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Instalando dependências do pacote no Santos Dumont

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Andrea Sánchez Tapia edited this page Apr 16, 2019 · 3 revisions

Esse documento detalha como instalar as dependências do pacote Model-R no Santos Dumont.

Primeiramente, crie um diretório para manter os pacotes R na sua área no scratch:

mkdir /scratch/modler/marinez.siqueira/R_gnu

e carregue o módulo do R

module load R/3.5.2_openmpi_2.0_gnu

Instalação dos pacotes sem dependências externas

OBS: nessa etapa e nas seguintes, o diretório passado via parâmetro lib é o criado na etapa acima. Troque /scratch/modler/marinez.siqueira/R_gnu para o diretório correspondente se necessário.

R -e "install.packages('raster', repos='https://cran.rstudio.com/', lib='/scratch/modler/marinez.siqueira/R_gnu')"
R -e "install.packages('dismo', repos='https://cran.rstudio.com/', lib='/scratch/modler/marinez.siqueira/R_gnu')"
R -e "install.packages('e1071', repos='https://cran.rstudio.com/', lib='/scratch/modler/marinez.siqueira/R_gnu')"
R -e "install.packages('kernlab', repos='https://cran.rstudio.com/', lib='/scratch/modler/marinez.siqueira/R_gnu')"
R -e "install.packages('maps', repos='https://cran.rstudio.com/', lib='/scratch/modler/marinez.siqueira/R_gnu')"
R -e "install.packages('randomForest', repos='https://cran.rstudio.com/', lib='/scratch/modler/marinez.siqueira/R_gnu')"
R -e "install.packages('data.table', repos='https://cran.rstudio.com/', lib='/scratch/modler/marinez.siqueira/R_gnu')"

Instalação do rJava

Carregue o módulo do Java:

module load java/jdk-8u201

Exporte as seguintes variáveis de ambiente para o R conseguir compilar o rJava:

export JAVA_HOME="/scratch/app/java/jdk1.8.0_201/jre"
export JAVA="/scratch/app/java/jdk1.8.0_201/jre/bin/java"
export JAVAC="/scratch/app/java/jdk1.8.0_201/bin/javac"
export JAVAH="/scratch/app/java/jdk1.8.0_201/bin/javah"
export JAR="/scratch/app/java/jdk1.8.0_201/bin/jar"
export JAVA_INCLUDE_DIR=/scratch/app/java/jdk1.8.0_201/include
export JAVA_LD_LIBRARY_PATH=/scratch/app/java/jdk1.8.0_201/lib
export JAVA_CPPFLAGS="-I/scratch/app/java/jdk1.8.0_201/include -I/scratch/app/java/jdk1.8.0_201/include/linux"
export JAVA_LIBS="-L/scratch/app/java/jdk1.8.0_201/jre/lib/amd64/server -ljvm -L/scratch/app/xz-utils/5.2.2_intel/lib"

OBS: o módulo java/jdk-8u201 não está configurando PATH e LD_LIBRARY_PATH ao ser carregado. Então as linhas abaixo são necessárias:

export PATH=/scratch/app/java/jdk1.8.0_201/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/scratch/app/java/jdk1.8.0_201/jre/lib/amd64:/scratch/app/java/jdk1.8.0_201/jre/lib/amd64/server:$LD_LIBRARY_PATH

Instale o rJava:

R -e "install.packages('rJava', repos='https://cran.rstudio.com/', lib='/scratch/modler/marinez.siqueira/R_gnu')"

Instalação do rgeos

Baixe os fontes do geos e os descompacte:

wget -c http://download.osgeo.org/geos/geos-3.6.2.tar.bz2
tar xjvf geos-3.6.2.tar.bz2

Compile-os:

cd geos-3.6.2
./configure --prefix=$SCRATCH/geos
make

Teste-os

module load gcc/6.5

make check

Instale-os:

make install

Exporte as variáveis de ambiente para o R conseguir compilar o rgeos:

export LD_LIBRARY_PATH="/scratch/modler/marinez.siqueira/geos/lib:$LD_LIBRARY_PATH"
export PATH="/scratch/modler/marinez.siqueira/geos/bin:$PATH"

Instale o rgeos:

R -e "install.packages('rgeos', repos='https://cran.rstudio.com/', lib='/scratch/modler/marinez.siqueira/R_gnu')"

Instalação do rgdal

Carregue os módulos gdal/2.4 e proj/6.0:

module load gdal/2.4
module load proj/6.0

Instale o rgdal:

R -e "install.packages('rgdal', repos='https://cran.rstudio.com/', lib='/scratch/modler/marinez.siqueira/R_gnu', configure.args = c('--with-proj-include=/scratch/app/proj/6.0/include', '--with-proj-lib=/scratch/app/proj/6.0/lib'))"

Instalação do Rmpi

Carregue o módulo do OpenMPI:

module load openmpi/gnu/2.0.4.2

Instale o Rmpi:

R -e "install.packages('Rmpi', repos='https://cran.rstudio.com/', lib='/scratch/modler/marinez.siqueira/R_gnu')"
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