分子拆解文件（Molecular Split Definition file，后缀名为.mdef）是MoleSplit.dll程序集专用的数据文件，其内容采用了一套通用的基团拆分语法编写而成，该语法定义了基团贡献法对分子的拆解规则。 该文件为文本文件，其内容由声明标签与定义信息构成，声明标签用于声明启用某种解析方法，在标签的两端需要加上#号；而定义信息根据具体的基团贡献法编写，为分子拆分方法提供了必要的规则信息。其中预定义的解析方法共有5种，对应的声明标签为：#Radical#、#Atom#、#Ring#、#Bond#、#Element#，这5种方法涵盖了大部分基团贡献法的基础拆解原理。
分子拆解文件的内容由一个或多个“拆解信息定义块”组成，每个“拆解信息定义块”由开头的声明标签和方法所需的具体定义信息构成。信息块之间及声明标签与定义信息之间必须空一行。单个信息块的结构示意如下：
#Declaration Label#
……
Definition information
……
原子编码准确描述了单个原子的元素种类及连接环境（原子轨道杂化类型）的信息，其编写规则作如下约定：
- 不计分子中的H原子；
- 编码结构为：元素符号 + 化学键列表（1 – 单键、2 – 双键……以此类推）；
- 化学键列表中的化学键按键数从大到小的顺序排列。
Radical是所有解析标签中最强大的一个，以基团-CON(CH3)2为例，如图5-3所示，图中灰色框中的内容为该基团在定义未见中的定义编码，其由三部分组成：基团签名、原子编码列表和基团邻接矩阵；图片描述了从基团结构图转化为定义编码的过程。
基团签名可以包含的信息有：基团名称、辅助定位原子索引列表和三种标记：部分屏蔽、属性标记、编码重写标记。其书写位置位于整个基团定义编码的第一行。
| 功能描述 | 语法规则 |
|---|---|
| 完全屏蔽匹配 | RadicalName |
| 部分屏蔽匹配 | *RadicalName=(AtomIndex1,AtomIndex2,...) |
| 属性标记 | _AttributeTag_=(AtomIndex1,AtomIndex2,...) |
| 原子编码重命名 | NewAtomCode=(AtomIndex1,AtomIndex2,...) |
- 完全屏蔽匹配：只写基团名称时，语法默认采用完全屏蔽的方式对该基团进行匹配，即在完成匹配后注销所有参与匹配的原子（后续匹配中将无法再次使用这些原子）；
- 部分屏蔽匹配：辅助定位原子索引列表中原子将不会被注销，可以在后续匹配中继续使用；
- 属性标记：原子索引列表中的原子将被打上标记，不会影响原有的原子编码，且不会有数据输出，属于匹配预处理过程，打上标记的原子将在后续识别中提供原子环境信息；
- 原子编码重命名：原子索引列表中的原子编码将被替换为新的编码，也属于匹配预处理过程，不会有数据输出，为后续识别提供原子环境等信息。
原子编码列表中的AtomCode是一种稍作改良的正则表达式，注意其与原子编码的不同：原子编码是用于描述单个原子的元素种类及连接环境（原子轨道杂化类型）的，而此处的AtomCode则是用于匹配原子编码，只要是符合正则表达式的原子编码类型，均会通过匹配。因此，原子编码列表中的AtomCode具有通配性，而之前提到的原子编码则具有唯一性。
| 功能描述 | 语法规则 |
|---|---|
| 普通匹配 | AtomCode |
| 属性匹配 | AtomCode_AttributeTag1_AttributeTag2… |
| 限制属性匹配 | AtomCode$ / AtomCode_AttributeTag1$ |
- 普通匹配：完全符合正则表达式的语法规则，将需要匹配的一种或一类原子编码表述为正则表达式即可，该匹配状态下将无视原子的属性；
- 属性匹配：在原有原子编码的基础上，以下划线连接属性名称，属性名称来源于之前的属性标记中的名称，注意：一定要在完成某一属性标记之后才可使用该属性名称，否则将无法匹配；
- 限制属性匹配：在之前的原子编码基础在，若需要限制原子的属性，比如不希望匹配到的原子带有任何属性，或期待原子只含有某一种属性，可在原有编码的末尾添加$符号。
基团的邻接矩阵，顾名思义，就是按原子编码列表中的原子顺序书写的邻接矩阵，其中的数字含义如下：
- x = 0 ：表示横纵索引所对应的两个原子不相连；
- 0<x<5 ：表示横纵索引所对应的两个原子以 键相连（单键、双键……）；
- x >= 5 ：表示横纵索引所对应的两个原子以任意化学键相连都将符合要求。 由于基团或分子所构成的图是无向图，所以其邻接矩阵必为对称阵，且对角线原子必为0，所以在实际应用中可以省略包括对角线在内的一半。（在本软件中，程序只会读取邻接矩阵的下半部分，所以用户书写完整版的矩阵也不会报错。）
Ring解析器提供了有关环结构的统计和属性标记功能。有必要说明的是：对于桥环类化合物，其拓扑结构中的不同环存在共用节点，这类情况下，在不同应用领域的定义中，环的数量是不相同的。为了防止造成对单个环上原子数目与环的数量出现歧义，本解析器对环的解析依据如下：
- 环的数量依据：
Ring_Number = (N - S +1)式中N为原子个数（节点数）；S为化学键数（边数） - 环的大小（即组成一个环的节点个数）依据：使所有环的共用节点数最少。
本解析器的声明标签为：#Ring#，并提供3类功能，分别为：输出统计、标记环上原子和标记环上化学键。
将多元环的统计结果添加进MoleSplitter实例中的DefinedFragment属性里，与其余碎片一并输出。
| 功能描述 | 语法规则 |
|---|---|
| 输出多元环的统计结果 | PRINT=(RING) |
| 输出多元碳环的统计结果 | PRINT=(C_RING) |
| 输出饱和多元碳环的统计结果 | PRINT=(SAT_C_RING) |
将符合定义的环原子贴上相应的自定义标签，为后续带有属性判断的解析器提供识别依据。
| 功能描述 | 语法规则 |
|---|---|
| 标记环原子 | _CUSTOM LABEL_=(RING) |
| 标记碳环原子 | _CUSTOM LABEL_=(C_RING) |
| 标记饱和碳环原子 | _CUSTOM LABEL_=(SAT_C_RING) |
标记符合定义的环上的化学键，为Bond识别器提供环属性判断依据。
| 功能描述 | 语法规则 |
|---|---|
| 标记环上的键 | SIGN=(RING_BOND) |
| 标记碳环上的键 | SIGN=(C_RING_BOND) |
| 标记饱和碳环上的键 | SIGN=(SAT_C_RING_BOND) |
Bond解析器用于统计分子中指定类型的化学键，可指定的化学键特征包括：
- 化学键两端的元素类型；
- 化学键键数；
- 化学键是否属于环的一部分。
Atom解析器用于统计分子中指定原子编码的单原子或含氢基团，支持原型原子与带属性原子的识别，其语法格式与#Radical#中的语法类似，由于单原子或含氢基团不存在连接关系，故不需要邻接矩阵；此外，Atom识别中的原子编码不支持正则表达式。 在使用上，完全可以用Radical解析器所提供的功能代替Atom解析；但在代码实现上，Atom的原子统计是基于哈希表的，故其具有更低的时间复杂度，在批处理时可以体现出时间上的优势。
Element解析器用于统计分子中指定种类的元素，需要注意的是Atom解析与Element解析的区别：Atom解析用于识别单原子或含氢基团，其采用原子编码进行匹配，比对信息包括了元素及其连接环境的信息；Element解析仅用于识别元素，不含其连接环境的信息。与Atom相同的是，Element的元素统计也是基于哈希表的，该解析器不支持属性的识别。