Add rSPR scores and raxml trees for each segment

recombination/rspr/rspr.csv

@@ -0,0 +1,12 @@
+0,32,29,21,19,20,21,20,26,22,27,20
+,0,27,18,18,17,24,21,25,27,23,20
+,,0,26,26,26,25,25,29,28,27,23
+,,,0,19,20,24,23,23,28,22,20
+,,,,0,64,24,23,22,27,23,23
+,,,,,0,21,25,28,28,23,24
+,,,,,,0,24,27,27,26,25
+,,,,,,,0,30,27,21,20
+,,,,,,,,0,39,22,29
+,,,,,,,,,0,46,26
+,,,,,,,,,,0,30
+,,,,,,,,,,,0

recombination/segment_ML_trees/RAxML_bestTree.lanl_lessHIV_ldhat_10716_11766.phyx

@@ -0,0 +1 @@
+(JX178450xCPZ:0.12212377508886770872,((AJ006022xH1N:0.07671399204725358467,AF103818xCPZ:0.12326630229473291289):0.09903860729683143516,(AF382828xCPZ:0.20296733478403583550,(((L20587xH1O:0.36543695144087529059,(GQ328744xH1P:0.16864990827749692937,(FJ424866xGOR:0.01226191454918411014,FJ424871xGOR:0.01914973423934901789):0.13405105009505127733):0.11267783844103131108):0.11295417263448138956,((JQ866001xCPZ:0.29681951991545951763,(((AF447763xCPZ:0.04939044467682136841,JN091691xCPZ:0.05002038253034116894):0.05575132644712324503,(JN091690xCPZ:0.10952793909927031890,JQ768416xCPZ:0.11691964782698134606):0.03035979812164189481):0.12147817071180769255,U42720xCPZ:0.33296063140774989630):0.06186550303430296549):0.09751936569684926948,((((AY655744xTAL:0.11619711348709725607,AM182197xTAL:0.06092420612548787168):0.26414147782376345974,((FJ919724xDEB:0.13212593771062464132,(AY523865xDEB:0.07603441533676247310,AY523866xDEB:0.08268976110642015098):0.08315184143188519839):0.15166849847171831600,AJ580407xDEN:0.46652360671313847229):0.11490335219988151438):0.05100383123174100086,((AY523867xSYK:0.12546608657452548719,L06042xSYK:0.17157998156275167112):0.59852251413243195977,(((((JX860430xSMM:0.09418471236900168020,M30502xH2A:0.16350926028808168700):0.03253343467575302295,((JX860432xSMM:0.08643746008981204043,AF334679xSMM:0.11575803590899164108):0.02705498737184859614,JX860431xSMM:0.10419404548907432173):0.03269522288797009624):0.32641730535052904116,(HM803690xRCM:0.09108439769015025389,((HM803689xRCM:0.07638552365318845849,AF349680xRCM:0.27457312375422021633):0.02377067584127467992,AF382829xRCM:0.22813628358578760813):0.05936036406916314623):0.28892049553305604315):0.08657969148441460594,((((AM713177xWRC:0.11907112198617214593,AM745105xWRC:0.06274818198391711455):0.07120083587702533134,AM937062xWRC:0.15828431348866375816):0.46015180831322555211,(FM165200xOLC:0.70641113788196274736,((AF131870xSUN:0.40781690827762551166,(AF075269xLST:0.07997829699029868067,(AF188116xLST:0.06056352869425177254,AF188115xLST:0.08093873048234973000):0.06441486328273020312):0.11313573410072097492):0.48229870891047293968,(M27470xMNDX1:0.36409500580731324337,(AY159321xDRL:0.29051189706395963430,(AF367411xMNDX2:0.12907247098077978542,(AY159322xMNDX2:0.14375324290478647127,AF328295xMNDX2:0.07055382816869851248):0.02714254372350568059):0.14795423339521013295):0.17020962863436855939):0.27219243539872772786):0.10404943412623345045):0.05907392021266808652):0.17010570146584277906,((((M30931xVER:0.07425308166838735791,(L40990xVER:0.11462444916830097363,M29975xVER:0.11955650547427722208):0.02276768475711184875):0.05485943147079620080,DJ048201xVER:0.12030670901805788631):0.15402758764461971230,M66437xGRV:0.19991296088318499802):0.06533187483649181837,(U58991xTAN:0.41459030622983350511,U04005xSAB:0.27075412871693443906):0.06531042824759614174):0.18691798943901696828):0.05624798599040203850):0.15226786475737980053,(KF214241xCOL:0.14074334148899680930,(AF301156xCOL:0.17108752850732436568,KF214240xCOL:0.14655858688946568624):0.22501561064438979631):1.35374516945955458702):0.12641750213486310783):0.14234923625018799931):0.14804229968063473133,((AF468658xGSN:0.05749287476611426861,AF468659xGSN:0.08216112192507848966):0.22982252423802060348,(((EF070330xMUSX1:0.12310300951059048591,AY340700xMUSX1:0.09526443290649526385):0.05091042253831977449,(EF070329xMUSX2:0.20761172391991339348,EF070331xMUSX2:0.09878402309767304879):0.04934380030410682322):0.13175143395933824886,(AY340701xMON:0.14158280710847295780,AJ549283xMON:0.15782962440761841294):0.16316699991538316517):0.06059382386918191199):0.08560873892266226970):0.13416045426311251632):0.07754265478570644687):0.08284916174724338278,AY169968xCPZ:0.21608672878641885240):0.05408636638655446582):0.04637623402542098011):0.09891278859705686377,K03455xH1B:0.14731775963272289443):0.0;

recombination/segment_ML_trees/RAxML_bestTree.lanl_lessHIV_ldhat_11766_13592.phyx

@@ -0,0 +1 @@
+(((L20587xH1O:0.26383353017164012932,((FJ424871xGOR:0.04889807463816631811,FJ424866xGOR:0.03470145254719701755):0.16719904421861400690,GQ328744xH1P:0.17581894756666582857):0.05715672353840596520):0.10764482457643520519,((U42720xCPZ:0.35887637187688486984,(JQ866001xCPZ:0.38340540242788329062,((JN091690xCPZ:0.14105031813558599474,(AF447763xCPZ:0.18201052908247822293,JN091691xCPZ:0.07604295766438695647):0.06179762365282153586):0.13858502538068601107,JQ768416xCPZ:0.19167472531985935147):0.16951176538666171134):0.09865526026051812947):0.19095845314279472071,((AF382829xRCM:0.19643166123828054159,(AF349680xRCM:0.14616761165330768857,(HM803689xRCM:0.08793821764785957062,HM803690xRCM:0.08267230709301247316):0.03597434720011838394):0.05967018545473402186):0.35693456275535445643,((U04005xSAB:0.24800042917681611176,(U58991xTAN:0.23729241461875563712,(M66437xGRV:0.24204471345699954399,(DJ048201xVER:0.08451521056031430223,(L40990xVER:0.08000534861358420124,(M29975xVER:0.08495430374344976887,M30931xVER:0.22146509714021556103):0.01942134440891480143):0.03742262664045546000):0.10463608256677152386):0.13376038056921865649):0.25211235586717561930):0.16197108205137089598,((((M27470xMNDX1:0.90357410820346728553,((AF367411xMNDX2:0.16685424344886312653,(AF328295xMNDX2:0.14359569167124508482,AY159322xMNDX2:0.22798192019878291137):0.10500601385639196650):0.40091463118549308664,AY159321xDRL:0.46808936752198571085):0.12750454678533162944):0.07747370394973247809,(((AF075269xLST:0.10327084974323690048,(AF188115xLST:0.09033732616931115789,AF188116xLST:0.11935434156258527272):0.03310598573209067030):0.59338842366939625883,AF131870xSUN:0.35488941374301841147):0.32749343216349818819,((AF301156xCOL:0.13451885427977702814,(KF214241xCOL:0.39230720770090660166,KF214240xCOL:0.15848140310358460603):0.09428811183558302722):1.36012822718986869930,(FM165200xOLC:1.31250163187149015975,(AM713177xWRC:0.11821628944837719866,(AM745105xWRC:0.13482234663640974004,AM937062xWRC:0.33262928928220569791):0.05466268669147870962):0.65901089978940363689):0.24101252326501174106):0.34921659060569443245):0.24119861874038461824):0.18208683836938382994,(((AY523865xDEB:0.15322693457315331167,(AY523866xDEB:0.17044649115528895389,FJ919724xDEB:0.14353232394312209763):0.02678836592853013621):0.34895730154230331088,AJ580407xDEN:0.60812740472503179490):0.18058752560343113713,((L06042xSYK:0.62391544052179204183,AY523867xSYK:0.08227749791436191062):0.86890258051621405144,((((AF468659xGSN:0.08122613418012497588,AF468658xGSN:0.11146213416334975477):0.11567276337706781930,((EF070331xMUSX2:0.26799568026684894573,(AY340700xMUSX1:0.16100282129878304427,EF070330xMUSX1:0.12242366248665895179):0.03124585156593041521):0.02840129594885773545,EF070329xMUSX2:0.26240758082222320757):0.04653386081645906336):0.05038073276527141320,(AY340701xMON:0.16846187300415171872,AJ549283xMON:0.20357688206756005544):0.06572339378356302497):0.60474097015110472864,(AY655744xTAL:0.06846099821574394562,AM182197xTAL:0.10148741835631872044):0.46626095627287789114):0.08439461138134013440):0.13252534635202783964):0.19440999090952673645):0.07785266519102725102,(AF334679xSMM:0.19748856053400642985,(M30502xH2A:0.26004613962375733305,((JX860431xSMM:0.09959361722113191373,JX860430xSMM:0.16398192854063214918):0.06785891593089901641,JX860432xSMM:0.17004703903583298641):0.11146695636959839948):0.04621478190678532383):0.38183138220788587214):0.13124974486798549056):0.08519453015034773868):0.46281543900442800865):0.13262687159886060728):0.10735780197732587571,(AJ006022xH1N:0.21934293980824584591,((AF382828xCPZ:0.19382994241793022328,(AY169968xCPZ:0.17194929541439590848,AF103818xCPZ:0.21534590116688656636):0.04817214344034545515):0.03361938679374087274,JX178450xCPZ:0.12775626323651492755):0.03076864751067340253):0.04229567397315026067,K03455xH1B:0.19860456282347541124):0.0;

recombination/segment_ML_trees/RAxML_bestTree.lanl_lessHIV_ldhat_1_2317.phyx

@@ -0,0 +1 @@
+(((U42720xCPZ:0.38894028734181662621,(JQ866001xCPZ:0.31603882056763543673,(JQ768416xCPZ:0.14665837415205765226,((AF447763xCPZ:0.08627705572012980828,JN091691xCPZ:0.07347939197708411307):0.05128138516627754606,JN091690xCPZ:0.10251480967150064516):0.14108337021067665629):0.11441815139500741139):0.08665917416424014086):0.19130191385112563229,((((AF382829xRCM:0.17284792503895232696,((HM803689xRCM:0.12295970718295212709,HM803690xRCM:0.07293953974156605624):0.08737495451453386464,AF349680xRCM:0.09281869997492982194):0.03888031650892204150):0.20859406787435308406,(((AY159321xDRL:0.14246254622941997847,(AF367411xMNDX2:0.24505170017656446868,(AY159322xMNDX2:0.07336431390564812638,AF328295xMNDX2:0.06134307185268348533):0.07651097140629614657):0.41185759564874491190):0.39754125429393571967,U04005xSAB:0.45405072392946266291):0.10694900752805781841,(M66437xGRV:0.28108057364230570885,(U58991xTAN:0.27048337775905101354,(DJ048201xVER:0.06145364347621833090,(M30931xVER:0.11753678156482540162,(L40990xVER:0.08156630510926721200,M29975xVER:0.08976167013415303764):0.04440627375665651827):0.00267054907805472667):0.21396302075930304087):0.06893152333865826265):0.33286617220269787421):0.06173014754803408249):0.11468509907960505734,(AF334679xSMM:0.18608594476922715732,(M30502xH2A:0.10056955350133719995,(JX860430xSMM:0.11334306194043547444,(JX860432xSMM:0.16576860665478168610,JX860431xSMM:0.10150114328503553884):0.02533661177914252674):0.06750234063106265447):0.06617837806365305109):0.43794846992529190555):0.09734152600911150088,(((M27470xMNDX1:1.22667797442188608592,(AF131870xSUN:0.57923720530179911847,((AF188115xLST:0.26010184927552792988,AF075269xLST:0.17787383659232292032):0.12829986033283660718,AF188116xLST:0.08733081325572536469):0.35410391923565892602):0.23315100298216503982):0.14254958151641039521,(FM165200xOLC:1.25392892963009505714,((AF301156xCOL:0.28179973412869296912,(KF214241xCOL:0.73697924772915790470,KF214240xCOL:0.18918830887265189467):0.02267680158260016593):1.82466903932780977193,(AM937062xWRC:0.26795278906600039637,(AM745105xWRC:0.13031373481185284935,AM713177xWRC:0.12205563754888930361):0.14030851995711463021):0.54693125815457832584):0.19974634832913790161):0.49159339487418135528):0.17692225705259320701,((AJ580407xDEN:0.67039611276552601993,(FJ919724xDEB:0.23903047618401107588,(AY523866xDEB:0.15628074572588612767,AY523865xDEB:0.08269249785124892227):0.16802400927580035672):0.42006528170298834679):0.27825447256162416654,((L06042xSYK:0.37186173241425501956,AY523867xSYK:0.36256380613265803969):0.66327348048853551621,((AM182197xTAL:0.04561090124780528554,AY655744xTAL:0.12629856418983520516):0.53247353311866096881,(AY340701xMON:0.63664153929885469729,((AY340700xMUSX1:0.07792253094819090453,EF070330xMUSX1:0.06901720097289634759):0.18544829352872044259,((EF070329xMUSX2:0.28303399613241259081,EF070331xMUSX2:0.12752639692888168010):0.16920615379973588666,(AF468658xGSN:0.10934583392926834622,AF468659xGSN:0.08074346127826183273):0.25900895090944492383):0.06119251561813495582):0.15285319090088783645):0.17485452076495069940):0.10795492114816440665):0.15391660802496201499):0.31842621155911493558):0.13824977952285202876):0.50247155660971454250):0.15571577409630843469,(JX178450xCPZ:0.25287134956110174366,(AJ006022xH1N:0.17150835840022923828,(AY169968xCPZ:0.17768555695800247740,(((FJ424871xGOR:0.01945132564906188605,FJ424866xGOR:0.01607159350951596274):0.11798705606533978207,(L20587xH1O:0.26227749995549265449,GQ328744xH1P:0.09023574878858313386):0.03269168641806243641):0.19221611257646376014,(AF103818xCPZ:0.16161853835090592146,AF382828xCPZ:0.17358296113045609821):0.02319165956665026479):0.04181189585281162163):0.03677187324170625576):0.03349987457744812991):0.04241135520354962635,K03455xH1B:0.15870935068939689971):0.0;

recombination/segment_ML_trees/RAxML_bestTree.lanl_lessHIV_ldhat_2317_2987.phyx

@@ -0,0 +1 @@
+(((AJ006022xH1N:0.19123019060975146588,((((FJ424866xGOR:0.02700516137292158225,FJ424871xGOR:0.01504971427233213650):0.22523161535709393388,GQ328744xH1P:0.21230041707334071366):0.09504611110277755293,L20587xH1O:0.18839870668581149005):0.11934282865549808439,((U42720xCPZ:0.24997798069457877190,(((JQ768416xCPZ:0.15012444613276221261,AF447763xCPZ:0.07949375785607921963):0.02193436768392865652,(JN091690xCPZ:0.13370323756508717405,JN091691xCPZ:0.05389572417970611706):0.06780062791154171931):0.12663364588159756186,JQ866001xCPZ:0.23985738431418401895):0.04523074842644968230):0.10513218853596577318,((M27470xMNDX1:0.47616091125974951970,(AF131870xSUN:0.36942827064894739886,(AF188116xLST:0.09977150866793862982,(AF188115xLST:0.10208310489102191687,AF075269xLST:0.12824051099359456973):0.02574148864019555963):0.05994682804107391572):0.33447973517797402465):0.26505014741619065122,(FM165200xOLC:0.53190771599468056330,(((AM937062xWRC:0.15906606605465253845,(AM713177xWRC:0.12280102591191974226,AM745105xWRC:0.10989353433652736258):0.08698146383753890820):0.35330631456608835306,(KF214240xCOL:0.04535002903809871866,(KF214241xCOL:0.21503034076985486078,AF301156xCOL:0.17192002900694863810):0.11261952062759159054):1.06773751125347726720):0.15359316259999919452,((((AY159321xDRL:0.23019225270294785268,(AF367411xMNDX2:0.10791123936215393786,(AY159322xMNDX2:0.07489548180927169119,AF328295xMNDX2:0.10288046580955091669):0.01629674495052763766):0.27780506206145771930):0.13699391601390703554,((((FJ919724xDEB:0.17691115416844094277,(AY523865xDEB:0.08192523628063479169,AY523866xDEB:0.13447846564001955660):0.03556136419058535808):0.14899342459543796213,AJ580407xDEN:0.56982945980209509518):0.08668714689890259784,(((AY655744xTAL:0.05818609963156362586,AM182197xTAL:0.11865463032075088123):0.20685956904854022054,((EF070329xMUSX2:0.18552145755640764291,EF070331xMUSX2:0.11415175111765271665):0.13413460107585736814,(((AF468659xGSN:0.06190280575021429171,AF468658xGSN:0.03655463319647295900):0.21614731108868431853,(AJ549283xMON:0.22384619453360221630,AY340701xMON:0.20685493747652211605):0.08511621122113743887):0.04105928806354906119,(EF070330xMUSX1:0.09205206333778859218,AY340700xMUSX1:0.15369399948705833592):0.17099228962342014060):0.03217219780155516906):0.09163372431871065482):0.08475341618611076377,(L06042xSYK:0.21591622982839153710,AY523867xSYK:0.28931132701032535870):0.24624444118664465253):0.05643655527813953160):0.07463464303474133532,U04005xSAB:0.30821674252134934058):0.06127466412133120849):0.04195144370648283549,((AF382829xRCM:0.20618784038492740662,(AF349680xRCM:0.14977924105235335128,(HM803690xRCM:0.13151129574844644399,HM803689xRCM:0.18735227379193758468):0.03174086999948649152):0.04232222749011878976):0.13124296600996418483,((JX860432xSMM:0.18196798798792682139,((JX860430xSMM:0.14823741481936150710,JX860431xSMM:0.11921108617357184523):0.05899301016393510705,M30502xH2A:0.16356910335136107260):0.03553979497634281171):0.03843424299707634550,AF334679xSMM:0.24813495617866940246):0.24021507166804195732):0.04422724948630094716):0.11737199428065561713,((L40990xVER:0.07507967700261812538,((M29975xVER:0.11467989230599298645,DJ048201xVER:0.11793479698778160103):0.03847192484960727799,M30931xVER:0.10935323120730955360):0.02330566232077481773):0.16760109039319526225,(M66437xGRV:0.31325729474652574957,U58991xTAN:0.15877512677717692258):0.08978497837750881727):0.08930201119318746661):0.11166373516694501344):0.05354324924706577171):0.06494409990773788999):0.14080229759282156254):0.05628627313884952688):0.04376453080137638479):0.07546844846234519733,(AF382828xCPZ:0.26921031323281296999,(AF103818xCPZ:0.16124934153920564284,AY169968xCPZ:0.21081453700890240288):0.04991855761890071075):0.04611778242261080352):0.06453172684560383454,JX178450xCPZ:0.16589832763990286502,K03455xH1B:0.13389954270269663339):0.0;

recombination/segment_ML_trees/RAxML_bestTree.lanl_lessHIV_ldhat_2987_3593.phyx

@@ -0,0 +1 @@
+(AJ006022xH1N:0.15880533772927113434,((AY169968xCPZ:0.14970322006435018980,(AF103818xCPZ:0.25388803565183143407,((((L20587xH1O:0.37705600120187271473,(FJ424866xGOR:0.04133036461241833964,FJ424871xGOR:0.09654288844125458180):0.07568565022920607788):0.05856663555030702795,GQ328744xH1P:0.14713749869890999089):0.14248414018156455030,((((AF447763xCPZ:0.14493501493003313474,JN091691xCPZ:0.08034192900527252490):0.06125467043094943304,((JQ866001xCPZ:0.36039003241043648940,JQ768416xCPZ:0.26829161655983829737):0.17663095260133790387,JN091690xCPZ:0.09177769708000697857):0.04221946705849106973):0.44851452244818812432,U42720xCPZ:0.24990416459440933927):0.14324576317105350287,(((((M30502xH2A:0.30528433136933030845,(JX860430xSMM:0.12541862554094118654,(JX860431xSMM:0.07320251335970888451,JX860432xSMM:0.07839043367632367310):0.04517620894249333580):0.02802587065460883028):0.07444462682686721344,AF334679xSMM:0.32599472626636416539):0.45264731016878206882,((AF188116xLST:0.03426465401720871218,(AF075269xLST:0.33187160550714167595,AF188115xLST:0.09876113525749313782):0.09346513112582360838):0.66935479677141807020,(M27470xMNDX1:0.64051363647907566534,AF131870xSUN:0.48564199137848035326):0.08768780121637349823):0.14726621454912616760):0.12510841469002878523,((U04005xSAB:0.50149814187249441844,(AF382829xRCM:0.17457184703292108474,(HM803689xRCM:0.27521109236005020238,(HM803690xRCM:0.12313965762277129246,AF349680xRCM:0.26325956882578555041):0.06937662662747240416):0.05728552652063646083):0.14107223196948626143):0.13407117309656979565,((AF328295xMNDX2:0.06030535321212228406,(AF367411xMNDX2:0.12227507136570740787,AY159322xMNDX2:0.05686273641316839239):0.02478720326233441879):0.09182769095366019596,AY159321xDRL:0.43659103948955291230):0.32549181022848500122):0.21152470767462142054):0.05140302890210170228,((AY340701xMON:0.42308343350114235859,(AJ549283xMON:0.51684372773495379505,(AY655744xTAL:0.21099689097159296525,AM182197xTAL:0.14017809099155870145):0.48134312836994269658):0.16445635336043507024):0.16009876442226667059,(((((AY340700xMUSX1:0.16525432885124921589,EF070330xMUSX1:0.12870019051242465036):0.18741169601175752812,(EF070331xMUSX2:0.12907064734508547077,EF070329xMUSX2:0.22146599839603534066):0.20818992915024064905):0.24483346337229222600,(AF468659xGSN:0.10427976775485485461,AF468658xGSN:0.05750702069317277509):0.20148253731413068301):0.25556565705008776890,(((KF214241xCOL:0.30134843531943078521,(AF301156xCOL:0.67446495791803262598,KF214240xCOL:0.22193970714689070789):0.29181925919279738668):0.61668530228716522679,(AM937062xWRC:0.18904144182208590386,(AM745105xWRC:0.05970721809787452039,AM713177xWRC:0.10143342013405780289):0.54115512462927461979):0.37040001933780597465):0.20567895569114366672,(((L06042xSYK:0.47377552563103764172,AY523867xSYK:0.34747574720258966874):0.18318583690311354695,((U58991xTAN:0.54813634981245029643,(M66437xGRV:0.26576897436558594157,(L40990xVER:0.04932604862279613145,((DJ048201xVER:0.05967546192291284940,M29975xVER:0.10473137702414633821):0.03521572764078625267,M30931xVER:0.07596523675400565501):0.04737642768161155760):0.26464466308020195839):0.20707599683466038076):0.33130782217153709190,((AY523865xDEB:0.13021392135542936286,AY523866xDEB:0.06685768497301917968):0.32770913181925476199,FJ919724xDEB:0.48102854548030204995):0.34908665238480801607):0.08477611709414435703):0.01946549359545479696,FM165200xOLC:0.85425245483858736062):0.07379916834741968856):0.04924420015387322158):0.06044944530090917700,AJ580407xDEN:0.71249526419074460382):0.12205521166378908993):0.17554684045822377403):0.50045867767067919729):0.07417049595706728948):0.10628866339027616406,AF382828xCPZ:0.25413648299445817935):0.03965423512510542897):0.02851887498668373780):0.05566418055908682605,JX178450xCPZ:0.17791734183672119896):0.05462477339689596895,K03455xH1B:0.24079132862739793808):0.0;