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CustomCombineHWLEROutput.GCL.r
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CustomCombineHWLEROutput.GCL.r
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CustomCombineHWLEROutput.GCL=function(groupvec, groupnames, maindir, mixvec, ext="BOT", burn=0.5, alpha=0.1,PosteriorOutput=TRUE){
#######################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################
#
# Notice: This function makes all accomodations for the extra baseline group.
#
# "groupvec" is the same length as the number of populations in the KNOWN baseline.
#
# "groupnames" is the same length as the number of groups in the KNOWN baseline.
#
#
#
#
#
#
#
#
#######################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################
G=max(groupvec)
groupvec=c(groupvec,G+1)
groupnames=c(groupnames,"GroupX")
Results=vector("list",length(mixvec))
names(Results)=mixvec
pdf(file=paste(maindir,"\\TracePlotsHWLER",format(Sys.time(),"%b%d%Y_%H_%M_%S"),".pdf",sep=""),width=11, height=8, family="Helvetica",pointsize=20)
for(mix in mixvec){
HWLERoutput=read.table(paste(maindir,"\\",mix,"Chain1",ext,".",ext,sep=""))[,-1]
nits=nrow(HWLERoutput)
Burn=max(1,floor(burn*nits))
GroupedHWLERoutput=array(NA,c(nits,G+1),dimnames=list(1:nits,groupnames))
for(group in groupnames){
g=match(group,groupnames)
if(sum(groupvec==g)>1){
GroupedHWLERoutput[1:nits,group]=apply(HWLERoutput[1:nits,groupvec==g],1,sum)
}
if(sum(groupvec==g)==1){
GroupedHWLERoutput[1:nits,group]=HWLERoutput[1:nits,groupvec==g]
}
plot(GroupedHWLERoutput[1:nits,group],type="l",ylim=c(0,1),yaxp=c(0,1,10),col="red",xlab="Iteration",ylab="Proportion",main=paste("Trace of ",group," from ",mix,sep=""))
abline(v=Burn,col="blue")
}
UsedHWLERoutput=GroupedHWLERoutput[(Burn+1):nits,groupnames]
Results[[mix]]=vector("list",PosteriorOutput+1)
if(PosteriorOutput){
names(Results[[mix]])=c("SummaryStats","PosteriorOutput")
Results[[mix]][["SummaryStats"]]=data.frame(mean=apply(UsedHWLERoutput,2,mean),sd=apply(UsedHWLERoutput,2,sd),LowCI=apply(UsedHWLERoutput,2,function(clmn){quantile(clmn,alpha/2)}),UpCI=apply(UsedHWLERoutput,2,function(clmn){quantile(clmn,1-alpha/2)}))
Results[[mix]][["PosteriorOutput"]]=UsedHWLERoutput
}
if(!PosteriorOutput){
names(Results[[mix]])=c("SummaryStats")
Results[[mix]][["SummaryStats"]]=data.frame(mean=apply(UsedHWLERoutput,2,mean),sd=apply(UsedHWLERoutput,2,sd),LowCI=apply(UsedHWLERoutput,2,function(clmn){quantile(clmn,alpha/2)}),UpCI=apply(UsedHWLERoutput,2,function(clmn){quantile(clmn,1-alpha/2)}))
}
}
dev.off()
return(Results)
}