Calcul de la pvalue pour les specific proteins

[dagopian]

Après l'étape distribution du pipeline, les proteins specific n'ont pas de pvalue.
Je suis en mode "two-tailed", et les pvalues étaient bien calculées pour les specific quand j'étais en "right-tailed".
J'utilise la branche scripts_analysis.

[dagopian]

Fichier distribution.py :

def compute_p_value(df: pd.DataFrame, test: str, best_dist, args_param) -> pd.DataFrame:
    if test == 'right-tailed':
        df['pvalue'] = 1 - best_dist.cdf(df['zscore'], **args_param)
    elif test == 'two-sided':
        df['pvalue'] = 2 * (1 - best_dist.cdf(abs(df['zscore']), **args_param))
    else:
        print("WARNING: two-tailed or not")
    return df

La condition pour calculer les pvalues en mode "two-sided" ou "two-tailed" est contrôlée dans: eilf == 'two-sided'

def update_res_with_specific_proteins(specific_proteins: pd.DataFrame, reference: str, test: str) -> pd.DataFrame:
    """
    Update p-value for protein if study include specific proteins
    """
    if test == 'two-tailed':
        specific_proteins['pvalue'] = 0
    elif test == 'right-tailed':
        #mask = (specific_proteins['ratio'] == 0.01)
        #specific_proteins['ratio']['pvalue'] = 0
        specific_proteins['pvalue'] = np.where((specific_proteins['ratio'] == 0.001), 1, 0)

Cette même condition pour le calcul des pavlues des protéines spécifiques est contrôlée dans if test == 'two-tailed'

Fix :

• Changer le if test == 'two-tailed' en if test == 'two-sided' dans la fonction update_res_with_specific_proteins
• Rajouter un else au cas ou la variable test ne vaut ni "two-tailed" ni "two-sided" dans la fonction update_res_with_specific_proteins