matrix_size: user definition might run into problems

[Jintram]

File "run.py", line 103, in singlerun
s.step()
File "/storage1/deronde/projects/diffusion/code/egfrd/egfrd_mas/egfrd.py", line 195, in step
self.scheduler.step()
File "/storage1/deronde/projects/diffusion/code/egfrd/egfrd_mas/egfrd.py", line 45, in call
return self.method(self.ref(), *arg)
File "/storage1/deronde/projects/diffusion/code/egfrd/egfrd_mas/egfrd.py", line 578, in fire_single
self.fire_single_reaction(single)
File "/storage1/deronde/projects/diffusion/code/egfrd/egfrd_mas/egfrd.py", line 469, in fire_single_reaction
self.clear_volume(oldpos, rad)
File "/storage1/deronde/projects/diffusion/code/egfrd/egfrd_mas/egfrd.py", line 400, in clear_volume
neighbors = self.get_neighbors_within_radius_no_sort(pos, radius, ignore)
File "/storage1/deronde/projects/diffusion/code/egfrd/egfrd_mas/egfrd.py", line 1290, in get_neighbors_within_radius_no_sort
result = container.get_neighbors_within_radius(pos, radius)
RuntimeError: Radius must be smaller than the half of the cell size

T. Miedema's comment:

This is caused by the decay reaction using a too large matrix-size. A matirx-size of approx 5 should wokr. This is testable by temporarily increasing the reaction constant for the decay reaction enormously, to trigger the this reaction fast.
We should add a check which tests if the matrix-size of user-scripts isn't too large.

(Dit werd veroorzaakt door de decay reactie met een te grote matriz-size (15). Een matrix size van 5 ofzo zou wel moeten werken. Je kunt dit testen door de reactie constante voor de decay reactie tijdelijk veel groter te maken om zo deze reactie snel te triggeren, en kijken of het werkt.
We moeten een check toevoegen die test of de matrixsize van userscripts niet te groot zijn.)