update code + type_waterlichamen

data/type_waterlichamen.csv

@@ -1,4 +1,4 @@
-type_waterlichamen;uitleg;waterlichaamcategorie;groep
+type;uitleg;waterlichaamcategorie;groep
 Pz;zoete polderwaterloop;rivier;polder
 BgK;grote beek Kempen;rivier;kempen
 BkK;kleine beek Kempen;rivier;kempen

source/data_inlezen_MI.R

@@ -13,44 +13,81 @@ conflicted::conflicts_prefer(dplyr::filter)
 sheetnames <- excel_sheets(here("data", "macroinvertebraten 2010-2023.xlsx"))
 vmm_mi <- lapply(sheetnames[1:5], read_excel,
                  path = here("data", "macroinvertebraten 2010-2023.xlsx"))
-waterlopen_types <- read.csv(here("data", "type_waterlichamen.csv"), sep = ";")
+waterlopen_groep <- read.csv(here("data", "type_waterlichamen.csv"),
+                             sep = ";") %>%
+  select(type, groep)
 
 
 vmm_mi <- setNames(vmm_mi, sheetnames[1:5] %>% janitor::make_clean_names())
 vmm_mi <- lapply(vmm_mi, janitor::clean_names)
 
 # main dataframe aanmaken ----
 mi_deelmaatlatten0 <- vmm_mi$bbi_en_mmif_deelmaatlatten %>%
-  select(deelmonster_id, meetplaats, jaar, datum_monstername, bbi, mmif, ept, ep_tw, mts,
-         mt_sw, tax, ta_xw, swd, sw_dw, nst, ns_tw) %>%
+  select(
+    deelmonster_id,
+    meetplaats,
+    jaar,
+    datum_monstername,
+    bbi,
+    mmif,
+    ept,
+    ep_tw,
+    mts,
+    mt_sw,
+    tax,
+    ta_xw,
+    swd,
+    sw_dw,
+    nst,
+    ns_tw
+  ) %>%
   arrange(meetplaats, jaar) %>%
   mutate(datum_monstername = as.Date(datum_monstername, "%Y-%m-%d")) %>%
   left_join(
     vmm_mi$meetplaatsen %>%
-      select(meetplaats, lambert72_x, lambert72_y, waterlichaam, bekken,
-             vhag, waterloop, categorie, statuut, type, waterlooptype,
-             waterlichaamcategorie),
-    by = "meetplaats") %>%
-  left_join(vmm_mi$veldmetingen %>%
-              mutate(monsternamedatum =  as.Date(monsternamedatum, format = "%Y-%m-%d"),
-                     deelmonster_id = as.character(deelmonster_id)) %>%
-              select(-teken, -eenheid, -meetnet) %>%
-              filter(parameter %in% c("T", "pH", "O2", "O2 verz", "EC 20", "EC 25")) %>%
-              pivot_wider(names_from = parameter, values_from = resultaat) %>%
-              rename(datum_monstername = monsternamedatum),
-            by = c("meetplaats", "datum_monstername", "deelmonster_id")) %>%
-  st_as_sf(coords = c("lambert72_x", "lambert72_y"), crs = 31370) %>%
+      select(
+        meetplaats,
+        lambert72_x,
+        lambert72_y,
+        waterlichaam,
+        bekken,
+        vhag,
+        waterloop,
+        categorie,
+        statuut,
+        type,
+        waterlooptype,
+        waterlichaamcategorie
+      ),
+    by = "meetplaats"
+  ) %>%
+  left_join(
+    vmm_mi$veldmetingen %>%
+      mutate(
+        monsternamedatum =  as.Date(monsternamedatum, format = "%Y-%m-%d"),
+        deelmonster_id = as.character(deelmonster_id)
+      ) %>%
+      select(-teken, -eenheid, -meetnet) %>%
+      filter(parameter %in% c("T", "pH", "O2", "O2 verz", "EC 20", "EC 25")) %>%
+      pivot_wider(names_from = parameter, values_from = resultaat) %>%
+      rename(datum_monstername = monsternamedatum),
+    by = c("meetplaats", "datum_monstername", "deelmonster_id")
+  ) %>%
+  st_as_sf(coords = c("lambert72_x", "lambert72_y"),
+           crs = 31370) %>%
   mutate(jaar = parse_number(jaar),
          bbi = parse_number(bbi),
          mmif = parse_number(mmif))
 
-# weglaten alle meren, vijvers, geisoleerde waterlichamen, meren
+# weglaten alle meren, vijvers, geisoleerde waterlichamen, meren +
+# toevoegen groep (rivier, beek, kempen, polder)
 mi_deelmaatlatten1 <- mi_deelmaatlatten0 %>%
-  filter(waterlooptype != "Geïsoleerd water" & !(waterlichaamcategorie %in% c("meer", "overgangswater")))
+  filter(waterlooptype != "Geïsoleerd water" &
+           !(waterlichaamcategorie %in% c("meer", "overgangswater"))) %>%
 
 # aantal uniek meetplaatsen per statuut (onafh van jaar)
 mi_deelmaatlatten1 %>%
-  distinct(statuut, meetplaats) %>% # Remove duplicate meetplaats within each statuut
+  distinct(statuut, meetplaats) %>% # Rem. duplicate meetplaats within statuut
   group_by(statuut) %>%
   summarise(unique_meetplaats_count = n())
 
@@ -74,20 +111,20 @@ mi_deelmaatlatten1 %>%
 
 # plot trend mmif per statuut
 
-mi_deelmaatlatten0 %>%
+mi_deelmaatlatten1 %>%
   group_by(meetplaats) %>%
   ggplot(aes(jaar, mmif)) +
   geom_smooth(method = "gam") +
   facet_wrap(~statuut)
 
-mi_deelmaatlatten0 %>%
+mi_deelmaatlatten1 %>%
   ggplot() +
   # geom_line(aes(jaar, mmif, group = meetplaats)) +
   geom_smooth(aes(jaar, mmif), method = "gam") +
   facet_wrap(~statuut)
 
-mi_deelmaatlatten0 %>%
+mi_deelmaatlatten1 %>%
   ggplot() +
   # geom_line(aes(jaar, mmif, group = meetplaats)) +
-  geom_smooth(aes(jaar, swd), method = "gam") +
+  geom_smooth(aes(jaar, mmif), method = "gam") +
   facet_wrap(~statuut)