BamTile

##Motivation

answer to @sjackman : https://twitter.com/sjackman/status/584418230791340032

Is there a bedtools command to determine a minimal tiling path? A minimal set of features that cover a maximum of the target.

##Compilation

See also Compilation.

$  make bamtile

##Synopsis

$ java -jar dist/bamtile.jar [options] (stdin|file.sam|file.bam) 

##Options

Option	Description
-o file	output file. default: sam to stdout.
-h	get help (this screen) and exit.
-v	print version and exit.
-L (level)	log level. One of java.util.logging.Level . Optional.

##Source Code

Main code is: https://github.com/lindenb/jvarkit/blob/master/src/main/java/com/github/lindenb/jvarkit/tools/misc/BamTile.java

##Example

$ make bamtile && \
  curl -s "ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/working/20110915_CEUtrio_b37_decoy_alignment/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37_decoy.NA12892.clean.dedup.recal.bam" |\
  java -jar dist/bamtile.jar
(...)
B00EGABXX110201:5:25:14956:33658	121	1	9994	23	101M	=	9994	0	CTTCCGATCTCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	AC:C;BA<CACCDCD=CACBD9?AE?D?CDECDDDDECDDDDECDDDDEDD?DDECDCDDDCECDDECECDDEDECDDDBDADDD?DBDDD@DACCDAC@A	X0:i:1	X1:i:1	XA:Z:X,+155260188,101M,5;	MD:Z:0T0G6A0A91	RG:Z:B00EG.5	XG:i:0	AM:i:0	NM:i:4	SM:i:23	XM:i:4	XN:i:7	XO:i:0	BQ:Z:\^U^V]\W^\PPQPQJPNPOQFLNRLQLPQRPQQQQRPQQQQRPQQQQRQQLQQRPQPQQQPRPQQRPRPQQRQRPQQQOQNQQQLQOQQQMQNPPQNPMN	OQ:Z:EE:EEEC;EACEEEE7DBCCD/<>@>D6ADDEFBFEDCE>EFECE@FFFFF9EEDDG@GFGFHEHHHFHFHHHHHHGGGFGCGGG@HFHHHEHFHHHGHHH	XT:A:U
B06PYABXX110322:7:2203:15946:92062	99	1	10091	1	87M1I3M1I7M2S	=	10378	371	TAACCCTAACCCTAACCCAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCAAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAACCCTAAA	AACACCDCEBCCDCEBDBCECDDEBDCDDEDEB@DDCECCDEDFBDCBEDB<CECE@CCCECCBAAEBDBDCD@DBCCE7D@@@C?DBACC76<A4>D###	X0:i:1	X1:i:3	XA:Z:1,+10091,87M1I3M1I7M,5;21,-48119790,5M1I33M1I59M,5;1,-249240224,5M1I27M1D6M1I59M,5;	XC:i:99	MD:Z:47T49	RG:Z:B06PY.7	XG:i:2	AM:i:1	NM:i:3	SM:i:1	XM:i:2	XO:i:1	BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@\^[@QU@@@@@@@	MQ:i:1	OQ:Z:HHHHGHGHHHHHHGHHGEHHGHHHEFHHHHHFF@HFFHHFHDHHDHFBFEF<FEEFBDFEEFBFBBDCEEDC=?EDDEE5DAAAA=EEBF?55:C5=@###	XT:A:U
B00EGABXX110201:6:47:12319:33409	99	1	10185	29	63M1D38M	=	10363	267	CTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCCTACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA	ABADBCCDBEBCCDCECDDECECDDECFCDDECECDDE@ECCDDECBDDDECECCDF=E@CDFCA<CBFAE?CC@ECEBCDE?EBC=D>D@BAA5:579;6	X0:i:3	X1:i:4	MD:Z:43T0A18^A8A29	RG:Z:B00EG.6	XG:i:1	AM:i:0	NM:i:4	SM:i:0	XM:i:3	XO:i:1	BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@Z]__`]@@@@@@@@@@@@@@@@@^[@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@	MQ:i:37	OQ:Z:HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHFHHHHHHHHHHHAHHFHHFHFFHHCHFHEEB=GDDECB=@CCAACACCBEFEFFHH?HHF@A?EDDC;57:;<46	XT:A:R
B00EGABXX110201:5:3:9889:46988	163	1	10285	29	49M1D52M	=	10398	177	TAACCCTAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCTAACCCTACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTACCCC	>AA@ABCBCACCCBCBBCCBD9BCB?EABCCCDBBB=ACACBCBDBCC6C>@BB=BC?B9/A3<98:898679:6B<=B7>AA7@39858795281?588,	X0:i:1	X1:i:0	MD:Z:6C35T6^T5T42A3	RG:Z:B00EG.5	XG:i:1	AM:i:29	NM:i:5	SM:i:29	XM:i:4	XO:i:1	BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@GKMA@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@	MQ:i:29	OQ:Z:HHEHHHHHFHHHHFFHFHHFFBFGFCHFFHHHFHFFBDEFFFFEFFFF<F>EEEBEEEE>*D5C@>6<B?=2=<>EA:E9DDD2D5A>=5;;@:@+C@@?3	XT:A:U
C00D5ABXX110314:1:1104:14854:27916	147	1	10368	29	1S18M2D2M1D6M1D52M1I20M1S	=	10195	-274	ACTACCCCTAACCCTAACCAACCCTAACCCTAACCCTAACACTAACCCTAACCCTCACCCTCACCCTAACCCTTAACCCTTAACCCTAACCCTCACCCTCA	#@;@,=68.6070316>;@>:BAD@D4BBDCB=ECDEFDECEEFDDDAEEDDDDDD:CCDDDCCADDEDBDDCDDC@DDEDDBDDCCD@CCBCB7ABBCA?	MD:Z:3A14^CT2^C6^C13C14A5A10C19A6	RG:Z:C00D5.1	XG:i:5	AM:i:29	NM:i:11	SM:i:29	XM:i:6	XO:i:4	BQ:Z:@[V[GXQSIQKRKNLQYV[YU]\_[_O]]_^]X`^_`a_`^``a___\``______U^^___^^\__`_]__^__^[__@__]__^^_[^^]^]R\]]^\@	MQ:i:29	OQ:Z:#@:?0?65-3'83113<?>:7DDD@C0DDDBB<GEEGGFGDGGGFGHEHHFFFFCF:EEEDHEFCIFGEDGGBGEFCGGFGFCGGFEGAGGEDE7EGHHHH	XT:A:M
B00EGABXX110201:6:27:4809:82569	163	1	10467	60	101M	=	10517	150	CTCGCGGTACCCTCAGCCGGCCCGCCCGCCCGGGTCTGACCTGAGGAGAACTGTGCTCCGCCTTCAGAGTACCACCGAAATCTGTGCAGAGGACAACGCAG	>BA9B:@BAA?CD@BCB6:C'=<5=AB92B66A=;>DCA@BDA8<BBC+C@EDCDDE:C:?A@BA@@BA7B3?B@=8=-=@=@;>A7;ADCB4B:C?:C;7	X0:i:1	X1:i:0	MD:Z:101	RG:Z:B00EG.6	XG:i:0	AM:i:37	NM:i:0	SM:i:37	XM:i:0	XO:i:0	BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@	MQ:i:60	OQ:Z:HEGHHGCGGGCHGDGFF=DF.AB=BEEA6E=<C@:BEEBEEEB9;DDD*DEFFFFGG?FECD>DDBADC4E=CEEB@?.@CB@;@C=ACGEE6G?EEDG@5	XT:A:U
C00D5ABXX110314:6:1105:12956:64901	147	1	10525	15	101M	=	10316	-309	CGCCTTCAGAGTACCACCGAAATCTGTGCAGAGGACAACGCAGCTCCGCCCTCGCGGTGCTCTCCGGGTCTGTGCTGAGGAGAACGCAACTCCGCCGGCGC	9796<37;:4:?2=@6;8>BB8ADDC>@CDCECA;DA6;BBCAEAD<CDDD?<D;A@CBCDDD?8CC>EDCA<BCDBDB?DBCB;@BDACAC;BB:BA9A>	X0:i:1	X1:i:1	XA:Z:12,+94998,101M,3;	MD:Z:97T0T2	RG:Z:C00D5.6	XG:i:0	AM:i:15	NM:i:2	SM:i:15	XM:i:2	XO:i:0	BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@D@DA	MQ:i:15	OQ:Z:A6;181157.:=+>=1;?<A>2<EEG;@CCFDDA7DB3ECBBBH?HHFHFF8EECBABBCBEDB?EHBEHFF:CFHEFFBDDECEBFFBFAHHHHHHHHHH	XT:A:U
B00EGABXX110201:6:3:7973:149498	83	1	10740	0	66S35M	=	10473	-301	GGCCCCCCCCTCGCGGTACTTGCTGGGTCTGTTGTGAGGAGAACGCAACTCCGCCGGCGCAGGCGCAGAGAGGCGCGCCGCGCCGGCGCAGGCGCAGAGAG	###################################################################=E<E?1<A8BC;>9A?8BB;6CCBB:BBCAA?@>	X0:i:39	XC:i:35	MD:Z:35	RG:Z:B00EG.6	XG:i:0	AM:i:0	NM:i:0	SM:i:0	XM:i:0	XO:i:0	BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@>X`W`ZLW\S]^VYT\ZS]]VQ^^]]U]]^\\Z[Y	MQ:i:37	OQ:Z:###################################################################?E<DA2EC?EED@BDB?EE@7FFFFEFFFFDFFF	XT:A:R
B00EGABXX110201:4:24:10501:106133	99	1	10760	0	35M66S	=	11009	331	CGCAGGCGCAGAGAGGCGCGCCGCGGCGGCGCAAGCGCAGAGACACATGCTCCCGGGACCAAGGGTCGGGGGCGGGGGGCGCGGAGCGGCCGCCCACCACC	8437>8794;<9>*B<7;###################################################################################	X0:i:50	XC:i:35	MD:Z:25C7G1	RG:Z:B00EG.4	XG:i:0	AM:i:0	NM:i:2	SM:i:0	XM:i:2	XO:i:0	BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@	MQ:i:0	OQ:Z:<66:96:<6866:)@<8@###################################################################################	XT:A:R
B06PYABXX110322:6:1208:11671:56074	163	1	10782	0	35M66S	=	10883	186	GCGCCGGCGCAGGCGCAGACACATGCTAGCGCGTCCGGGGGGGAGGCGTGGCGCAGGAGCAGAGAGGCGCGGAGCGCCCGCGGAGGCGCAGAGACAGATGC	<A9A:7CB;CBCCB:CBCDBCBB0C?23?########################################################################	X0:i:2	X1:i:1	XA:Z:1,+10782,101M,0;hs37d5,+9321764,101M,1;	XC:i:35	MD:Z:35	RG:Z:B06PY.6	XG:i:0	AM:i:0	NM:i:0	SM:i:0	XM:i:0	XO:i:0	BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@	MQ:i:0	OQ:Z:BEEE=BGFGGHEHFFGDDGGGGF-D?.5?########################################################################	XT:A:R
B00EGABXX110201:5:44:9232:74422	163	1	10824	0	101M	=	11008	258	AGGCGTGGCGCAGGCGCAGAGAGGCGCGCCGCGCCGGCGCAGGCGCAGAGACACATGCTACCGCGTCCAGGGGTGGAGGCGTGGCGCAGGCGCAGAGAGGC	>BAA9@BCB:CBDCA:BCDCDBCC=:C8@B81:7B8?4/<<A>+29:?<@=8::=BDCBB9<6<;;BA;=C?=9?C7A94/182&($'3587-1?>@6*=#	X0:i:2	X1:i:1	XA:Z:15,-102520246,101M,0;hs37d5,+9321807,101M,1;	MD:Z:101	RG:Z:B00EG.5	XG:i:0	AM:i:0	NM:i:0	SM:i:0	XM:i:0	XO:i:0	BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@	MQ:i:0	OQ:Z:HFFGFEFHGHHGHHEFFHHFHEEFBCFBDEB7C<EAB92AABA17>>?>><?>BAEFFCEBB?AE9EDA=EBA7@E:C<93*76,.&'19>@33>AA:(A#	XT:A:R
C00D5ABXX110314:5:2102:8433:99141	99	1	10923	0	87M14S	=	10968	129	GCGCACCGCGCCGGCGCAGGCGCAGAGACACATGCTAGCGCGTCCAGGGGTGGAGGCGTGGCGCAGGCGCAGAGACGCAAGCCTACGGGCGGGGGGTGGGG	BA:CCBC;C<DD<DD<DDEDC<DEEEDEBDCCDCDEDEC<D<CDDDDDDD?DD>C@B;>D@C<?4C>+:@-A/B..65,9=5850A###############	X0:i:2	X1:i:1	XA:Z:1,+10923,101M,0;hs37d5,+9321906,101M,1;	XC:i:87	MD:Z:87	RG:Z:C00D5.5	XG:i:0	AM:i:0	NM:i:0	SM:i:0	XM:i:0	XO:i:0	BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@	MQ:i:0	OQ:Z:HHHHHHHHHGGHHGHHHFHHFHHGHFFEFFGCHFFEFHHHHHBHHEEEFF:DE9>A>A7AAAA;.??,<;';*:*.63(3637/.A###############	XT:A:R
B00EGABXX110201:4:24:10501:106133	147	1	11009	0	18S83M	=	10760	-331	CAGAGGCCGCAGCGCAACGGGCGGGGGTTGGGGGGGCGTGTGTGGCAGGAGCAAAGTCGCACGGCGCCGGGCTGGGGCGGGGGGAGGGTGGCGCCGTGCAC	###################95&<</<$17599%A?>76?B?>A6A=DBBBC@=>>9>4>>>8B:;CD6BBC><<?<A8<B:BBA@BCBBCC:BB:@A@A@>	X0:i:2	X1:i:0	XA:Z:15,+102520079,101M,1;	XC:i:83	MD:Z:25T57	RG:Z:B00EG.4	XG:i:0	AM:i:0	NM:i:1	SM:i:0	XM:i:1	XO:i:0	BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@>TPAWWJW?LRPTT@\ZYRQZ]ZY\Q\X_]]]^[XYYTYOYYYS]UV^_Q]]^YWWZW\SW]U]]\[]^]]^^U]]U[\[\[Y	MQ:i:0	OQ:Z:###################@;)AA6A./;=?>(DCB@@BFCDD=D=EEEBE>@?:A@;BB=@E?EFG?FFF=?BCBDBBE>FFD?FHHGHGFGIEGGEHHG	XT:A:R
B06PYABXX110322:7:2107:20624:6619	99	1	11082	0	101M	=	11276	288	CGCCGTGCACGCGCAGAAACTCACGTCACGGTGGCGCGGCGCAGAGACGGGGAGAACCTCAGTAATCCGAAAAGCCGGGATCGACCGCCCCTTGCTTGCAG	@9AB;BCCCB<C<CCDDEEBCCDC;ADCC=CBDCC=C<DC;DCDADB?<DC#B@=B?AC>>@8@>?CB;2CBCCC>8??A<A:AB8::C@26>@=@?B<B#	X0:i:3	X1:i:0	XA:Z:1,+11082,101M,1;hs37d5,+9322064,101M,1;	MD:Z:51T49	RG:Z:B06PY.7	XG:i:0	AM:i:0	NM:i:1	SM:i:0	XM:i:1	XO:i:0	BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@	MQ:i:0	OQ:Z:GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCFGGEAGFGGECGDFGCGFCCDDF>EABFED(A;7A?A=;9;.>:9DAC.A@A@>??AA?4AA>D7B7D@1.:::9<>9B#	XT:A:R
B00EGABXX110201:5:3:10660:82271	83	1	11181	0	101M	=	11111	-170	AGCCGGGCACTACAGGACCCGCTTGCTCACGGTGCTGTGCCAGGGCGCCCCCTGCTGGCGACTAGGGCAACTGCAGGGCTCTCTTGCTTAGAGTGGTGGCC	#?A7A?;@@@?5??:4AA'<ADCCDDDDE<DBCDECBCCDDECDD<9DDDDEDDECDD=DCECEDDDDECECDDEDDDEDEDEECDEECDCDBBCBBBBBA	X0:i:7	X1:i:0	MD:Z:101	RG:Z:B00EG.5	XG:i:0	AM:i:0	NM:i:0	SM:i:0	XM:i:0	XO:i:0	BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@	MQ:i:0	OQ:Z:#BC;CB??<<?.:7=5<B,@BFBFFFHHBHHHHHHHHBDFFFHHFF9FFGFHFHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH	XT:A:R

print name and prev.end-current.start with awk:

curl -s "ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/working/20110915_CEUtrio_b37_decoy_alignment/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37_decoy.NA12892.clean.dedup.recal.bam" |\
java -jar dist/bamtile.jar| grep -v '^@' |\
awk -F ' ' 'BEGIN{prev=-1;} {printf("%s %d\n",$1,int($4)-prev);prev=int($4)+length($10);}' 

B00EGABXX110201:5:68:12590:13115 -1
C00D5ABXX110314:5:2201:6237:9231 -1
B00EGABXX110201:5:8:4957:37361 -1
C00D5ABXX110314:5:1208:12083:200469 -1
B00EGABXX110201:5:7:6075:93915 -1
B00EGABXX110201:5:27:16780:84550 -4
B06PYABXX110322:6:1107:4742:50543 -11
B06PYABXX110322:7:1205:12471:106838 -1
B00EGABXX110201:5:26:7748:160165 -2
B00EGABXX110201:4:27:18455:19154 -17
B06PYABXX110322:5:2101:14995:168978 -11
B00EGABXX110201:5:61:10922:47487 -4
C00D5ABXX110314:2:1201:10252:100348 -4
B06PYABXX110322:8:1108:2771:165330 -7
B06PYABXX110322:8:2107:4542:82481 -1
B06PYABXX110322:5:2107:16237:128403 -8
B00EGABXX110201:6:2:7795:198129 -12
B06PYABXX110322:8:1106:17730:27458 -5
B06PYABXX110322:8:1204:15694:112071 -1
C00D5ABXX110314:6:1208:8777:72655 -1
B06PYABXX110322:5:2201:2780:172842 -2
B06PYABXX110322:5:2203:9768:100733 -2
B06PYABXX110322:5:2106:4346:156704 -4
B06PYABXX110322:5:2206:18887:48252 -3
B06PYABXX110322:6:2107:10460:183803 -2
B06PYABXX110322:5:2204:6403:169005 -11
B00EGABXX110201:5:5:7775:24618 -14
C00D5ABXX110314:2:2104:4859:131692 -1
B06PYABXX110322:6:2108:18994:79163 -2
B06PYABXX110322:6:1202:11434:192811 -3
B06PYABXX110322:5:2207:5218:123898 -1
B06PYABXX110322:6:2108:10847:149590 -9
B06PYABXX110322:8:1204:19832:68914 -3

Contribute

• Issue Tracker: http://github.com/lindenb/jvarkit/issues`
• Source Code: http://github.com/lindenb/jvarkit

##See also

##History

• 2015 : Creation

License

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