R Workshop Script - RCA Bioassessments.R

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#Script for the R workshop held in conjunction with the OBBN Annual Biomonitoring Meeting
#January 18 2017
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#Part 2: Best statistical practices for benthic biomonitoring
#Prepared by: Patrick Schaefer (pschaefer@creditvalleyca.ca)
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#Scenario 1: RCA Bioassessment - The BenthicAnalysis package (a work in progress)
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#It will hopefully be a single tool that can handle biotic, geospatial and environmental data
#to report on stream quality
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install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("p-schaefer/BenthicAnalysis", dependencies=T, force=T)
library(BenthicAnalysis)

runUI()

data("RCAHabitatData")
data("RCATaxaData")
data("RCASiteClass")
data("RCAManualSiteMatch")