Curso: Bases para la inferencia filogenética, construcción, lectura e interpretación de árboles filogenéticos 🐐
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Instructora: Dra. María Guadalupe Segovia Ramírez ([email protected]). Github: https://github.com/mariasr13
⭐ Objetivo general: Que quienes lo cursen adquieran la capacidad de comprender, interpretar e construir hipótesis filogenéticas (árboles filogenéticos) con marcadores moleculares.
Curso dirigido a estudiantes y profesores de posgrado en áreas químico-biológicas. Agosto, 2024
Totalmente GRATUITO
- Martes 27 de agosto; 3,10, 17, 24 de septiembre 6:00 pm a 8:00 pm CDMX (GMT-6)
- Jueves 29 de agosto; 5, 12, 19 y 26 de septiembre 6:00 pm a 8:00 pm CDMX (GMT-6)
- Las clases serán grabadas y se encontrarán almacenadas en este GitHub 📹.
- Curso en línea por Google meet.
Las inscripciones comienzan el jueves 15 de agosto y terminarán el lunes 28 de agosto a las 6pm.
Da click en el siguiente link: Formato de registro - Registro CERRADO
Queremos recordarles que el acceso a la misma es exclusivo para quienes se registraron previamente a través del formulario, utilizando el correo de Gmail con el que se inscribieron. Por favor, no compartan el enlace de la clase libremente, ya que hemos limitado el acceso a 100 personas, y deseamos asegurarnos de que todos aquellos que se tomaron el tiempo de registrarse puedan participar. Es un curso gratuito y quedará grabado.
Siendo parte de los "VieRnes de Bioinformática en el LIIGH-UNAM (2024)". Se otorgará un diploma a los participantes que cuenten con el 80 % de las asistencias emitido por el LIIGH-UNAM, teniendo como representante a la Dra. Maria Avila.
ASISTENCIAS: Utilizaremos una extensión de Google Meet para registrar la asistencia. Esta herramienta registrará automáticamente el nombre de usuario de Gmail, la hora de entrada y el tiempo que permanezcan en la llamada. Les pedimos que, antes de la clase, se aseguren de que su nombre de usuario esté actualizado.
Además, les pedimos que, si no tienen la posibilidad de asistir a la clase completa (2 horas), consideren NO ingresar, de manera que puedan ceder su lugar a otra persona que pueda aprovechar la clase en su totalidad (solo hay 100 lugares en la llamada de Google meet). Queremos asegurarnos de que todos los participantes puedan disfrutar de una experiencia completa y enriquecedora de la mano de la Dra. Maria Segovia. Respeten el espacio y el tiempo que ella también les proporcione, por favor.
El curso consta de 8 sesiones teóricas (16 hrs totales) que incluyen revisión de conceptos y teoría, generación de discusión sobre temas afines y trabajos cortos en equipo. 1 sesión de asesoría sobre proyecto de curso (2hrs). 1 sesión para presentación de proyectos (2 hrs).
- Los temas centrales que se abordarán en el curso serán:
- Tasas de mutación, substitución y marcadores moleculares.
- Lectura y construcción de árboles y modelos evolutivos.
- Métodos y herramientas para la construcción de filogenias.
- Criterios y puntos clave en filogenética.
Carpeta con todo el material del curso aqui.
- Tasa de mutación y tasa de substitución
- Marcadores moleculares
- Ortólogos, parálogos y xenólogos
- Tipos y utilidad de los marcadores moleculares
- ¿Cómo elegir el mejor marcador molecular?
- Material: Sesion 1
- Presentacion: Bloque 1
- Grabación: Sesion 1 - 27Agosto2024
- ¿Qué es una filogenia?
- Utilidad y propósito de las filogenias
- Leyendo el lenguaje filogenético. Alcances y limitaciones de los árboles
- Elementos del árbol
- Alineamiento de secuencias
- Modelos de partición y substitución
- Reloj molecular: Mitos y realidades
- Material: Sesion 2
- Grabación: Sesion 2 - 29Agosto2024
- Presentacion: Sesion 3
- Grabación: Sesion 3 - 29Agosto2024
- Construyendo filogenias
- Árboles de genes vs árboles de especies
- Árboles para diferentes propósitos:
- Delimitación de especies
- Delimitación de poblaciones
- Estimación del tiempo de divergencia
- Hipótesis a nivel de evolución de loci
- Demografía y estructura poblacional
- Material: Sesion 4
- Presentación: Sesion 4
- Grabación: Sesion 4 - 9Sep2024
- Grabación: Sesion 5 - 12Sep2024
- Presentación: Sesion 6
- Grabación: Sesion 6 - 20Sep2024
Entregable:
Subir al OneDrive el Jueves 12 de septiembre, el link se te enviara por correo. Intruccion: El material consta de 1 archivo multifasta con secuencias de un locus (finches_cytb.fasta) y un script para alinear las secuencias (aln_msa.R), calcular la matriz de distancia genética y exportar los archivos. El multifasta es el input para el script. El script contiene las librerías de R necesarias y está documentado. sólo debes ejecutarlo con R.
Recuerda que debes: a) Cambiar la ubicación local a donde se encuentran tus archivos (el multifasta). b) Cambiar el método de alineamiento (eg Clustal por Muscle) así como los valores de sus parámetros (máximo de iteraciones, los gaps, el orden, etc). c) Si te es posible usa un set de secuencias de tu interés. d) msa contiene bastantes funciones, así que explora lo que gustes. e) Remueve algunas secuencias del multifasta y vuelve a alinearlas. f) Escribe en no más de 300 palabras cuales diferencias observaste entre los métodos de alineamiento (como se agruparon, si cambió la matriz?, etc.) g) Responde brevemente las siguientes preguntas: Cuáles son los métodos de alineamiento que conoces?; cuál te parece el mejor?; por qué?
NOTA: Por favor se muy muy curioso.
- Métodos y herramientas para la construcción de filogenias
- Alineamiento con muscle ácidos nucleicos y aminoácidos
- Elección del modelo partición y substitución
- Selección de valores y priores para los parámetros del reloj molecular, tasa de substitución/mutación y tiempo de divergencia.
- Árboles utilizando probabilidad bayesiana (Mr. Bayes)
- Máxima verosimilitud (RAxML)
- Neighbor joining y árboles sin raíz, ¿cuándo utilizarlos y por qué? (Fasttree)
- Astrid y Astral y el uso del coalescente.
Conocimientos básicos de genética, evolución y biología molecular.
Prohibida la reproducción y/o instrucción de este temario y curso sin consentimiento previo del autor. Prohibido lucrar con este curso.
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