Skip to content

evhersh/GBS_results

BranchesTags

Folders and files

NameName
Last commit message
Last commit date

Latest commit

 

History

38 Commits
docs
docs
 
 
.DS_Store
.DS_Store
 
 
.gitignore
.gitignore
 
 
ABplots.png
ABplots.png
 
 
AllPops.gc.RData
AllPops.gc.RData
 
 
AllPopsReturnAlleles.gc.RData
AllPopsReturnAlleles.gc.RData
 
 
DAPC.R
DAPC.R
 
 
Fst_fan.png
Fst_fan.png
 
 
GBS_results.Rmd
GBS_results.Rmd
 
 
GBS_results.html
GBS_results.html
 
 
GBS_tables.xlsx
GBS_tables.xlsx
 
 
GBS_thesis.R
GBS_thesis.R
 
 
GGwInPopDists.png
GGwInPopDists.png
 
 
GitHub_Results.Rproj
GitHub_Results.Rproj
 
 
Hobs.png
Hobs.png
 
 
Hobs_apos.png
Hobs_apos.png
 
 
Hobs_ploidy.png
Hobs_ploidy.png
 
 
IBS.R
IBS.R
 
 
Katya.R
Katya.R
 
 
MULTI.OneMLG.gc.RData
MULTI.OneMLG.gc.RData
 
 
MULTI.filtered.dips.vcf
MULTI.filtered.dips.vcf
 
 
MULTI.filtered.tets.vcf
MULTI.filtered.tets.vcf
 
 
MULTI.filtered.trips.vcf
MULTI.filtered.trips.vcf
 
 
MULTI.final.filtered.snps.vcf
MULTI.final.filtered.snps.vcf
 
 
MULTI.gc.RData
MULTI.gc.RData
 
 
Nei_tree.png
Nei_tree.png
 
 
OneMLG.gc.RData
OneMLG.gc.RData
 
 
OneMLG.vcf
OneMLG.vcf
 
 
README.md
README.md
 
 
Rplot.png
Rplot.png
 
 
Rplot01.png
Rplot01.png
 
 
Rplot02.png
Rplot02.png
 
 
Rplot03.png
Rplot03.png
 
 
Rplot04.png
Rplot04.png
 
 
all_inds_NJ_tree.png
all_inds_NJ_tree.png
 
 
all_snps.vcf
all_snps.vcf
 
 
alldips.gc.RData
alldips.gc.RData
 
 
apo_mlg.txt
apo_mlg.txt
 
 
assignment.R
assignment.R
 
 
clone_ID.R
clone_ID.R
 
 
compoplot.png
compoplot.png
 
 
dapc.all.png
dapc.all.png
 
 
dapc.all.tiff
dapc.all.tiff
 
 
dapc.png
dapc.png
 
 
dapc.sub.png
dapc.sub.png
 
 
dapc.sub.tiff
dapc.sub.tiff
 
 
dapc_ms.png
dapc_ms.png
 
 
diploid_stats.RData
diploid_stats.RData
 
 
diploids.R
diploids.R
 
 
diploids_cluster.R
diploids_cluster.R
 
 
dips.gc.ALL.RData
dips.gc.ALL.RData
 
 
dips.gc.RData
dips.gc.RData
 
 
dips.gi.RData
dips.gi.RData
 
 
distance.R
distance.R
 
 
distance.png
distance.png
 
 
distance_apos.png
distance_apos.png
 
 
distance_provesti.R
distance_provesti.R
 
 
filtered.snps.alldips.vcf
filtered.snps.alldips.vcf
 
 
fstats_apos.png
fstats_apos.png
 
 
gbs_results.R
gbs_results.R
 
 
heterozygosity.R
heterozygosity.R
 
 
hookeri.amova.Rdata
hookeri.amova.Rdata
 
 
hookeri.poppr.pop.RData
hookeri.poppr.pop.RData
 
 
hookeri_nj.NEWICK
hookeri_nj.NEWICK
 
 
hookeri_nj.nex
hookeri_nj.nex
 
 
in_temp.txt
in_temp.txt
 
 
ind_het.R
ind_het.R
 
 
ind_het_ms.png
ind_het_ms.png
 
 
k-means.R
k-means.R
 
 
k-means_OneMLG.R
k-means_OneMLG.R
 
 
k-means_apos.R
k-means_apos.R
 
 
k-means_sexuals.R
k-means_sexuals.R
 
 
kmeans-dapc.png
kmeans-dapc.png
 
 
kmeans.png
kmeans.png
 
 
kmeans_8.png
kmeans_8.png
 
 
kmeans_9.png
kmeans_9.png
 
 
kmeans_C.png
kmeans_C.png
 
 
kmeans_all.png
kmeans_all.png
 
 
kmeans_all_p1.png
kmeans_all_p1.png
 
 
kmeans_all_p3.png
kmeans_all_p3.png
 
 
kmeans_apos.png
kmeans_apos.png
 
 
kmeans_p1.png
kmeans_p1.png
 
 
kmeans_p2k10.png
kmeans_p2k10.png
 
 
kmeans_p2k11.png
kmeans_p2k11.png
 
 
kmeans_p2k12.png
kmeans_p2k12.png
 
 
kmeans_p2k8.png
kmeans_p2k8.png
 
 
kmeans_p2k9.png
kmeans_p2k9.png
 
 
kmeans_sexuals_p1.png
kmeans_sexuals_p1.png
 
 
kmeans_sexuals_p3.png
kmeans_sexuals_p3.png
 
 
map.png
map.png
 
 
map0.pdf
map0.pdf
 
 
map02.png
map02.png
 
 
map05.png
map05.png
 
 
map07.png
map07.png
 
 
map_fixed.png
map_fixed.png
 
 
missing_after.png
missing_after.png
 
 
missing_aftersub.png
missing_aftersub.png
 
 
missingness_before.png
missingness_before.png
 
 
mlg_dist.R
mlg_dist.R
 
 
neitree.png
neitree.png
 
 

Repository files navigation

GBS_results

GBS results document

About

GBS results document

Resources

Readme
Activity

Stars

0 stars

Watchers

0 watching

Forks

0 forks
Report repository

Releases

No releases published

Packages

No packages published

Languages