856114 - Costantini Davide
869877 - Giannaccari Mattia
Uno dei metodi di esplorazione dei file SAM/BAM consiste nell'iterare sul risultato della funzione pileup, ovvero una lista di oggetti (PileupColumn) che contengono le basi coperte dagli allineamenti. Il progetto consiste nel reimplementare questa funzione, aggiungendo un requisito sulla qualità delle singole basi della query.
Per eseguire il progetto sono necessari:
- Python 3
- Conda
- Pysam
Le librerie necessarie sono incluse nei file environment.yml, che possono essere importati con il seguente comando:
conda env create -f environment.yml