/cyto_dl/image/transforms/merge.html index fd5dd91bb..d622b07b5 100644 --- a/_modules/cyto_dl/image/transforms/merge.html +++ b/_modules/cyto_dl/image/transforms/merge.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/image/transforms/multiscale_cropper.html b/_modules/cyto_dl/image/transforms/multiscale_cropper.html index 3cb4e5c35..3152a16d3 100644 --- a/_modules/cyto_dl/image/transforms/multiscale_cropper.html +++ b/_modules/cyto_dl/image/transforms/multiscale_cropper.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/image/transforms/pad.html b/_modules/cyto_dl/image/transforms/pad.html index cb3ffbf42..3871fea69 100644 --- a/_modules/cyto_dl/image/transforms/pad.html +++ b/_modules/cyto_dl/image/transforms/pad.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/image/transforms/project.html b/_modules/cyto_dl/image/transforms/project.html index b10dd29ba..33e6bc852 100644 --- a/_modules/cyto_dl/image/transforms/project.html +++ b/_modules/cyto_dl/image/transforms/project.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/image/transforms/save.html b/_modules/cyto_dl/image/transforms/save.html index 6a7542877..361ed8e81 100644 --- a/_modules/cyto_dl/image/transforms/save.html +++ b/_modules/cyto_dl/image/transforms/save.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/image/transforms/track_transforms.html b/_modules/cyto_dl/image/transforms/track_transforms.html index bd0c5ed18..18b4996d3 100644 --- a/_modules/cyto_dl/image/transforms/track_transforms.html +++ b/_modules/cyto_dl/image/transforms/track_transforms.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/loggers/mlflow.html b/_modules/cyto_dl/loggers/mlflow.html index ae3e2af66..9c68352c7 100644 --- a/_modules/cyto_dl/loggers/mlflow.html +++ b/_modules/cyto_dl/loggers/mlflow.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/models/base_model.html b/_modules/cyto_dl/models/base_model.html index 8105137ff..852cf18a4 100644 --- a/_modules/cyto_dl/models/base_model.html +++ b/_modules/cyto_dl/models/base_model.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/models/basic_model.html b/_modules/cyto_dl/models/basic_model.html index 306a442f1..e64e0212c 100644 --- a/_modules/cyto_dl/models/basic_model.html +++ b/_modules/cyto_dl/models/basic_model.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/models/classification/classification.html b/_modules/cyto_dl/models/classification/classification.html index a129a769c..ec743d09a 100644 --- a/_modules/cyto_dl/models/classification/classification.html +++ b/_modules/cyto_dl/models/classification/classification.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/models/classification/timepoint_classification.html b/_modules/cyto_dl/models/classification/timepoint_classification.html index 5bcd20974..81855c288 100644 --- a/_modules/cyto_dl/models/classification/timepoint_classification.html +++ b/_modules/cyto_dl/models/classification/timepoint_classification.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/models/contrastive/contrastive.html b/_modules/cyto_dl/models/contrastive/contrastive.html index d574885ec..1dc92797b 100644 --- a/_modules/cyto_dl/models/contrastive/contrastive.html +++ b/_modules/cyto_dl/models/contrastive/contrastive.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/models/im2im/gan.html b/_modules/cyto_dl/models/im2im/gan.html index 1247824fd..6e179b0a7 100644 --- a/_modules/cyto_dl/models/im2im/gan.html +++ b/_modules/cyto_dl/models/im2im/gan.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/models/im2im/multi_task.html b/_modules/cyto_dl/models/im2im/multi_task.html index 0bc7f98a5..59f44ca73 100644 --- a/_modules/cyto_dl/models/im2im/multi_task.html +++ b/_modules/cyto_dl/models/im2im/multi_task.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/instance_seg.html b/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/instance_seg.html index afabcfb00..580458f9d 100644 --- a/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/instance_seg.html +++ b/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/instance_seg.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/noise_annealer.html b/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/noise_annealer.html index e88728b41..5e804bf1c 100644 --- a/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/noise_annealer.html +++ b/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/noise_annealer.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/postprocessing/act_thresh_label.html b/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/postprocessing/act_thresh_label.html index cbcdeefb5..277761b31 100644 --- a/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/postprocessing/act_thresh_label.html +++ b/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/postprocessing/act_thresh_label.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/postprocessing/auto_thresh.html b/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/postprocessing/auto_thresh.html index 946f6d034..f03606a4d 100644 --- a/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/postprocessing/auto_thresh.html +++ b/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/postprocessing/auto_thresh.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/postprocessing/dict_to_im.html b/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/postprocessing/dict_to_im.html index 01d92c488..d83255552 100644 --- a/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/postprocessing/dict_to_im.html +++ b/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/postprocessing/dict_to_im.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/models/utils/mlflow.html b/_modules/cyto_dl/models/utils/mlflow.html index 47391a872..72a1e6d01 100644 --- a/_modules/cyto_dl/models/utils/mlflow.html +++ b/_modules/cyto_dl/models/utils/mlflow.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/models/utils/utils.html b/_modules/cyto_dl/models/utils/utils.html index 45b7e3ded..416f39bb1 100644 --- a/_modules/cyto_dl/models/utils/utils.html +++ b/_modules/cyto_dl/models/utils/utils.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/models/vae/base_vae.html b/_modules/cyto_dl/models/vae/base_vae.html index a2ebbd452..2a25c572c 100644 --- a/_modules/cyto_dl/models/vae/base_vae.html +++ b/_modules/cyto_dl/models/vae/base_vae.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/abstract_prior.html b/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/abstract_prior.html index 8d2bcd394..e34518863 100644 --- a/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/abstract_prior.html +++ b/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/abstract_prior.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/gaussian.html b/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/gaussian.html index 0d9db4aa3..47ee30971 100644 --- a/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/gaussian.html +++ b/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/gaussian.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/identity_prior.html b/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/identity_prior.html index 0bc244dae..be3e965ed 100644 --- a/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/identity_prior.html +++ b/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/identity_prior.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/joint_prior.html b/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/joint_prior.html index 4ccfc07a5..880e876df 100644 --- a/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/joint_prior.html +++ b/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/joint_prior.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/discriminators/multi_scale_discriminator.html b/_modules/cyto_dl/nn/discriminators/multi_scale_discriminator.html index 6388f4fc1..a39a36818 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/discriminators/multi_scale_discriminator.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/discriminators/multi_scale_discriminator.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/discriminators/n_layer_discriminator.html b/_modules/cyto_dl/nn/discriminators/n_layer_discriminator.html index 8330957fb..6050ce515 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/discriminators/n_layer_discriminator.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/discriminators/n_layer_discriminator.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/head/base_head.html b/_modules/cyto_dl/nn/head/base_head.html index a95878af7..f1ef51cbc 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/head/base_head.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/head/base_head.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/head/gan_head.html b/_modules/cyto_dl/nn/head/gan_head.html index 58f758255..f3a5a26ce 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/head/gan_head.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/head/gan_head.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/head/gan_head_superres.html b/_modules/cyto_dl/nn/head/gan_head_superres.html index c0deec7d1..b94bf128b 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/head/gan_head_superres.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/head/gan_head_superres.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/head/mae_head.html b/_modules/cyto_dl/nn/head/mae_head.html index 52d6aaa61..0ba328e6f 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/head/mae_head.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/head/mae_head.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/head/mask_head.html b/_modules/cyto_dl/nn/head/mask_head.html index 8971e3181..14f82ef45 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/head/mask_head.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/head/mask_head.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/head/res_blocks_head.html b/_modules/cyto_dl/nn/head/res_blocks_head.html index 8a095b0c7..d73926310 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/head/res_blocks_head.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/head/res_blocks_head.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/head/vic_reg.html b/_modules/cyto_dl/nn/head/vic_reg.html index d33ea9b9f..178c7a83c 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/head/vic_reg.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/head/vic_reg.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/hr_skip.html b/_modules/cyto_dl/nn/hr_skip.html index 8afd96ced..824e87c79 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/hr_skip.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/hr_skip.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/losses/adversarial_loss.html b/_modules/cyto_dl/nn/losses/adversarial_loss.html index 884d7bd47..d810f1e7c 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/losses/adversarial_loss.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/losses/adversarial_loss.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/losses/chamfer_loss.html b/_modules/cyto_dl/nn/losses/chamfer_loss.html index 0796f8046..95427c897 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/losses/chamfer_loss.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/losses/chamfer_loss.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/losses/continuous_bernoulli.html b/_modules/cyto_dl/nn/losses/continuous_bernoulli.html index 45da8ec07..d5cbab2dc 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/losses/continuous_bernoulli.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/losses/continuous_bernoulli.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/losses/cosine_loss.html b/_modules/cyto_dl/nn/losses/cosine_loss.html index 68771276d..96d3c66a1 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/losses/cosine_loss.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/losses/cosine_loss.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/losses/gan_loss.html b/_modules/cyto_dl/nn/losses/gan_loss.html index aa940e788..2744ad02d 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/losses/gan_loss.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/losses/gan_loss.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/losses/gaussian_nll_loss.html b/_modules/cyto_dl/nn/losses/gaussian_nll_loss.html index fc1134ee4..6faf6eff2 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/losses/gaussian_nll_loss.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/losses/gaussian_nll_loss.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/losses/loss_wrapper.html b/_modules/cyto_dl/nn/losses/loss_wrapper.html index 86e951190..addd1fa54 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/losses/loss_wrapper.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/losses/loss_wrapper.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/losses/threshold_loss.html b/_modules/cyto_dl/nn/losses/threshold_loss.html index 0fc36f613..dc63fc548 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/losses/threshold_loss.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/losses/threshold_loss.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/losses/vic_reg.html b/_modules/cyto_dl/nn/losses/vic_reg.html index 88ec3b7db..b2b10d00c 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/losses/vic_reg.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/losses/vic_reg.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/losses/weibull.html b/_modules/cyto_dl/nn/losses/weibull.html index 7d848e345..63b2caf00 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/losses/weibull.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/losses/weibull.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/losses/weighted_mse_loss.html b/_modules/cyto_dl/nn/losses/weighted_mse_loss.html index 44f893ce4..708e25a4f 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/losses/weighted_mse_loss.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/losses/weighted_mse_loss.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/mlp.html b/_modules/cyto_dl/nn/mlp.html index ec670a266..f482e51ff 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/mlp.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/mlp.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/res_unit.html b/_modules/cyto_dl/nn/res_unit.html index 973d3dd35..3aed7d868 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/res_unit.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/res_unit.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/spatial_transformer.html b/_modules/cyto_dl/nn/spatial_transformer.html index d429f5598..6df27147d 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/spatial_transformer.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/spatial_transformer.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/track_sequence_predictor.html b/_modules/cyto_dl/nn/track_sequence_predictor.html index 1c35306ea..86ed66c87 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/track_sequence_predictor.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/track_sequence_predictor.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/vits/blocks/cross_attention.html b/_modules/cyto_dl/nn/vits/blocks/cross_attention.html index ab6e78d7a..b60c59560 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/vits/blocks/cross_attention.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/vits/blocks/cross_attention.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/vits/blocks/intermediate_weigher.html b/_modules/cyto_dl/nn/vits/blocks/intermediate_weigher.html index 6b28b629a..cda7aaceb 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/vits/blocks/intermediate_weigher.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/vits/blocks/intermediate_weigher.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/vits/blocks/patchify.html b/_modules/cyto_dl/nn/vits/blocks/patchify.html index 11b5b7672..5bb388c56 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/vits/blocks/patchify.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/vits/blocks/patchify.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/vits/cross_mae.html b/_modules/cyto_dl/nn/vits/cross_mae.html index 52ee0f306..c70da02fe 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/vits/cross_mae.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/vits/cross_mae.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/vits/mae.html b/_modules/cyto_dl/nn/vits/mae.html index 304d5ce41..69b6fbb9c 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/vits/mae.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/vits/mae.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/vits/seg.html b/_modules/cyto_dl/nn/vits/seg.html index d35543d3a..bdcc46ffc 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/vits/seg.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/vits/seg.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/vits/utils.html b/_modules/cyto_dl/nn/vits/utils.html index 886d8d89b..51e3c0ee0 100644 --- a/_modules/cyto_dl/nn/vits/utils.html +++ b/_modules/cyto_dl/nn/vits/utils.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/train.html b/_modules/cyto_dl/train.html index 837334940..38013d476 100644 --- a/_modules/cyto_dl/train.html +++ b/_modules/cyto_dl/train.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • @@ -447,7 +449,7 @@

    Source code for cyto_dl.train

     
     
     @utils.task_wrapper
    -def train(cfg: DictConfig) -> Tuple[dict, dict]:
    +def train(cfg: DictConfig, data=None) -> Tuple[dict, dict]:
         """Trains the model. Can additionally evaluate on a testset, using best weights obtained during
         training.
     
    @@ -481,7 +483,7 @@ 

    Source code for cyto_dl.train

         utils.remove_aux_key(cfg)
     
         log.info(f"Instantiating data <{cfg.data.get('_target_', cfg.data)}>")
    -    data = hydra.utils.instantiate(cfg.data)
    +    data = utils.create_dataloader(cfg.data, data)
         if not isinstance(data, LightningDataModule):
             if not isinstance(data, MutableMapping) or "train_dataloaders" not in data:
                 raise ValueError(
    diff --git a/_modules/cyto_dl/utils/array.html b/_modules/cyto_dl/utils/array.html
    new file mode 100644
    index 000000000..c57211a54
    --- /dev/null
    +++ b/_modules/cyto_dl/utils/array.html
    @@ -0,0 +1,506 @@
    +
    +
    +  
    +    
    +    
    +
    +    
    +        cyto_dl.utils.array - cyto-dl 0.1.8 documentation
    +      
    +    
    +    
    +    
    +    
    +
    +
    +
    +  
    +    
    +    
    +    
    +
    +
    +  
    +    Contents
    +    
    +      
    +    
    +  
    +  
    +    Menu
    +    
    +      
    +      
    +      
    +    
    +  
    +  
    +    Expand
    +    
    +      
    +    
    +  
    +  
    +    Light mode
    +    
    +      
    +      
    +      
    +      
    +      
    +      
    +      
    +      
    +      
    +    
    +  
    +  
    +    Dark mode
    +    
    +      
    +      
    +    
    +  
    +  
    +    Auto light/dark mode
    +    
    +      
    +      
    +      
    +      
    +      
    +      
    +      
    +    
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    + + + + + Back to top + +
    +
    + +
    + +
    +
    +

    Source code for cyto_dl.utils.array

    +import hydra
    +import numpy as np
    +from omegaconf import OmegaConf
    +
    +
    +
    [docs]def create_dataloader(data_cfg, data=None): + """Create a dataloader from a data config and optional data.""" + data_cfg = OmegaConf.to_object(data_cfg) + if data is not None: + # inference, using make_array_dataloader + if "data" in data_cfg: + data_cfg["data"] = data + # training, has train_dataloaders/val_dataloaders + for split in ("train", "val", "test"): + if f"{split}_dataloaders" in data_cfg: + data_cfg[f"{split}_dataloaders"]["data"] = data[split] + + # Instantiate the dataloader with the dataset + dataloader = hydra.utils.instantiate(data_cfg) + + return dataloader
    + + +
    [docs]def extract_array_predictions(output, task_heads=None): + """Converts output from model.predict() to a dictionary of numpy arrays per head.""" + predictions = {} + for batch_pred in output: + # ignore io_map + _, batch_pred = batch_pred + # if no task_heads are provided, use all + if task_heads is None: + task_heads = list(batch_pred.keys()) + # combine all predictions per-head + for head in task_heads: + if head not in predictions: + predictions[head] = [] + predictions[head] += batch_pred[head]["pred"] + # stack head predictions into numpy array + for head, pred in predictions.items(): + predictions[head] = np.stack(pred) + + return predictions
    +
    +
    +
    +
    + + +
    +
    + + Made with Sphinx and @pradyunsg's + + Furo + +
    +
    + +
    +
    + +
    +
    + +
    +
    + + + + + \ No newline at end of file diff --git a/_modules/cyto_dl/utils/config.html b/_modules/cyto_dl/utils/config.html index e77e5d7e0..646d00503 100644 --- a/_modules/cyto_dl/utils/config.html +++ b/_modules/cyto_dl/utils/config.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/utils/download_test_data.html b/_modules/cyto_dl/utils/download_test_data.html index f815749e9..26c7b0473 100644 --- a/_modules/cyto_dl/utils/download_test_data.html +++ b/_modules/cyto_dl/utils/download_test_data.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/utils/dummy_dataset.html b/_modules/cyto_dl/utils/dummy_dataset.html index 3051a2db0..e386ff233 100644 --- a/_modules/cyto_dl/utils/dummy_dataset.html +++ b/_modules/cyto_dl/utils/dummy_dataset.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/utils/pylogger.html b/_modules/cyto_dl/utils/pylogger.html index eb5474e7d..a53524461 100644 --- a/_modules/cyto_dl/utils/pylogger.html +++ b/_modules/cyto_dl/utils/pylogger.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/utils/rich_utils.html b/_modules/cyto_dl/utils/rich_utils.html index afa1736cd..db37e47d1 100644 --- a/_modules/cyto_dl/utils/rich_utils.html +++ b/_modules/cyto_dl/utils/rich_utils.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/utils/rotation.html b/_modules/cyto_dl/utils/rotation.html index a83c8abaa..36bccc28c 100644 --- a/_modules/cyto_dl/utils/rotation.html +++ b/_modules/cyto_dl/utils/rotation.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/_modules/cyto_dl/utils/template_utils.html b/_modules/cyto_dl/utils/template_utils.html index 5dbea910b..7e37d2aa5 100644 --- a/_modules/cyto_dl/utils/template_utils.html +++ b/_modules/cyto_dl/utils/template_utils.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • @@ -428,13 +430,13 @@

    Source code for cyto_dl.utils.template_utils

    import warnings
     from importlib.util import find_spec
     from pathlib import Path
    -from typing import Any, Callable, Dict, List
    +from typing import Any, Callable, List
     
     import hydra
     from lightning import Callback
     from lightning.pytorch.loggers import Logger
     from lightning.pytorch.utilities import rank_zero_only
    -from omegaconf import DictConfig, OmegaConf
    +from omegaconf import DictConfig
     
     from cyto_dl.loggers import MLFlowLogger
     
    @@ -467,14 +469,14 @@ 

    Source code for cyto_dl.utils.template_utils

        - Logging the output dir
         """
     
    -    def wrap(cfg: DictConfig):
    +    def wrap(cfg: DictConfig, data: Any = None):
             # apply extra utilities
             extras(cfg)
     
             # execute the task
             try:
                 start_time = time.time()
    -            out = task_func(cfg=cfg)
    +            out = task_func(cfg=cfg, data=data)
             except Exception as ex:
                 log.exception("")  # save exception to `.log` file
                 raise ex
    diff --git a/_modules/index.html b/_modules/index.html
    index 89b9b5d47..5b13aa2be 100644
    --- a/_modules/index.html
    +++ b/_modules/index.html
    @@ -199,6 +199,7 @@
     
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • @@ -436,6 +438,7 @@

    All modules for which code is available

  • cyto_dl.dataframe.transforms.group_cols
  • cyto_dl.dataframe.transforms.misc
  • cyto_dl.dataframe.transforms.split
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array
  • cyto_dl.datamodules.data_dict
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.dataframe_datamodule
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.grouped_dataframe_datamodule
  • @@ -513,6 +516,7 @@

    All modules for which code is available

  • cyto_dl.nn.vits.seg
  • cyto_dl.nn.vits.utils
  • cyto_dl.train
  • +
  • cyto_dl.utils.array
  • cyto_dl.utils.config
  • cyto_dl.utils.download_test_data
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset
  • diff --git a/_sources/cyto_dl.datamodules.array.rst.txt b/_sources/cyto_dl.datamodules.array.rst.txt new file mode 100644 index 000000000..da00d6541 --- /dev/null +++ b/_sources/cyto_dl.datamodules.array.rst.txt @@ -0,0 +1,7 @@ +cyto\_dl.datamodules.array module +================================= + +.. automodule:: cyto_dl.datamodules.array + :members: + :undoc-members: + :show-inheritance: diff --git a/_sources/cyto_dl.datamodules.rst.txt b/_sources/cyto_dl.datamodules.rst.txt index 90e6f4d75..4003387dc 100644 --- a/_sources/cyto_dl.datamodules.rst.txt +++ b/_sources/cyto_dl.datamodules.rst.txt @@ -20,6 +20,7 @@ Submodules .. toctree:: :maxdepth: 4 + cyto_dl.datamodules.array cyto_dl.datamodules.data_dict cyto_dl.datamodules.folder cyto_dl.datamodules.multidim_image diff --git a/_sources/cyto_dl.utils.array.rst.txt b/_sources/cyto_dl.utils.array.rst.txt new file mode 100644 index 000000000..0992458f7 --- /dev/null +++ b/_sources/cyto_dl.utils.array.rst.txt @@ -0,0 +1,7 @@ +cyto\_dl.utils.array module +=========================== + +.. automodule:: cyto_dl.utils.array + :members: + :undoc-members: + :show-inheritance: diff --git a/_sources/cyto_dl.utils.rst.txt b/_sources/cyto_dl.utils.rst.txt index a99db12cc..86130a416 100644 --- a/_sources/cyto_dl.utils.rst.txt +++ b/_sources/cyto_dl.utils.rst.txt @@ -20,6 +20,7 @@ Submodules .. toctree:: :maxdepth: 4 + cyto_dl.utils.array cyto_dl.utils.config cyto_dl.utils.download_test_data cyto_dl.utils.dummy_dataset diff --git a/api.html b/api.html index 6a66591b7..3eba7bc5c 100644 --- a/api.html +++ b/api.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/cyto_dl.api.cyto_dl_model.cyto_dl_base_model.html b/cyto_dl.api.cyto_dl_model.cyto_dl_base_model.html index 46a483db7..f26697ca3 100644 --- a/cyto_dl.api.cyto_dl_model.cyto_dl_base_model.html +++ b/cyto_dl.api.cyto_dl_model.cyto_dl_base_model.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/cyto_dl.api.cyto_dl_model.html b/cyto_dl.api.cyto_dl_model.html index ffbf30a95..6e437e142 100644 --- a/cyto_dl.api.cyto_dl_model.html +++ b/cyto_dl.api.cyto_dl_model.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/cyto_dl.api.cyto_dl_model.segmentation_plugin_model.html b/cyto_dl.api.cyto_dl_model.segmentation_plugin_model.html index c088dcb49..02cb8f56b 100644 --- a/cyto_dl.api.cyto_dl_model.segmentation_plugin_model.html +++ b/cyto_dl.api.cyto_dl_model.segmentation_plugin_model.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/cyto_dl.api.data.html b/cyto_dl.api.data.html index 735007935..51440c124 100644 --- a/cyto_dl.api.data.html +++ b/cyto_dl.api.data.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • @@ -512,6 +514,11 @@ SEGMENTATION = 'segmentation'#
    +
    +
    +SEGMENTATION_ARRAY = 'segmentation_array'#
    +
    +
    SEGMENTATION_PLUGIN = 'segmentation_plugin'#
    @@ -635,6 +642,7 @@
  • ExperimentType.INSTANCE_SEG
  • ExperimentType.LABEL_FREE
  • ExperimentType.SEGMENTATION
  • +
  • ExperimentType.SEGMENTATION_ARRAY
  • ExperimentType.SEGMENTATION_PLUGIN
  • diff --git a/cyto_dl.api.html b/cyto_dl.api.html index a47deb60c..f1a882d7a 100644 --- a/cyto_dl.api.html +++ b/cyto_dl.api.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • @@ -470,6 +472,7 @@

    SubmodulesExperimentType.INSTANCE_SEG
  • ExperimentType.LABEL_FREE
  • ExperimentType.SEGMENTATION
  • +
  • ExperimentType.SEGMENTATION_ARRAY
  • ExperimentType.SEGMENTATION_PLUGIN
  • diff --git a/cyto_dl.api.model.html b/cyto_dl.api.model.html index 4c983d2d0..0829b7337 100644 --- a/cyto_dl.api.model.html +++ b/cyto_dl.api.model.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • @@ -460,7 +462,7 @@
    -predict(run_async=False)[source]#
    +predict(run_async=False, data=None)[source]#
    @@ -481,7 +483,7 @@
    -train(run_async=False)[source]#
    +train(run_async=False, data=None)[source]#
    diff --git a/cyto_dl.callbacks.callback_utils.html b/cyto_dl.callbacks.callback_utils.html index b7cf4a3e8..9ea99c862 100644 --- a/cyto_dl.callbacks.callback_utils.html +++ b/cyto_dl.callbacks.callback_utils.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/cyto_dl.callbacks.csv_saver.html b/cyto_dl.callbacks.csv_saver.html index 9f63e52dd..1f424c9e1 100644 --- a/cyto_dl.callbacks.csv_saver.html +++ b/cyto_dl.callbacks.csv_saver.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/cyto_dl.callbacks.html b/cyto_dl.callbacks.html index e9dcfb471..fbfa3fbbd 100644 --- a/cyto_dl.callbacks.html +++ b/cyto_dl.callbacks.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/cyto_dl.callbacks.image_saver.html b/cyto_dl.callbacks.image_saver.html index bc12d8b8f..20980638e 100644 --- a/cyto_dl.callbacks.image_saver.html +++ b/cyto_dl.callbacks.image_saver.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/cyto_dl.callbacks.latent_walk.html b/cyto_dl.callbacks.latent_walk.html index 6c5a6838b..03fea59fe 100644 --- a/cyto_dl.callbacks.latent_walk.html +++ b/cyto_dl.callbacks.latent_walk.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/cyto_dl.callbacks.layer_freeze.html b/cyto_dl.callbacks.layer_freeze.html index 64f822c38..baf34cf95 100644 --- a/cyto_dl.callbacks.layer_freeze.html +++ b/cyto_dl.callbacks.layer_freeze.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/cyto_dl.callbacks.model_utils.html b/cyto_dl.callbacks.model_utils.html index 0b9e9ee43..391c081e0 100644 --- a/cyto_dl.callbacks.model_utils.html +++ b/cyto_dl.callbacks.model_utils.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/cyto_dl.callbacks.outlier_detection.html b/cyto_dl.callbacks.outlier_detection.html index d99c7bf01..e707a034a 100644 --- a/cyto_dl.callbacks.outlier_detection.html +++ b/cyto_dl.callbacks.outlier_detection.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/cyto_dl.compile.html b/cyto_dl.compile.html index 77eeb6467..ef250487c 100644 --- a/cyto_dl.compile.html +++ b/cyto_dl.compile.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/cyto_dl.dataframe.html b/cyto_dl.dataframe.html index 10052b3ad..5e54430ed 100644 --- a/cyto_dl.dataframe.html +++ b/cyto_dl.dataframe.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/cyto_dl.dataframe.readers.html b/cyto_dl.dataframe.readers.html index 3f0589fb5..ffba55470 100644 --- a/cyto_dl.dataframe.readers.html +++ b/cyto_dl.dataframe.readers.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/cyto_dl.dataframe.transforms.filter.html b/cyto_dl.dataframe.transforms.filter.html index 62ba35cfc..df2c80213 100644 --- a/cyto_dl.dataframe.transforms.filter.html +++ b/cyto_dl.dataframe.transforms.filter.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/cyto_dl.dataframe.transforms.group_cols.html b/cyto_dl.dataframe.transforms.group_cols.html index 73957faa5..d48c3d72c 100644 --- a/cyto_dl.dataframe.transforms.group_cols.html +++ b/cyto_dl.dataframe.transforms.group_cols.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • @@ -427,7 +429,7 @@

    cyto_dl.dataframe.transforms.group_cols module#

    -class cyto_dl.dataframe.transforms.group_cols.GroupCols(groups: Dict[str, str | Dict | None], dtypes: Dict[str, str | dtype | type | None] | None = None)[source]#
    +class cyto_dl.dataframe.transforms.group_cols.GroupCols(groups: Dict[str, str | Dict | None], dtypes: Dict[str, dtype | type | str | None] | None = None)[source]#

    Bases: Transform

    Parameters:
    diff --git a/cyto_dl.dataframe.transforms.html b/cyto_dl.dataframe.transforms.html index 891e708a6..a9448bf97 100644 --- a/cyto_dl.dataframe.transforms.html +++ b/cyto_dl.dataframe.transforms.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/cyto_dl.dataframe.transforms.misc.html b/cyto_dl.dataframe.transforms.misc.html index 8c90e9663..8bd578a9c 100644 --- a/cyto_dl.dataframe.transforms.misc.html +++ b/cyto_dl.dataframe.transforms.misc.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/cyto_dl.dataframe.transforms.split.html b/cyto_dl.dataframe.transforms.split.html index ef346fc49..d9c388795 100644 --- a/cyto_dl.dataframe.transforms.split.html +++ b/cyto_dl.dataframe.transforms.split.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/cyto_dl.datamodules.array.html b/cyto_dl.datamodules.array.html new file mode 100644 index 000000000..f3a4a04e3 --- /dev/null +++ b/cyto_dl.datamodules.array.html @@ -0,0 +1,526 @@ + + + + + + + + + cyto_dl.datamodules.array module - cyto-dl 0.1.8 documentation + + + + + + + + + + + + + + + + Contents + + + + + + Menu + + + + + + + + Expand + + + + + + Light mode + + + + + + + + + + + + + + Dark mode + + + + + + + Auto light/dark mode + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
    +
    +
    + +
    + +
    +
    + +
    + +
    +
    + +
    +
    +
    + + + + + Back to top + +
    + +
    + +
    + +
    +
    +
    +

    cyto_dl.datamodules.array module#

    +
    +
    +cyto_dl.datamodules.array.make_array_dataloader(data: ndarray | List[ndarray] | List[Dict[str, ndarray]], transforms: Sequence[Callable] | Callable, source_key: str = 'input', **dataloader_kwargs)[source]#
    +

    Create a dataloader from a an array dataset.

    +
    +
    Parameters:
    +
      +
    • data (Union[np.ndarray, List[np.ndarray], List[Dict[str, np.ndarray]],) – If a numpy array (prediction only), the dataloader will be created with a single source_key. +If a list each element must be a numpy array (for prediction) or a dictionary containing numpy array values (for training).

    • +
    • transforms (Union[Sequence[Callable], Callable],) – Transforms to apply to each sample

    • +
    • dataloader_kwargs – Additional keyword arguments are passed to the +torch.utils.data.DataLoader class when instantiating it (aside from +shuffle which is only used for the train dataloader). +Among these args are num_workers, batch_size, shuffle, etc. +See the PyTorch docs for more info on these args: +https://pytorch.org/docs/stable/data.html#torch.utils.data.DataLoader

    • +
    +
    +
    +
    + +
    + +
    +
    + +
    + +
    +
    + + + + + \ No newline at end of file diff --git a/cyto_dl.datamodules.data_dict.html b/cyto_dl.datamodules.data_dict.html index 7c51fdb1f..914ef7dce 100644 --- a/cyto_dl.datamodules.data_dict.html +++ b/cyto_dl.datamodules.data_dict.html @@ -3,7 +3,7 @@ - + cyto_dl.datamodules.data_dict module - cyto-dl 0.1.8 documentation @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • @@ -464,14 +466,14 @@
    - +
    Previous
    -
    cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    +
    cyto_dl.datamodules.array module
    diff --git a/cyto_dl.datamodules.dataframe.dataframe_datamodule.html b/cyto_dl.datamodules.dataframe.dataframe_datamodule.html index 08b4f716b..9028b1c45 100644 --- a/cyto_dl.datamodules.dataframe.dataframe_datamodule.html +++ b/cyto_dl.datamodules.dataframe.dataframe_datamodule.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/cyto_dl.datamodules.dataframe.grouped_dataframe_datamodule.html b/cyto_dl.datamodules.dataframe.grouped_dataframe_datamodule.html index 504889209..a196d3282 100644 --- a/cyto_dl.datamodules.dataframe.grouped_dataframe_datamodule.html +++ b/cyto_dl.datamodules.dataframe.grouped_dataframe_datamodule.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/cyto_dl.datamodules.dataframe.html b/cyto_dl.datamodules.dataframe.html index 7ad5a86c5..dea8ee53d 100644 --- a/cyto_dl.datamodules.dataframe.html +++ b/cyto_dl.datamodules.dataframe.html @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • diff --git a/cyto_dl.datamodules.dataframe.utils.html b/cyto_dl.datamodules.dataframe.utils.html index aa1ed9c31..38bdbfac8 100644 --- a/cyto_dl.datamodules.dataframe.utils.html +++ b/cyto_dl.datamodules.dataframe.utils.html @@ -3,7 +3,7 @@ - + cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module - cyto-dl 0.1.8 documentation @@ -200,6 +200,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
  • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
  • @@ -373,6 +374,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
  • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
  • @@ -487,12 +489,12 @@