these.tex

% ----------------------------------------------------------------------%
% Coquille pour thèses et mémoires.                                     %
% UQAR, 29 mai 2009.                                                    %
% Modifié par F. Cyr - aout 2013                                        %
%		 AC. Tassel - janvier 2014                                          %
%		 C. Rigaud - 2014-2015                                              %
% ----------------------------------------------------------------------%

% ----------------------------------------------------------------------%
% Kevin Cazelles: J'ai utilisé ce template car c'est ce que j'ai utilisé
%  pour ma thèse
% ----------------------------------------------------------------------%



% ----------------------------------------------------------------------%
% 1- Préambule.                                                        %
% ----------------------------------------------------------------------%

% Pour le dépôt initial (recto), utiliser oneside.
% Pour le dépôt final  (recto-verso), remplacer oneside par twoside.

\documentclass[12pt,oneside,francais,letterpaper]{stylethese}
% \documentclass[12pt,twoside,letterpaper]{stylethese}

\raggedbottom % Évite les espaces trop gands entre chaque section.

% \usepackage{multirow}
\usepackage{natbib}
\usepackage{amssymb,amsmath}
\usepackage{enumerate} % For fancy enumerate item labels.
% \usepackage{utopia}
\usepackage{txfonts,empheq}
%\usepackage{chancery}
%\usepackage{ccaption}		 %pour utiliser \legend (pour l'explication de la figure,texte plus long)
%\usepackage{pgfplots}      	 % dessiner des graphes direct dans LaTeX
%\pgfplotsset{compat=1.3}
\usepackage{multicol}

\usepackage[utf8x]{inputenc}
\usepackage{ucs}


\usepackage{chapterbib} % <----- for bibliography per chapter
%\usepackage[duplicate]{chapterbib}
%\usepackage{url}

% Ajout Cyril :
\usepackage[linktocpage=true,linkcolor=cyan,citecolor=cyan,colorlinks=true,urlcolor=blue,pagebackref]{hyperref}
\usepackage[english,french]{cleveref}
\usepackage{upgreek}
\usepackage{textcomp}
\usepackage{tabularx}
\usepackage{longtable}
\usepackage{ltxtable}
\usepackage{pdflscape}
\usepackage{booktabs}
\usepackage{afterpage}
\usepackage{floatpag}
\usepackage[babel=true]{csquotes}
\usepackage{pifont}
\usepackage{soulutf8}
\usepackage{caption}
\usepackage{color}
\usepackage{ulem}


%%------------------ Ajout Kevin Cazelles
%%------------------ Ce qu'on a besoin pour inclure du code
%%------------------ => c'est ce qu'utilise pandoc pour faire mettre en page les
%%------------------ des code chunk (pour l'obtenir, voir template ou faire
%%------------------ un exemple minimal avec du code en md puis le convertir en
%%------------------ Latex avec l'option standalone (option -s))
\usepackage{lmodern}
% \usepackage{ifxetex,ifluatex}
% \usepackage{fixltx2e} % provides \textsubscript
% \ifnum 0\ifxetex 1\fi\ifluatex 1\fi=0 % if pdftex
%   \usepackage[T1]{fontenc}
%   \usepackage[utf8]{inputenc}
% \else % if luatex or xelatex
%   \ifxetex
%     \usepackage{mathspec}
%   \else
%     \usepackage{fontspec}
%   \fi
%   \defaultfontfeatures{Ligatures=TeX,Scale=MatchLowercase}
% \fi
% use upquote if available, for straight quotes in verbatim environments
\IfFileExists{upquote.sty}{\usepackage{upquote}}{}
% use microtype if available
\IfFileExists{microtype.sty}{%
\usepackage[]{microtype}
\UseMicrotypeSet[protrusion]{basicmath} % disable protrusion for tt fonts
}{}
\PassOptionsToPackage{hyphens}{url} % url is loaded by hyperref
% \usepackage[unicode=true]{hyperref}
% \hypersetup{pdfborder={0 0 0}, breaklinks=true}
\urlstyle{same}  % don't use monospace font for urls
\usepackage{fancyvrb}
\newcommand{\VerbBar}{|}
\newcommand{\VERB}{\Verb[commandchars=\\\{\}]}
\DefineVerbatimEnvironment{Highlighting}{Verbatim}{commandchars=\\\{\}}
% Add ',fontsize=\small' for more characters per line
\newenvironment{Shaded}{}{}
\newcommand{\KeywordTok}[1]{\textcolor[rgb]{0.00,0.44,0.13}{\textbf{#1}}}
\newcommand{\DataTypeTok}[1]{\textcolor[rgb]{0.56,0.13,0.00}{#1}}
\newcommand{\DecValTok}[1]{\textcolor[rgb]{0.25,0.63,0.44}{#1}}
\newcommand{\BaseNTok}[1]{\textcolor[rgb]{0.25,0.63,0.44}{#1}}
\newcommand{\FloatTok}[1]{\textcolor[rgb]{0.25,0.63,0.44}{#1}}
\newcommand{\ConstantTok}[1]{\textcolor[rgb]{0.53,0.00,0.00}{#1}}
\newcommand{\CharTok}[1]{\textcolor[rgb]{0.25,0.44,0.63}{#1}}
\newcommand{\SpecialCharTok}[1]{\textcolor[rgb]{0.25,0.44,0.63}{#1}}
\newcommand{\StringTok}[1]{\textcolor[rgb]{0.25,0.44,0.63}{#1}}
\newcommand{\VerbatimStringTok}[1]{\textcolor[rgb]{0.25,0.44,0.63}{#1}}
\newcommand{\SpecialStringTok}[1]{\textcolor[rgb]{0.73,0.40,0.53}{#1}}
\newcommand{\ImportTok}[1]{#1}
\newcommand{\CommentTok}[1]{\textcolor[rgb]{0.38,0.63,0.69}{\textit{#1}}}
\newcommand{\DocumentationTok}[1]{\textcolor[rgb]{0.73,0.13,0.13}{\textit{#1}}}
\newcommand{\AnnotationTok}[1]{\textcolor[rgb]{0.38,0.63,0.69}{\textbf{\textit{#1}}}}
\newcommand{\CommentVarTok}[1]{\textcolor[rgb]{0.38,0.63,0.69}{\textbf{\textit{#1}}}}
\newcommand{\OtherTok}[1]{\textcolor[rgb]{0.00,0.44,0.13}{#1}}
\newcommand{\FunctionTok}[1]{\textcolor[rgb]{0.02,0.16,0.49}{#1}}
\newcommand{\VariableTok}[1]{\textcolor[rgb]{0.10,0.09,0.49}{#1}}
\newcommand{\ControlFlowTok}[1]{\textcolor[rgb]{0.00,0.44,0.13}{\textbf{#1}}}
\newcommand{\OperatorTok}[1]{\textcolor[rgb]{0.40,0.40,0.40}{#1}}
\newcommand{\BuiltInTok}[1]{#1}
\newcommand{\ExtensionTok}[1]{#1}
\newcommand{\PreprocessorTok}[1]{\textcolor[rgb]{0.74,0.48,0.00}{#1}}
\newcommand{\AttributeTok}[1]{\textcolor[rgb]{0.49,0.56,0.16}{#1}}
\newcommand{\RegionMarkerTok}[1]{#1}
\newcommand{\InformationTok}[1]{\textcolor[rgb]{0.38,0.63,0.69}{\textbf{\textit{#1}}}}
\newcommand{\WarningTok}[1]{\textcolor[rgb]{0.38,0.63,0.69}{\textbf{\textit{#1}}}}
\newcommand{\AlertTok}[1]{\textcolor[rgb]{1.00,0.00,0.00}{\textbf{#1}}}
\newcommand{\ErrorTok}[1]{\textcolor[rgb]{1.00,0.00,0.00}{\textbf{#1}}}
\newcommand{\NormalTok}[1]{#1}
\IfFileExists{parskip.sty}{%
\usepackage{parskip}
}{% else
\setlength{\parindent}{0pt}
\setlength{\parskip}{6pt plus 2pt minus 1pt}
}
\setlength{\emergencystretch}{3em}  % prevent overfull lines
\providecommand{\tightlist}{%
  \setlength{\itemsep}{0pt}\setlength{\parskip}{0pt}}
\setcounter{secnumdepth}{0}
% Redefines (sub)paragraphs to behave more like sections
\ifx\paragraph\undefined\else
\let\oldparagraph\paragraph
\renewcommand{\paragraph}[1]{\oldparagraph{#1}\mbox{}}
\fi
\ifx\subparagraph\undefined\else
\let\oldsubparagraph\subparagraph
\renewcommand{\subparagraph}[1]{\oldsubparagraph{#1}\mbox{}}
\fi



\captionsetup{singlelinecheck=false}
% \captionsetup{singlelinecheck=false}

% Taille des légendes des 'Long Tables'
\setlength{\LTcapwidth}{\linewidth}
% \setlength{\LTcapwidth}{1.5\linewidth} 



%Marge inférieure avec note de bas de page
\setlength{\footnotesep}{1cm}

%Régler le problème des Et/And entre deux auteurs (voir le fichier "tutoriel bst")
\newcommand*{\andname}{and}
      \addto \captionsenglish {\renewcommand*{\andname}{and}}
      \addto \captionsfrench  {\renewcommand*{\andname}{et}}

%Intitulé des figures en français
\addto\captionsfrench{\renewcommand{\figurename}{Figure}}

%Intitulé des tableaux en français
\addto\captionsfrench{\renewcommand{\tablename}{Tableau}}

% Interligne 1 et 1/2.
\setstretch{1.5}

% Pour créer un index (optionnel).
\makeindex

% Info sur la thèse (Titre, auteur, etc.)
\Titre{LE TITRE DE LA THÈSE}
% Mettre en majuscule!!
\Auteur{David Beauchesnes}
\Faculte{programme de doctorat en Biologie}
\Diplome{Philosophiae Doctor}
\Date{Septembre}{2017}



\These


\Articles



\begin{document}
\pdfstringdefDisableCommands{%
\let\MakeUppercase\relax}



% ----------------------------------------------------------------------%
% 2- Liminaires de la thèse.                                            %
% ----------------------------------------------------------------------%

\include{liminaires}






% ----------------------------------------------------------------------%
% 3- Corps de la thèse.                                                %
% ----------------------------------------------------------------------%

\debutcorps
\cleardoublepage
% Utiliser      chapitres.tex pour une thèse (ou mémoire) traditionnelle.
% Remplacer par articles.tex  pour une thèse (ou mémoire) par articles.


\introduction
\selectlanguage{french}

% \chapter{INTRODUCTION GÉNÉRALE}
\input{intro.tex}
\cleardoublepage


\selectlanguage{english}

\input{./chapitre1/chap1.tex}
\input{./chapitre2/chap2.tex}
\input{./chapitre3/chap3.tex}

\cleardoublepage


\conclusion
\selectlanguage{french}
\input{conclu.tex}
\cleardoublepage




% ----------------------------------------------------------------------%
% 4 - Appendices de la thèse.                                           %
% ----------------------------------------------------------------------%


\input{annexe1/annexe1.tex}
\input{annexe2/annexe2.tex}






% ----------------------------------------------------------------------%
% 5 - Bibliographie.                                                    %
% ----------------------------------------------------------------------%

\selectlanguage{english}

\begin{singlespace}
  \makeatletter
  \phantomsection\addcontentsline{toc}{chapter}{\MakeUppercase{\@references}}
  \makeatother
  \bibliographystyle{apalike}
  \bibliography{mybiblio} % Ici mettre le nom de la biblio, ici mylib.bib
\end{singlespace}

% \begin{singlespace}
%   \makeatletter
%   \phantomsection\addcontentsline{toc}{chapter}{\MakeUppercase{\@references}}
%   \makeatother
%   \selectlanguage{english}
%   % \bibliographystyle{elsevier-harvard.csl} % Ici éditer le style
%   \bibliography{/Users/KevCaz/Documents/library.bib} % Ici mettre le nom de la biblio, ici mylib.bib
% \end{singlespace}



% ----------------------------------------------------------------------%
% Fin du document.                                                     %
% ----------------------------------------------------------------------%

\end{document}