logo R + paket
trenutno web-developer / R programer pri Rapporter Ltd. 5+ godina iskustva: R, webdev, GNU/Linux prokrastinacija osnovnih studija psihologije (Level 3 Apsolvent) R je programski jezik za statističku analizu i grafičko prikazivanje podataka nastao kao open-source implementacija programskog jezika S, Chambers 1976. geek humor: referenca ka C programskom jeziku autori Ross Ihaka, Robert Gentleman R prema početnim slovima imena autora? cross-platform: dostupan za Linux, Windows i MacOS pragmatičan - pisan je od strane statističara za statističare što možda i nije tako dobra ideja…
velika korisnička baza: preko 2 miliona korisnika odlične mogućnosti grafičkog prikazivanja podataka ekstenzibilnost: preko 4.5K paketa na CRAN mreži length(available.packages()[, 1])
binarna datoteka: arhiva dokumentovanih R skripti (i još ponešto preko…) add-on/ekstenzija/plugin koji proširuje osnovnu funkcionalnost R-a CRAN: Comprehensive R Archive Network http://cran.r-project.org/
mreža repozitorijuma paketa prilagođeni paketi korisnika nema šta nema
http://cran.r-project.org/web/views/
pretraga CRAN paketa/funkcija ostale distributivne mreže R paketa https://r-forge.r-project.org/
http://www.bioconductor.org/install/
https://github.com/languages/R
ne, ozbiljno… zašto? i kada? kada raspolažete trustom R skripti/funkcija koje: su namenjene rešavanju konkretnog tipa problema ili se odnose na određenu oblast želeli biste da dokumentujete funkcije koje svakodnevno koristite mislite da bi drugima bile od pomoći samo na CRAN mreži postoji preko 4500 paketa, barem jedan ce vam biti od pomoći
LaTeX je dobrodošao pri pisanju dokumentacije poželjno je znati neki od CVS: git, svn, bzr softver za upravljanje izvornim kodom http://github.com/
http://bitbucket.org/
http://gitorious.org/
bitne konfiguracione datoteke: demonstracija: postaviti paket na neki od servisa objekte unutar globalnog okruženja ls()
pakete i objekte u search path search()
predlozi? hello.world() ili npr. funkcija koja testira oblik distribucije
Debian Control File (`?read.dcf`) http://www.debian.org/doc/debian-policy/ch-controlfields.html
obavezna polja: `Package`, `Version`, `License`, `Description`, `Title`, `Author`, `Maintainer` ASCII, ako nije moguće, onda navesti `Encoding` (UTF8) `Author <email>` / `Maintainer <email>` nema svrhe navoditi R bez konkretne verzije/SVN revizije `base` paket se uvek koristi za eksterne pakete `SystemRequirements` za pakete koji se nalaze u primerima, testovima ili vinjetama
paketi čiji je Namespace potreban da bi se paket učitao sa `library()` navesti u `Imports` paketi koji su neophodni za učitavanje paketa u `Depends` za uspešno izvršavanje komande `R CMD check` navesti pakete bilo u `Depends`, `Suggests` ili `Imports` za testove, koristiti `Suggests` ili `Enhances` za pakete potrebne zbog podataka (`datasets`) ili vinjeta koristiti `Suggests` precizno navesti podatke o verzijama paketa: prilikom pozivanja komande `library()` proveravaju se zavisnosti verzija paketa (dependencies) `install.packages()` proverava `Depends`, `Imports` i `Suggests` za `dependencies = TRUE` `URL` - linkovi odvojeni `,` ili ` ` `BugReports` - URL prema interfejsu za prijavljivanje grešaka u paketu (bugtracker) `Collate` - redosled učitavanja datoteka (default: C locale) `LazyData` (pre R v2.14 `LazyLoad`) `Language` - ukoliko dokumentacija nije na engleskom `NEWS` ili `ChangeLog` - promene u novim verzijama paketa `inst/CITATION` - `bibentry()` `R` - za R skripte (koristiti `.R` ekstenziju) `man` - za dokumentaciju (koristiti `roxygen2`) `data` - za podatke koji idu uz paket (bilo `.rda` ili `.R`) `demo` - skripte koje demonstriraju funkcionalnost paketa `demo()` `inst` - poddirekorijumi će biti prekopirani u instalacioni folder `src` - za C, C++ ili Fortran datoteke `exec` - za izvršne datoteke `vignettes` - za vinjete, Sweave je neophodan! ne koristiti `R`, `data`, `demo`, `exec`, `libs`, `man`, `help`, `html` i `Meta` testovi, dodatne datoteke, itd. `roxygen2` - implementacija doxygen za R: dokumentacija unutar R skripti `LaTeX`-olika sintaksa: `\itemize`, `\enumerate`, `\emph`, `\code`, `\link`, itd. izbegavati “ručno” pisanje `.Rd` datoteka, koristite `roxygen`! `@description` - drugi pasus ukoliko je izostavljen, `roxygen` će je zameniti sa `@title` `@details` - sve od trećeg pasusa pa na dalje `@param` - dokumentacija formalnog argumenta funkcije `@return` - opis objekta koji data funkcija “vraća” `\dontrun{}`
`@export` - da li je funkcija “vidljiva”, tj. mogu da je koriste ostali (nije specifična za paket, interna) `@author Ime Prezime <email@@example.com>` `@usage` - primeri upotrebe date funkcije `@genericMethods` - za S4 klase `–as-cran` za kompatibilnost sa CRAN konvencijama voditi računa o `.Rprofile` (`–vanilla`) `install.package(‘testthat’)` sadrži funkcije koje pomažu razvoj paketa autor Hadley Wickham - garancija kvaliteta :-) http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-exts.html
Creating R Packages: A Tutorial - Friedrich Leisch http://cran.r-project.org/doc/contrib/Leisch-CreatingPackages.pdf
https://github.com/hadley/devtools/wiki/Package-basics
kreiranje paketa uz pomoć Rstudio softvera http://www.rstudio.com/ide/docs/packages/overview
Szilard Pafka & Jeroen Ooms - Bay Area RUG http://www.youtube.com/watch?v=TER-rQoVs0k
Rory Winston - Melbourne RUG http://www.youtube.com/watch?v=8-dGf-7arFI
http://www.youtube.com/playlist?list=PLF5EBA589570CA2F0
https://www.gnu.org/software/make/
http://beyondgrep.com/
http://ess.r-project.org/
http://rstudio.com/
http://marketplace.eclipse.org/content/statet-r
http://www.r-project.org/mail.html
http://stackoverflow.com/questions/tagged/r
http://www.r-bloggers.com/
http://i.imgur.com/Cj733f7.jpg
