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Merge pull request #22 from EcoNumUdS/update/H2025
✨ 2025 basic updates
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| Original file line number | Diff line number | Diff line change |
|---|---|---|
| @@ -1,4 +1,4 @@ | ||
| Title: Diapo cours BIO500 (UdS) | ||
| Version: 2.0.0 | ||
| Imports: knitr, rmarkdown, DiagrammeR, ggplot2, RSQLite, RPostgreSQL, reshape2, igraph | ||
| Imports: knitr, rmarkdown, DiagrammeR, ggplot2, RSQLite, RPostgreSQL, reshape2, sf, terra | ||
| Remotes: yihui/xaringan |
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| Original file line number | Diff line number | Diff line change |
|---|---|---|
|
|
@@ -22,7 +22,7 @@ | |
| %\def\labelitemi{$\bullet$} | ||
|
|
||
| \title{BIO500 : Méthodes en écologie computationelle} | ||
| \date {Hiver 2024} | ||
| \date {Hiver 2025} | ||
| \author {Victor Cameron} | ||
|
|
||
| \affil {Département de biologie \\ | ||
|
|
@@ -47,23 +47,23 @@ | |
| \hline | ||
| \textbf{Cours préalables} & Aucun \\ | ||
| \hline | ||
| \textbf{Lieu du cours} & D7-2016 \\ | ||
| \textbf{Lieu du cours} & D7-2021 \\ | ||
| \hline | ||
| \textbf{Jours et heures des cours} & 13 et 20 février, 12, 19 et 26 mars, 2 et 9 avril \\ & Tous les cours sont le mardi de 8h30 à 11h30 \\ | ||
| \textbf{Jours et heures des cours} & 11 et 18 février, 11, 18 et 25 mars, 1 et 8 avril \\ & Tous les cours sont le mardi de 8h30 à 11h30 \\ | ||
| \hline | ||
| \textbf{Session} & Hiver 2024 \\ | ||
| \textbf{Session} & Hiver 2025 \\ | ||
| \hline | ||
| \textbf{Date de début} & 13 février \\ | ||
| \textbf{Date de début} & 11 février \\ | ||
| \hline | ||
| \textbf{Date de fin} & 9 avril \\ | ||
| \textbf{Date de fin} & 8 avril \\ | ||
| \hline | ||
| \textbf{Date de remise de l'évaluation finale} & 21 avril à 16h00 \\ | ||
| \textbf{Date de remise de l'évaluation finale} & 15 et 22 avril à 16h00 \\ | ||
| \hline | ||
| \textbf{Date limite de retrait} & 19 février \\ | ||
| \textbf{Date limite de retrait} & 17 février \\ | ||
| \hline | ||
| \textbf{Date limite d'abandon} & 19 mars \\ | ||
| \textbf{Date limite d'abandon} & 24 mars \\ | ||
| \hline | ||
| \textbf{Assistant à l'enseignement} & Benjamin Mercier \\ & Local D8-0012 \\ & \url{benjamin.b.mercier@usherbrooke.ca} \\ | ||
| \textbf{Assistant à l'enseignement} & Zacharie Sclazo \\ & Local D8-0022 \\ & \url{Zacharie.Scalzo@usherbrooke.ca} \\ | ||
| \hline | ||
| \hline | ||
| \end{tabular} | ||
|
|
@@ -148,43 +148,43 @@ | |
| Évaluations \\ \hline | ||
| \endhead | ||
| % | ||
| \multirow{3}{*}{\begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Bloc 1}\\ 13 février au 18 mars\\ \\ Planification et\\organisation des\\ données\end{tabular}} & | ||
| \multirow{3}{*}{\begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Bloc 1}\\ 11 février au 17 mars\\ \\ Planification et\\organisation des\\ données\end{tabular}} & | ||
| \textbf{Introduction} & | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Séance 1} (13 février)\\ \\ \textit{Travaux}\\ - Explorer et choisir\\ un jeu de données\\- Préparer les arguments pour le\\débat\\ \\ \textit{Lectures}\\ - Baker. 2016. Is there a\\reproducibility crisis ?\\ - Poisot et al. 2014. Moving\\toward a sustainable ecological\\science: don't let ecological data\\go to waste!\\ - Mills et al. 2015. Archiving\\Primary Data: Solutions for\\Long-term Studies.\end{tabular} & | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Séance 1} (11 février)\\ \\ \textit{Travaux}\\ - Explorer et choisir\\ un jeu de données\\- Préparer les arguments pour le\\débat\\ \\ \textit{Lectures}\\ - Baker. 2016. Is there a\\reproducibility crisis ?\\ - Poisot et al. 2014. Moving\\toward a sustainable ecological\\science: don't let ecological data\\go to waste!\\ - Mills et al. 2015. Archiving\\Primary Data: Solutions for\\Long-term Studies.\end{tabular} & | ||
| \\ \cline{2-4} | ||
| & | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{La gestion des données}\\ \textbf{biologiques}\\ - Types de données\\ - Formulaires de saisie\\ - Base de données\\relationnelles SQL\end{tabular} & | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Séance 2} (20 février)\\ \textbf{Débat sur le partage de}\\ \textbf{données}\\ \\ \textit{Travaux}\\ - Plan d'assemblage des\\ données\\ - Nettoyer et valider\\ les données\\ - Concevoir et scripter une base\\de données\end{tabular} & | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Évaluation formative}\\ Évaluation par les pairs\\des scripts d'assemblage,\\ de nettoyage et de\\ validation des données\\à remettre le 11 mars\\ sur Moodle\end{tabular} | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Séance 2} (18 février)\\ \textbf{Débat sur le partage de}\\ \textbf{données}\\ \\ \textit{Travaux}\\ - Plan d'assemblage des\\ données\\ - Nettoyer et valider\\ les données\\ - Concevoir et scripter une base\\de données\end{tabular} & | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Évaluation formative}\\ Évaluation par les pairs\\des scripts d'assemblage,\\ de nettoyage et de\\ validation des données\\à remettre le 10 mars\\ sur Moodle\end{tabular} | ||
| \\ \cline{2-4} | ||
| & | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{La gestion des données}\\ \textbf{biologiques}\\ - Bases de données\\relationnelles SQL\\ - Requêtes\end{tabular} & | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Séance 3} (12 mars)\\ Reproductibilité\\ \\ \textit{Travaux}\\ - Scripter le traitement, la\\création de la base de données et\\l'injection de données\\ - Préparer les requêtes et les\\résultats\\ \\ \textit{Lectures}\\ - Stokel-Walker \& Van Noorden.\\2023. What ChatGPT and\\generative AI mean for science.\\ - Nature Machine Learning.\\2023. The AI writing on the wall.\end{tabular} & | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Séance 3} (11 mars)\\ Reproductibilité\\ \\ \textit{Travaux}\\ - Scripter le traitement, la\\création de la base de données et\\l'injection de données\\ - Préparer les requêtes et les\\résultats\\ \\ \textit{Lectures}\\ - Stokel-Walker \& Van Noorden.\\2023. What ChatGPT and\\generative AI mean for science.\\ - Nature Machine Learning.\\2023. The AI writing on the wall.\\ - Wilkinson et al. 2016.\\The FAIR Guiding Principles for\\scientific data management\\and stewardship.\end{tabular} & | ||
| \\ \hline | ||
| \multirow{2}{*}{\begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Bloc 2}\\ 19 mars au 1 avril\\ \\ Outils pour une science\\reproductible\end{tabular}} & | ||
| \multirow{2}{*}{\begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Bloc 2}\\ 18 au 31 mars\\ \\ Outils pour une science\\reproductible\end{tabular}} & | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Les outils pour la}\\ \textbf{reproductibilité}\\ - Système de contrôle de\\version Git\\ - Gestion des conflits\end{tabular} & | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Séance 4} (19 mars)\\ Débat sur l'impact d'algorithmes\\comme ChatGPT sur la science\\ et sa transparence\\ \\ \textit{Lectures}\\ - Milcu et al. 2018. Genotypic\\variability enhances the\\ reproducibility of an ecological\\ study\end{tabular} & | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Séance 4} (18 mars)\\ Débat sur l'impact d'algorithmes\\comme ChatGPT sur la science\\ et sa transparence\\ \\ \textit{Lectures}\\ - Milcu et al. 2018. Genotypic\\variability enhances the\\ reproducibility of an ecological\\ study\end{tabular} & | ||
| \\ \cline{2-4} | ||
| & | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Les outils pour la}\\ \textbf{reproductibilité}\\ - Cahier de laboratoire\\ avec RMarkdown\\ - Librairie targets\end{tabular} & | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Séance 5} (26 mars)\\ \textbf{Discussion sur les liens entre}\\ \textbf{la variabilité et la}\\ \textbf{reproductibilité}\\ \\ \textit{Travaux}\\ - Créer un cahier de laboratoire\\et le sauver sur GitHub\\ - Construire un script target pour\\suivre l'évolution du travail \end{tabular} & | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Évaluation formative}\\ Évaluation par les pairs\\des scripts de création\\ de la base de données\\à remettre le 1er avril\\ sur Moodle\\ \\ \textbf{Essai (25\%)}\\ Rédaction d'un essai sur les\\enjeux de reproductibilité en\\science à remettre le 21 avril\\à 16h sur Moodle\end{tabular} | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Séance 5} (25 mars)\\ \textbf{Discussion sur les liens entre}\\ \textbf{la variabilité et la}\\ \textbf{reproductibilité}\\ \\ \textit{Travaux}\\ - Créer un cahier de laboratoire\\et le sauver sur GitHub\\ - Construire un script target pour\\suivre l'évolution du travail \end{tabular} & | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Évaluation formative}\\ Évaluation par les pairs\\des scripts de création\\ de la base de données\\à remettre le 31 mars\\ sur Moodle\\ \\ \textbf{Essai (25\%)}\\ Rédaction d'un essai sur les\\enjeux de reproductibilité en\\science à remettre le 15 avril\\à 16h sur Moodle\end{tabular} | ||
| \\ \hline | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Bloc 3}\\ 2 au 8 avril\\ \\ Visualisation des\\données\end{tabular} & | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Bloc 3}\\ 1 au 7 avril\\ \\ Visualisation des\\données\end{tabular} & | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Visualisation des}\\ \textbf{données au moyen de R}\\ - Fonctions graphiques de\\base et paramètres\\graphiques\\ - Librairies R spécialisées\end{tabular} & | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Séance 6} (2 avril)\\ \\ \textit{Travaux}\\ - Identifier les questions de\\recherche\\ - Compléter l'analyse au moyen\\de visualisations\\ \\ \textit{Lectures}\\ - Pennisi. 2020. Spider biologist\\denies suspicions of widespread\\data fraud in his animal\\ personality research\\ - Lawkowski. 2020. What to do\\when you don't trust your\\data anymore\end{tabular} & | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Séance 6} (1er avril)\\ \\ \textit{Travaux}\\ - Identifier les questions de\\recherche\\ - Compléter l'analyse au moyen\\de visualisations\\ \\ \textit{Lectures}\\ - Pennisi. 2020. Spider biologist\\denies suspicions of widespread\\data fraud in his animal\\ personality research\\ - Lawkowski. 2020. What to do\\when you don't trust your\\data anymore\end{tabular} & | ||
| \\ \hline | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Bloc 4}\\ 9 au 21 avril\\ \\ Communication\\scientifique au moyen\\de RMarkdown\end{tabular} & | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Bloc 4}\\ 8 au 22 avril\\ \\ Communication\\scientifique au moyen\\de RMarkdown\end{tabular} & | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Documents dynamiques}\\ \textbf{avec RMarkdown}\\ - Rédaction de rapports\\scientifiques\\ - Gestion des références\end{tabular} & | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Séance 7} (9 avril)\\ \textbf{Discussion sur la fraude en}\\ \textbf{science et sa prévention}\end{tabular} & | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Séance 7} (8 avril)\\ \textbf{Discussion sur la fraude en}\\ \textbf{science et sa prévention}\end{tabular} & | ||
| \begin{tabular}[c]{@{}l@{}}\textbf{Évaluation terminale}\\ \textbf{(75\%)}\\ Travail de session : Écrire\\un rapport de votre analyse\\des données sous forme\\ d'article scientifique\\ \\Tous les scripts sont à\\remettre sous la forme\\d'un dépôt GitHub\end{tabular} \\ \hline | ||
| \end{longtable} | ||
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| \newpage | ||
| %----------------------------- | ||
| \section*{Évaluation} | ||
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| L'évaluation porte sur la réalisation d'un travail de session (75\%), réalisé en équipe de 4 personnes. Le travail sera divisé en 3 étapes réparties au cours de la session. L'évaluation finale (25\%) portera sur la rédaction d'un essai sur les enjeux de reproductibilité en science. Le travail de session et l'essai doivent être déposés au plus tard le vendredi 21 avril 2024 à 16:00. La pénalité est de 10\% par journée de retard. | ||
| L'évaluation porte sur la réalisation d'un travail de session (75\%), réalisé en équipe de 4 personnes. Le travail sera divisé en 3 étapes réparties au cours de la session. L'évaluation finale portera aussi sur la rédaction d'un essai (25\%) sur les enjeux de reproductibilité en science. L'essai doit être déposé au plus tard le 15 avril à 16:00 et le travail de session le 22 avril 2024 à 16:00. La pénalité est de 10\% par journée de retard. | ||
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|
||
| \subsection*{Modalités de remise} | ||
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@@ -253,6 +253,27 @@ | |
| La qualité du français peut compter jusqu'à 5\% des points alloués à | ||
| l'évaluation. | ||
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| \subsection*{Antiplagiat} | ||
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| Le plagiat correspond à un délit relatif aux études et <<[...] désigne tout acte | ||
| trompeur ou toute tentative de commentre un tel acte, quant au rendement | ||
| scolaire ou une exigence relative à une activité pédagogique [...]>> | ||
| (Règlement 2575-009). L'intégrité intellectuelle est valurisée et sera monitorée, | ||
| un manquement à ce règlement entrainera des sanctions disciplinaires. | ||
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| \subsection*{Ressources d'aide} | ||
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| Santé mentale | ||
| \begin{itemize} | ||
| \item Service de psychologie et d'orientation : 819 821-7666, [email protected] | ||
| \item Programme mieux-être-Ressources en santé mentale et PAE Optima : Urgence 24/7 1 833 851-1363 | ||
| \item La Pair-Mission : [email protected] | ||
| \end{itemize} | ||
|
|
||
| Respects et droits de la personne | ||
| \begin{itemize} | ||
| \item Équipe-conseil en matière de respect des personnes : 819 821-7410, [email protected] | ||
| \item Ombudsman des étudiantes et étudiants : 819 821-7706, [email protected] | ||
| \end{itemize} | ||
|
|
||
| \end{document} | ||