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# Ensemble model translated into BNGL
begin molecule types
I()
Trash()
Pheromone(ste2)
Ste2(pheromone,gpa1,sst2)
Gpa1(ste2,ste4,nuc~GDP~GTP)
Ste4(ste5,gpa1,state~reg~synth,ste20)
Sst2(ste2,mapk,S539~u~p)
Ste20(ste4)
Ste5(ste11,ste7,ste4,mapk,ste5,loc~n~c,T287~u~p)
Ste11(mapk,ste5,degradation~u~p,S302_S306_S307~u~p~pp~ppp)
Ste7(ste5,mapk,S359_T363~u~p~pp)
Fus3(dock,T180~u~p,Y182~u~p)
Kss1(dock,T183~u~p,Y185~u~p)
Msg5(mapk)
Ptp(mapk)
Ste12(mapk,dna,dig1,dig2)
Dig1(ste12,mapk,activation~u~p)
Dig2(ste12,mapk,activation~u~p)
Ste2_gene(promoter)
Gpa1_gene(promoter)
Dig2_gene(promoter)
Ste4_gene(promoter)
Sst2_gene(promoter)
Fus3_gene(promoter)
Ste12_gene(promoter)
Msg5_gene(promoter)
Mekkp(ste11)
Mekp(ste7)
end molecule types
begin seed species
I() 1
Trash() 1
Pheromone(ste2) 0
Ste12_gene(promoter) 1
Dig2_gene(promoter) 1
Ste12(dig1!1,dig2,mapk,dna).Dig1(mapk,ste12!1,activation~u) 1390
Dig2(mapk,ste12,activation~u) 1184
Dig1(mapk,ste12,activation~u) 3409
Msg5_gene(promoter) 1
Fus3_gene(promoter) 1
Sst2_gene(promoter) 1
Gpa1_gene(promoter) 1
Ste4_gene(promoter) 1
Ste2_gene(promoter) 1
Gpa1(ste4!1,ste2,nuc~GDP).Ste4(ste5,gpa1!1,ste20,state~reg) 10000
Gpa1(ste4,ste2,nuc~GDP) 5000
Sst2(mapk,ste2,S539~u) 2500
Ste2(gpa1,sst2,pheromone) 10000
Ste20(ste4) 4200
Fus3(T180~u,Y182~u,dock) 20400
Kss1(Y185~u,T183~u,dock) 20800
Msg5(mapk) 38
Ptp(mapk) 1270
Ste7(ste5,mapk,S359_T363~u) 960
Ste11(ste5,S302_S306_S307~u,mapk,degradation~u) 3500
Ste5(ste5,ste7,ste4,mapk,ste11,loc~n,T287~u) 1680
Mekkp(ste11) 1750
Mekp(ste7) 1750
end seed species
begin observables
Molecules G_act Ste4(gpa1)
Molecules Gpa1_free Gpa1(ste4)
Molecules Fus3tot Fus3()
Molecules Fus3PP Fus3(T180~p,Y182~p)
Molecules membrane_Ste5 Ste5(ste4!1).Ste4(ste5!1)
Molecules bound_G_protein Gpa1(ste4!1).Ste4(gpa1!1)
Molecules total_Gpa1 Gpa1()
Molecules total_Ste4 Ste4()
Molecules unbound_Ste4 Ste4(gpa1)
Molecules ste20_bound_ste4 Ste4(ste20!1).Ste20(ste4!1)
Molecules active_Ste12 Ste12(dig1,dig2,mapk)
Molecules total_Ste12 Ste12()
Molecules activated_Ste7 Ste7(S359_T363~pp)
Molecules total_Ste7 Ste7()
Molecules active_Ste11 Ste11(S302_S306_S307~ppp)
Molecules Ste11_pp Ste11(S302_S306_S307~pp)
Molecules Ste11_p Ste11(S302_S306_S307~p)
Molecules Msg5 Msg5()
Molecules active_Ste2 Ste2(pheromone!1).Pheromone(ste2!1)
Molecules total_Ste2 Ste2()
Molecules Kss1tot Kss1()
Molecules Kss1PP Kss1(T183~p,Y185~p)
Molecules synthesized_Ste4 Ste4(state~synth)
Molecules Ste12_bound_to_Ste4_gene Ste12(dna!1).Ste4_gene(promoter!1)
Molecules total_Pheromone Pheromone()
Molecules nuclear_Ste5 Ste5(loc~n,ste11,ste7,ste4,mapk,ste5)
Molecules cyto__free_ste5 Ste5(loc~c,ste11,ste7,ste4,mapk,ste5)
Molecules ste5_ste11 Ste5(ste11!1).Ste11(ste5!1)
Molecules ste5_ste7 Ste5(ste7!1).Ste7(ste5!1)
Molecules ste5_mapk Ste5(mapk!+)
Molecules ste5_dimerized Ste5(ste5!1).Ste5(ste5!1)
Molecules ste5_phosph Ste5(T287~p)
end observables
begin functions
Func0()=Gpa1_free / bound_G_protein
Func1()=0.3 * ( Gpa1_free / ( Gpa1_free + 2500))
end functions
begin reaction rules
Pheromone(ste2) + Ste2(pheromone) -> Pheromone(ste2!1).Ste2(pheromone!1) + Pheromone(ste2) 3e-05
Ste2(pheromone!1).Pheromone(ste2!1) -> Ste2(pheromone) 0.015 DeleteMolecules
Ste2(gpa1) + Gpa1(ste2) -> Ste2(gpa1!1).Gpa1(ste2!1) 0.001725
Ste2(gpa1!1).Gpa1(ste2!1) -> Ste2(gpa1) + Gpa1(ste2) 0
Ste2(gpa1!1).Gpa1(ste2!1,ste4) -> Ste2(gpa1) + Gpa1(ste2,ste4) 0.15
Ste2(gpa1!1).Gpa1(ste2!1,ste4!2).Ste4(gpa1!2) -> Ste2(gpa1) + Gpa1(ste2,ste4!2).Ste4(gpa1!2) 0.03
Gpa1(ste4) + Ste4(gpa1,ste5,ste20,state~reg) -> Gpa1(ste4!1).Ste4(gpa1!1,ste5,ste20,state~reg) 0.001725
Gpa1(ste4) + Ste4(gpa1,ste5,ste20,state~synth) -> Gpa1(ste4!1).Ste4(gpa1!1,ste5,ste20,state~synth) 8.595e-08
Gpa1(ste4!1).Ste4(gpa1!1) -> Gpa1(ste4) + Ste4(gpa1) 0
Ste4(gpa1!1).Gpa1(ste4!1,ste2,nuc~GTP) -> Ste4(gpa1) + Gpa1(ste4,ste2,nuc~GTP) 7.5
Ste4(gpa1!1).Gpa1(ste4!1,ste2!+,nuc~GTP) -> Ste4(gpa1) + Gpa1(ste4,ste2!+,nuc~GTP) 1.5
Gpa1(nuc~GDP) -> Gpa1(nuc~GTP) 0
Pheromone(ste2!1).Ste2(pheromone!1,gpa1!2).Gpa1(nuc~GDP,ste2!2) -> Pheromone(ste2!1).Ste2(pheromone!1,gpa1!2).Gpa1(nuc~GTP,ste2!2) 0.15
Ste2(sst2) + Sst2(ste2) -> Ste2(sst2!1).Sst2(ste2!1) 0.0008595
Ste2(sst2!1).Sst2(ste2!1) -> Ste2(sst2) + Sst2(ste2) 0.15
Gpa1(nuc~GTP) -> Gpa1(nuc~GDP) 0
Gpa1(nuc~GTP,ste2) -> Gpa1(nuc~GDP,ste2) 0.015
Gpa1(nuc~GTP,ste2!2).Ste2(gpa1!2,sst2) -> Gpa1(nuc~GDP,ste2!2).Ste2(gpa1!2,sst2) 0.015
Gpa1(nuc~GTP,ste2!2).Ste2(gpa1!2,sst2!1).Sst2(ste2!1,S539~p) -> Gpa1(nuc~GDP,ste2!2).Ste2(gpa1!2,sst2!1).Sst2(ste2!1,S539~p) 1.5
Gpa1(nuc~GTP,ste2!2).Ste2(gpa1!2,sst2!1).Sst2(ste2!1,S539~u) -> Gpa1(nuc~GDP,ste2!2).Ste2(gpa1!2,sst2!1).Sst2(ste2!1,S539~u) 1.5
Fus3(dock) + Sst2(S539,mapk) -> Fus3(dock!1).Sst2(S539,mapk!1) 8.595e-05
Fus3(dock!1).Sst2(S539,mapk!1) -> Fus3(dock) + Sst2(S539,mapk) 0
Fus3(dock!1,T180~u,Y182~u).Sst2(S539,mapk!1) -> Fus3(dock,T180~u,Y182~u) + Sst2(S539,mapk) 1.5
Fus3(dock!1,T180~p,Y182~u).Sst2(S539,mapk!1) -> Fus3(dock,T180~p,Y182~u) + Sst2(S539,mapk) 0.75
Fus3(dock!1,T180~u,Y182~p).Sst2(S539,mapk!1) -> Fus3(dock,T180~u,Y182~p) + Sst2(S539,mapk) 0.75
Fus3(dock!1,T180~p,Y182~p).Sst2(S539,mapk!1) -> Fus3(dock,T180~p,Y182~p) + Sst2(S539,mapk) 0.375
Sst2(mapk!1,S539~u).Fus3(dock!1) -> Sst2(mapk,S539~p) + Fus3(dock) 0
Sst2(mapk!1,S539~u).Fus3(dock!1,T180~p,Y182~p) -> Sst2(mapk,S539~p) + Fus3(dock,T180~p,Y182~p) 1.5
Kss1(dock) + Sst2(S539,mapk) -> Kss1(dock!1).Sst2(S539,mapk!1) 8.595e-05
Kss1(dock!1).Sst2(S539,mapk!1) -> Kss1(dock) + Sst2(S539,mapk) 0
Kss1(dock!1,T183~u,Y185~u).Sst2(S539,mapk!1) -> Kss1(dock,T183~u,Y185~u) + Sst2(S539,mapk) 1.5
Kss1(dock!1,T183~p,Y185~u).Sst2(S539,mapk!1) -> Kss1(dock,T183~p,Y185~u) + Sst2(S539,mapk) 0.75
Kss1(dock!1,T183~u,Y185~p).Sst2(S539,mapk!1) -> Kss1(dock,T183~u,Y185~p) + Sst2(S539,mapk) 0.75
Kss1(dock!1,T183~p,Y185~p).Sst2(S539,mapk!1) -> Kss1(dock,T183~p,Y185~p) + Sst2(S539,mapk) 0.375
Sst2(mapk!1,S539~u).Kss1(dock!1) -> Sst2(mapk,S539~p) + Kss1(dock) 0
Sst2(mapk!1,S539~u).Kss1(dock!1,T183~p,Y185~p) -> Sst2(mapk,S539~p) + Kss1(dock,T183~p,Y185~p) 1.5
Sst2(S539~p) -> Sst2(S539~u) 0.00087
Ste2(pheromone) -> Trash() 0.000435 DeleteMolecules
Pheromone(ste2!1).Ste2(pheromone!1) -> Trash() 0.00295 DeleteMolecules
Ste12(dna) + Ste2_gene(promoter) -> Ste12(dna!1).Ste2_gene(promoter!1) 2.145e-05
Ste12(dna!1).Ste2_gene(promoter!1) -> Ste12(dna) + Ste2_gene(promoter) 0.03
I() -> I() + Ste2(gpa1,pheromone,sst2) 2.865
Ste12(dig1,dig2,mapk,dna!1).Ste2_gene(promoter!1) -> Ste12(dig1,dig2,mapk,dna!1).Ste2_gene(promoter!1) + Ste2(gpa1,pheromone,sst2) 12
Gpa1(ste4) -> Trash() 4.95e-05 DeleteMolecules
Ste4(gpa1) -> Trash() 4.95e-05 DeleteMolecules
Ste4(gpa1!1).Gpa1(ste4!1) -> Trash() 3.3e-5 DeleteMolecules
Ste12(dna) + Gpa1_gene(promoter) -> Ste12(dna!1).Gpa1_gene(promoter!1) 2.145e-03
Ste12(dna!1).Gpa1_gene(promoter!1) -> Ste12(dna) + Gpa1_gene(promoter) 0.03
Ste12(dig1,dig2,mapk,dna!1).Gpa1_gene(promoter!1) -> Ste12(dig1,dig2,mapk,dna!1).Gpa1_gene(promoter!1) + Gpa1(ste2,ste4,nuc~GDP) 27
Ste12(dna) + Ste4_gene(promoter) -> Ste12(dna!1).Ste4_gene(promoter!1) 0.0002145
Ste12(dna!1).Ste4_gene(promoter!1) -> Ste12(dna) + Ste4_gene(promoter) 0.03
I() -> I() + Ste4(gpa1!1,ste5,ste20,state~reg).Gpa1(ste4!1,ste2,nuc~GDP) 0.495
Ste12(dna!1,dig1,dig2,mapk).Ste4_gene(promoter!1) -> Ste12(dna!1,dig1,dig2,mapk).Ste4_gene(promoter!1) + Ste4(gpa1,ste5,ste20,state~synth) 18
Sst2() -> Trash() 0 DeleteMolecules
Sst2(S539~u) -> Trash() 0.00039 DeleteMolecules
Sst2(S539~p) -> Trash() 0.000585 DeleteMolecules
Ste12(dna) + Sst2_gene(promoter) -> Ste12(dna!1).Sst2_gene(promoter!1) 2.145e-05
Ste12(dna!1).Sst2_gene(promoter!1) -> Ste12(dna) + Sst2_gene(promoter) 0.03
I() -> I() + Sst2(ste2,mapk,S539~u) 0.78
Ste12(dig1,dig2,mapk,dna!1).Sst2_gene(promoter!1) -> Ste12(dig1,dig2,mapk,dna!1).Sst2_gene(promoter!1) + Sst2(ste2,mapk,S539~u) 1.5
Ste20(ste4) + Ste4(gpa1,ste20) -> Ste20(ste4!1).Ste4(gpa1,ste20!1) 8.595e-05
Ste20(ste4!1).Ste4(gpa1,ste20!1) -> Ste20(ste4) + Ste4(gpa1,ste20) 0.8
Ste5(ste4,loc~c) + Ste4(ste5,gpa1) -> Ste5(ste4!1,loc~c).Ste4(ste5!1,gpa1) 0
Ste5(ste4,ste5!1,loc~c).Ste4(ste5!2).Ste5(ste5!1,ste4!2,loc~c) + Ste4(ste5,gpa1) -> Ste5(ste4!3,ste5!1,loc~c).Ste4(ste5!2).Ste4(ste5!3,gpa1).Ste5(ste5!1,ste4!2,loc~c) 0.001725
Ste5(ste5!1,ste4,loc~c).Ste5(ste5!1,ste4,loc~c) + Ste4(ste5,gpa1) -> Ste5(ste5!1,ste4!3,loc~c).Ste5(ste5!1,ste4,loc~c).Ste4(ste5!3,gpa1) 8.595e-05
Ste5(ste5,ste4,loc~c) + Ste4(gpa1,ste5) -> Ste5(ste5,ste4!3,loc~c).Ste4(gpa1,ste5!3) 8.595e-05
Ste5(ste4!1).Ste4(ste5!1) -> Ste5(ste4) + Ste4(ste5) 0
Ste4(ste5!1).Ste5(ste4!1,ste5) -> Ste4(ste5) + Ste5(ste4,ste5) 0.2
Ste4(ste5!1).Ste5(ste4!1,ste5!2).Ste5(ste5!2) -> Ste4(ste5) + Ste5(ste4,ste5!2).Ste5(ste5!2) 0.02
Ste5(ste5,loc~c) + Ste5(ste5,loc~c) -> Ste5(ste5!1,loc~c).Ste5(ste5!1,loc~c) 0
Ste5(ste5,ste4,loc~c) + Ste5(ste5,ste4,loc~c) -> Ste5(ste5!3,ste4,loc~c).Ste5(ste5!3,ste4,loc~c) 8.595e-05
Ste5(ste5,ste4!1,loc~c).Ste4(ste5!1) + Ste5(ste5,ste4,loc~c) -> Ste5(ste5!1,ste4!2,loc~c).Ste5(ste5!1,ste4,loc~c).Ste4(ste5!2) 8.595e-05
Ste4(ste5!2).Ste5(ste5,ste4!2,loc~c) + Ste5(ste5,ste4!1,loc~c).Ste4(ste5!1) -> Ste4(ste5!3).Ste5(ste5!1,ste4!3,loc~c).Ste5(ste5!1,ste4!2,loc~c).Ste4(ste5!2) 0.001725
Ste5(ste5!1).Ste5(ste5!1) -> Ste5(ste5) + Ste5(ste5) 0
Ste5(ste5!1,ste4).Ste5(ste5!1,ste4) -> Ste5(ste5,ste4) + Ste5(ste5,ste4) 0.075
Ste5(ste4!2,ste5!1).Ste5(ste5!1,ste4).Ste4(ste5!2) -> Ste5(ste4!2,ste5).Ste4(ste5!2) + Ste5(ste5,ste4) 0.0075
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Ste7(mapk!2).Kss1(dock!2,Y185~u) -> Ste7(mapk!2).Kss1(dock!2,Y185~p) 0
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Fus3(dock!1,T180~u,Y182~p).Ste11(mapk!1) -> Fus3(dock,T180~u,Y182~p) + Ste11(mapk) 0.75
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Ste11() -> Trash() 0 DeleteMolecules
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Msg5(mapk!1).Kss1(dock!1,T183~u,Y185~u) -> Msg5(mapk) + Kss1(dock,T183~u,Y185~u) 1.2
Msg5(mapk!1).Kss1(dock!1,T183~u,Y185~p) -> Msg5(mapk) + Kss1(dock,T183~u,Y185~p) 0.12
Msg5(mapk!1).Kss1(dock!1,T183~p,Y185~u) -> Msg5(mapk) + Kss1(dock,T183~p,Y185~u) 0.12
Msg5(mapk!1).Kss1(dock!1,T183~p,Y185~p) -> Msg5(mapk) + Kss1(dock,T183~p,Y185~p) 0.12
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Msg5(mapk!1).Kss1(dock!1,Y185~p) -> Msg5(mapk) + Kss1(dock,Y185~u) 0.12
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Ptp(mapk!1).Fus3(dock!1,Y182~u) -> Ptp(mapk) + Fus3(dock,Y182~u) 1.5
Ptp(mapk!1).Fus3(dock!1,Y182~p) -> Ptp(mapk) + Fus3(dock,Y182~p) 0.3
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Ptp(mapk!1).Kss1(dock!1) -> Ptp(mapk) + Kss1(dock) 0
Ptp(mapk!1).Kss1(dock!1,Y185~u) -> Ptp(mapk) + Kss1(dock,Y185~u) 0.15
Ptp(mapk!1).Kss1(dock!1,Y185~p) -> Ptp(mapk) + Kss1(dock,Y185~p) 0.03
Ptp(mapk!1).Kss1(dock!1,Y185~p) -> Ptp(mapk) + Kss1(dock,Y185~u) 0.12
Fus3() -> Trash() 0.000192 DeleteMolecules
Ste12(dna) + Fus3_gene(promoter) -> Ste12(dna!1).Fus3_gene(promoter!1) 2.145e-05
Ste12(dna!1).Fus3_gene(promoter!1) -> Ste12(dna) + Fus3_gene(promoter) 0.03
I() -> I() + Fus3(dock,T180~u,Y182~u) 3.9
Ste12(dig1,dig2,mapk,dna!1).Fus3_gene(promoter!1) -> Ste12(dig1,dig2,mapk,dna!1).Fus3_gene(promoter!1) + Fus3(dock,T180~u,Y182~u) 15
Msg5() -> Trash() 0.000795 DeleteMolecules
Ste12(dna) + Msg5_gene(promoter) -> Ste12(dna!1).Msg5_gene(promoter!1) 2.145e-05
Ste12(dna!1).Msg5_gene(promoter!1) -> Ste12(dna) + Msg5_gene(promoter) 0.03
I() -> I() + Msg5(mapk) 0.0795
Ste12(dig1,dig2,mapk,dna!1).Msg5_gene(promoter!1) -> Ste12(dig1,dig2,mapk,dna!1).Msg5_gene(promoter!1) + Msg5(mapk) 0.63
Dig1(ste12) + Ste12(dig1) -> Dig1(ste12!1).Ste12(dig1!1) 0.000855
Dig1(ste12!1).Ste12(dig1!1) -> Dig1(ste12) + Ste12(dig1) 0
Dig1(ste12!1,activation~p).Ste12(dig1!1,dig2,mapk) -> Dig1(ste12,activation~p) + Ste12(dig1,dig2,mapk) 30
Dig1(ste12!1,activation~p).Ste12(dig1!1,dig2!2,mapk).Dig2(ste12!2) -> Dig1(ste12,activation~p) + Ste12(dig1,dig2!2,mapk).Dig2(ste12!2) 3
Dig1(ste12!1,activation~p).Ste12(dig1!1,dig2,mapk!+) -> Dig1(ste12,activation~p) + Ste12(dig1,dig2,mapk!+) 3
Dig1(ste12!1,activation~p).Ste12(dig1!1,dig2!2,mapk!+).Dig2(ste12!2) -> Dig1(ste12,activation~p) + Ste12(dig1,dig2!2,mapk!+).Dig2(ste12!2) 0.03
Ste12(dig2) + Dig2(ste12) -> Ste12(dig2!1).Dig2(ste12!1) 0.000855
Dig2(ste12!1).Ste12(dig2!1) -> Dig2(ste12) + Ste12(dig2) 0
Dig2(ste12!1,activation~p).Ste12(dig1,dig2!1) -> Dig2(ste12,activation~p) + Ste12(dig1,dig2) 30
Ste12(dig1!1,dig2!2).Dig1(ste12!1).Dig2(ste12!2,activation~p) -> Ste12(dig1!1,dig2).Dig1(ste12!1) + Dig2(ste12,activation~p) 3
Fus3(dock) + Ste12(mapk) -> Fus3(dock!1).Ste12(mapk!1) 8.595e-05
Ste12(mapk!1).Fus3(dock!1) -> Ste12(mapk) + Fus3(dock) 0
Ste12(mapk!1,dig1).Fus3(dock!1,T180~u,Y182~u) -> Ste12(mapk,dig1) + Fus3(dock,T180~u,Y182~u) 3
Ste12(mapk!1,dig1).Fus3(dock!1,T180~u,Y182~p) -> Ste12(mapk,dig1) + Fus3(dock,T180~u,Y182~p) 15
Ste12(mapk!1,dig1).Fus3(dock!1,T180~p,Y182~u) -> Ste12(mapk,dig1) + Fus3(dock,T180~p,Y182~u) 15
Ste12(mapk!1,dig1).Fus3(dock!1,T180~p,Y182~p) -> Ste12(mapk,dig1) + Fus3(dock,T180~p,Y182~p) 75
Ste12(mapk!1,dig1!2).Dig1(ste12!2).Fus3(dock!1,T180~u,Y182~u) -> Ste12(mapk,dig1!1).Dig1(ste12!1) + Fus3(dock,T180~u,Y182~u) 0.3
Ste12(mapk!1,dig1!2).Dig1(ste12!2).Fus3(dock!1,T180~u,Y182~p) -> Ste12(mapk,dig1!1).Dig1(ste12!1) + Fus3(dock,T180~u,Y182~p) 1.5
Ste12(mapk!1,dig1!2).Dig1(ste12!2).Fus3(dock!1,T180~p,Y182~u) -> Ste12(mapk,dig1!1).Dig1(ste12!1) + Fus3(dock,T180~p,Y182~u) 1.5
Ste12(mapk!1,dig1!2).Dig1(ste12!2).Fus3(dock!1,T180~p,Y182~p) -> Ste12(mapk,dig1!1).Dig1(ste12!1) + Fus3(dock,T180~p,Y182~p) 7.5
Kss1(dock) + Ste12(mapk) -> Kss1(dock!1).Ste12(mapk!1) 8.595e-05
Ste12(mapk!1).Kss1(dock!1) -> Ste12(mapk) + Kss1(dock) 0
Ste12(mapk!1,dig1).Kss1(dock!1,T183~u,Y185~u) -> Ste12(mapk,dig1) + Kss1(dock,T183~u,Y185~u) 0.75
Ste12(mapk!1,dig1).Kss1(dock!1,T183~u,Y185~p) -> Ste12(mapk,dig1) + Kss1(dock,T183~u,Y185~p) 3.75
Ste12(mapk!1,dig1).Kss1(dock!1,T183~p,Y185~u) -> Ste12(mapk,dig1) + Kss1(dock,T183~p,Y185~u) 3.75
Ste12(mapk!1,dig1).Kss1(dock!1,T183~p,Y185~p) -> Ste12(mapk,dig1) + Kss1(dock,T183~p,Y185~p) 18.75
Ste12(mapk!1,dig1!2).Dig1(ste12!2).Kss1(dock!1,T183~u,Y185~u) -> Ste12(mapk,dig1!1).Dig1(ste12!1) + Kss1(dock,T183~u,Y185~u) 0.075
Ste12(mapk!1,dig1!2).Dig1(ste12!2).Kss1(dock!1,T183~u,Y185~p) -> Ste12(mapk,dig1!1).Dig1(ste12!1) + Kss1(dock,T183~u,Y185~p) 0.375
Ste12(mapk!1,dig1!2).Dig1(ste12!2).Kss1(dock!1,T183~p,Y185~u) -> Ste12(mapk,dig1!1).Dig1(ste12!1) + Kss1(dock,T183~p,Y185~u) 0.375
Ste12(mapk!1,dig1!2).Dig1(ste12!2).Kss1(dock!1,T183~p,Y185~p) -> Ste12(mapk,dig1!1).Dig1(ste12!1) + Kss1(dock,T183~p,Y185~p) 1.5
Dig1(mapk,activation~u) + Fus3(dock) -> Dig1(mapk!1,activation~u).Fus3(dock!1) 8.595e-05
Dig1(mapk!1).Fus3(dock!1) -> Dig1(mapk) + Fus3(dock) 0
Dig1(mapk!1).Fus3(dock!1,T180~u,Y182~u) -> Dig1(mapk) + Fus3(dock,T180~u,Y182~u) 4.5
Dig1(mapk!1).Fus3(dock!1,T180~u,Y182~p) -> Dig1(mapk) + Fus3(dock,T180~u,Y182~p) 2.25
Dig1(mapk!1).Fus3(dock!1,T180~p,Y182~u) -> Dig1(mapk) + Fus3(dock,T180~p,Y182~u) 2.25
Dig1(mapk!1).Fus3(dock!1,T180~p,Y182~p) -> Dig1(mapk) + Fus3(dock,T180~p,Y182~p) 1.125
Fus3(dock!1).Dig1(mapk!1,activation~u) -> Fus3(dock) + Dig1(mapk,activation~p) 0
Dig1(mapk!1,activation~u).Fus3(dock!1,T180~p,Y182~p) -> Dig1(mapk,activation~p) + Fus3(dock,T180~p,Y182~p) 1.5
Kss1(dock) + Dig1(mapk,activation~u) -> Kss1(dock!1).Dig1(mapk!1,activation~u) 8.595e-06
Kss1(dock!1).Dig1(mapk!1) -> Kss1(dock) + Dig1(mapk) 0
Dig1(mapk!1).Kss1(dock!1,Y185~u,T183~u) -> Dig1(mapk) + Kss1(dock,Y185~u,T183~u) 7.5
Dig1(mapk!1).Kss1(dock!1,Y185~u,T183~p) -> Dig1(mapk) + Kss1(dock,Y185~u,T183~p) 3.75
Dig1(mapk!1).Kss1(dock!1,Y185~p,T183~u) -> Dig1(mapk) + Kss1(dock,Y185~p,T183~u) 3.75
Dig1(mapk!1).Kss1(dock!1,Y185~p,T183~p) -> Dig1(mapk) + Kss1(dock,Y185~p,T183~p) 1.875
Dig1(mapk!1,activation~u).Kss1(dock!1) -> Dig1(mapk,activation~p) + Kss1(dock) 0
Kss1(dock!1,Y185~p,T183~p).Dig1(mapk!1,activation~u) -> Kss1(dock,Y185~p,T183~p) + Dig1(mapk,activation~p) 1.5
Fus3(dock) + Dig2(mapk,activation~u) -> Fus3(dock!1).Dig2(mapk!1,activation~u) 8.595e-05
Fus3(dock!1).Dig2(mapk!1) -> Fus3(dock) + Dig2(mapk) 0
Dig2(mapk!1).Fus3(dock!1,T180~u,Y182~u) -> Dig2(mapk) + Fus3(dock,T180~u,Y182~u) 1.5
Dig2(mapk!1).Fus3(dock!1,T180~u,Y182~p) -> Dig2(mapk) + Fus3(dock,T180~u,Y182~p) 0.75
Dig2(mapk!1).Fus3(dock!1,T180~p,Y182~u) -> Dig2(mapk) + Fus3(dock,T180~p,Y182~u) 0.75
Dig2(mapk!1).Fus3(dock!1,T180~p,Y182~p) -> Dig2(mapk) + Fus3(dock,T180~p,Y182~p) 0.375
Fus3(dock!1).Dig2(mapk!1,activation~u) -> Fus3(dock) + Dig2(mapk,activation~p) 0
Dig2(mapk!1,activation~u).Fus3(dock!1,T180~p,Y182~p) -> Dig2(mapk,activation~p) + Fus3(dock,T180~p,Y182~p) 1.5
Dig2(mapk,activation~u) + Kss1(dock) -> Dig2(mapk!1,activation~u).Kss1(dock!1) 8.595e-06
Kss1(dock!1).Dig2(mapk!1) -> Kss1(dock) + Dig2(mapk) 0
Dig2(mapk!1).Kss1(dock!1,Y185~u,T183~u) -> Dig2(mapk) + Kss1(dock,Y185~u,T183~u) 2.55
Dig2(mapk!1).Kss1(dock!1,Y185~u,T183~p) -> Dig2(mapk) + Kss1(dock,Y185~u,T183~p) 1.275
Dig2(mapk!1).Kss1(dock!1,Y185~p,T183~u) -> Dig2(mapk) + Kss1(dock,Y185~p,T183~u) 1.275
Dig2(mapk!1).Kss1(dock!1,Y185~p,T183~p) -> Dig2(mapk) + Kss1(dock,Y185~p,T183~p) 0.645
Kss1(dock!1).Dig2(mapk!1,activation~u) -> Kss1(dock) + Dig2(mapk,activation~p) 0
Kss1(dock!1,Y185~p,T183~p).Dig2(mapk!1,activation~u) -> Kss1(dock,Y185~p,T183~p) + Dig2(mapk,activation~p) 1.5
Dig1(activation~p) -> Dig1(activation~u) 0.00087
Dig2(activation~p) -> Dig2(activation~u) 0.00087
Dig2() -> Trash() 0.000192 DeleteMolecules
Ste12(dna) + Dig2_gene(promoter) -> Ste12(dna!1).Dig2_gene(promoter!1) 2.145e-05
Ste12(dna!1).Dig2_gene(promoter!1) -> Ste12(dna) + Dig2_gene(promoter) 0.03
I() -> I() + Dig2(mapk,ste12,activation~u) 0.24
Ste12(dig1,dig2,mapk,dna!1).Dig2_gene(promoter!1) -> Ste12(dig1,dig2,mapk,dna!1).Dig2_gene(promoter!1) + Dig2(mapk,ste12,activation~u) 0.45
Ste12(dna) + Ste12_gene(promoter) -> Ste12(dna!1).Ste12_gene(promoter!1) 2.145e-05
Ste12(dna!1).Ste12_gene(promoter!1) -> Ste12(dna) + Ste12_gene(promoter) 0.03
Ste12(dig1,dig2,mapk,dna!1).Ste12_gene(promoter!1) -> Ste12(dig1,dig2,mapk,dna!1).Ste12_gene(promoter!1) + Ste12(dig1,dig2,mapk,dna) 0.45
Ste7(ste5!2,S359_T363~pp,mapk!1).Ste5(ste7!2).Fus3(dock!1,T180~p,Y182~p) -> Ste7(ste5,S359_T363~pp,mapk) + Ste5(ste7) + Fus3(dock,T180~p,Y182~p) 0.495
Ste7(ste5,S359_T363~pp,mapk) -> Trash() 0.00255 DeleteMolecules
Ste11(ste5) + Mekkp(ste11) -> Ste11(ste5!1).Mekkp(ste11!1) 7.155e-05
Ste11(ste5!1).Mekkp(ste11!1) -> Ste11(ste5) + Mekkp(ste11) 0.6
Ste11(S302_S306_S307~ppp,ste5!1).Mekkp(ste11!1) -> Ste11(S302_S306_S307~pp,ste5!1).Mekkp(ste11!1) 0.2505
Ste11(S302_S306_S307~pp,ste5!1).Mekkp(ste11!1) -> Ste11(S302_S306_S307~p,ste5!1).Mekkp(ste11!1) 0.2505
Ste11(S302_S306_S307~p,ste5!1).Mekkp(ste11!1) -> Ste11(S302_S306_S307~u,ste5!1).Mekkp(ste11!1) 0.2505
Ste7(ste5) + Mekp(ste7) -> Ste7(ste5!1).Mekp(ste7!1) 7.155e-05
Ste7(ste5!1).Mekp(ste7!1) -> Ste7(ste5) + Mekp(ste7) 0.6
Ste7(S359_T363~pp,ste5!1).Mekp(ste7!1) -> Ste7(S359_T363~p,ste5!1).Mekp(ste7!1) 0.2505
Ste7(S359_T363~p,ste5!1).Mekp(ste7!1) -> Ste7(S359_T363~u,ste5!1).Mekp(ste7!1) 0.2505
Ste5(ste11,ste7,ste4,mapk,ste5,loc~c) -> Ste5(ste11,ste7,ste4,mapk,ste5,loc~n) 0.5
Ste5(loc~n) -> Ste5(loc~c) Func1()
Gpa1(ste4) + Ste5(loc~n) -> Gpa1(ste4) + Ste5(loc~c) Func1()
Fus3(dock!1,Y182~p).Ste5(mapk!1,T287~u) -> Fus3(dock!1,Y182~p).Ste5(mapk!1,T287~p) 1.5
Ste5(T287~p) -> Ste5(T287~u) 0.0087
end reaction rules
# 1. Run with this line uncommented to generate the opts file. Copy this file to the top level project folder
# (if using RuleBender).
#visualize({type=>"opts"})
# 2. Now uncomment the next line to use the opts file.
#visualize({type=>"regulatory",groups=>1,collapse=>1,opts=>"../../../Suderman_2013_opts.txt",doNotUseContextWhenGrouping=>1})