####Travaux pratiques dans le cadre du cours Système.

Pour tester :

• Se rendre sur : http://jebimoh.fr

• télécharger le fichier d'exemple fourni en lien (sample.txt)

Jebimoh

Myvaf (Variant Allele Frequency)

Fournit un graphique du pourcentage de variants obtenus pour un échantillon. Le fichier doit être formaté de la manière suivante :

Gene	Variant_sur_Génome_g.	Variant_sur_CDS_c.	Variant_sur_protéine_p_c.	VAF_%

Nota : le séparateur de champs est une tabulation (et une seule).

Kinetic

Cinetique de l'évolution clonale pour un ou plusieurs patients Le fichier doit être formaté de la manière suivante :

UPN-23;del(5q) %;TP53 p.R282W VAF %;R282W-CCF;TP53 p.R248Q VAF %;R248Q-CCF;TP53 p.R273C VAF %;R273C-CCF

• Un champs d'entête contenant le motif "-CCF" correspond à un patient

• Une ligne correspond à une date

Nota : le séparateur de champs est le ";" (point virgule).

Les objectifs

• Utiliser python (ok)

• Utiliser CGI (ok)

• Créer un formulaire (ok)

• Créer un élément graphique SVG (ok)

• Utiliser Javascript (ok)

En supléments aux fichier du site, il y a le répertoire other :

• Les fichiers sample.txt* sont d'autre fichiers d'exemple à télécharger pour tester

• Le fichier jebimoh.conf contient la configuration d'Apache2

Prérequis pour le serveur

• python3 avec les modules :
  • cgi
  • cgitb (pour le debugage)
  • python3-markdown (pour lire les fichiers markdown)
  • python3-cairosvg (pour transformer des SVG en PNG)