BlueHats stage 2022

AskOmics permet d’intégrer des données génériques et s’appuie principalement sur le standard XSD pour la gestion des types simples. La structuration et l’interconnexion des jeux de données exploitant des ontologies et des vocabulaires contrôlés développés dans les communautés métiers devient une fonctionnalité primordiale et nécessaire afin d’obtenir des données intégrées accessibles, exploitables et réutilisables, comme préconisé dans les principes FAIR et de la Science Ouverte.

L’objectif du stage est d’implémenter des interfaces visuelles d’intégration sur cette thématique afin d'améliorer et d’adapter, in fine, les interactions visuelles dans les interfaces de requête et de publication des ressources des données de recherche.

Le livrable prendrait la forme d’un module AskOmics “Alignement de données des utilisateurs sur des ontologies métiers” et comporte deux fonctionnalités :

• Création du template pour l’alignement de données utilisateurs - administrateur des données)
  • Aide à la construction et à l’utilisation en s’appuyant sur les API de AgroPortal/BioPortal
  • Sorties attendues:
    • CSV avec une entête AskOmics pour l’importation en masse de données
    • Validation SHACL
    • PDF pour proposer le vocabulaire contrôlé/type XSD pour chaque colonne
• Intégration de données
  • A l’unité : aide à la construction en proposant les termes de la validation SHACL
  • Importation en masse
    • Validation d’un import de données avec un moteur SHACL
    • Export au format RDF

La validation du stage portera sur l’intégration et l’alignement des données du projet BrasExplor sur les ontologies Agrontologie(AGROVOC) et The Open Biological and Biomedical Ontology (OBO) Foundry.

Ce stage se déroulerait sous la supervision de deux ingénieurs informaticiens INRAE de l’unité IGEPP.